建立DNMT3A R882H突变细胞模型
验证DNMT3A R882H突变对细胞增殖和凋亡的影响
使用慢病毒载体在KG-1a和THP1细胞中过表达DNMT3A-WT、DNMT3A-R882H突变体或空载体,并通过嘌呤霉素筛选稳定细胞系。
DNMT3A R882H mutation drives daunorubicin resistance in acute myeloid leukemia via regulating NRF2/NQO1 pathway.
包含体外细胞实验(增殖、凋亡、药物敏感性)、分子机制研究(甲基化、蛋白稳定性、CO-IP)及数据库分析,但缺乏体内动物模型验证。
KG-1a细胞系(AML LSC样,CD34+CD38-) THP1细胞系(人急性单核细胞白血病)
DNMT3A R882H突变构建及稳定表达细胞系(KG-1a和THP1) 柔红霉素处理浓度(0.2, 0.4, 0.8 μM)和时间(36小时) Brusatol处理浓度(40 nM)及联合处理 CHX(10 μg/mL)处理时间(0, 20, 40, 60分钟)评估蛋白稳定性 Beat AML数据库样本(n=42)进行生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证DNMT3A R882H突变对细胞增殖和凋亡的影响
使用慢病毒载体在KG-1a和THP1细胞中过表达DNMT3A-WT、DNMT3A-R882H突变体或空载体,并通过嘌呤霉素筛选稳定细胞系。
评估DNMT3A R882H突变对细胞生长和凋亡的影响
使用CCK-8实验绘制生长曲线,流式细胞术检测凋亡率,Western blot分析凋亡相关蛋白表达。
确定DNMT3A R882H突变是否降低细胞对柔红霉素的敏感性
用不同浓度柔红霉素处理细胞,检测凋亡率和细胞活力。
探索DNMT3A R882H突变对NRF2/NQO1通路的影响
通过数据库分析、qPCR、Western blot、免疫荧光检测NRF2及NQO1表达,并用GSEA分析通路富集。
探究DNMT3A R882H突变调控NRF2表达的方式
亚硫酸盐测序检测NRF2启动子CpG岛甲基化,CHX实验检测NRF2蛋白稳定性,免疫共沉淀检测DNMT3A与NRF2的相互作用。
验证抑制NRF2能否增强突变细胞对柔红霉素的敏感性
用Brusatol单独或联合DNR处理细胞,检测凋亡、细胞活力和NRF2/NQO1通路表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gemini bio-products | 900-108 | |
| 细胞处理 | 柔红霉素 | MedChem Express (MCE) | HY-15648B |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | MedChem Express (MCE) | HY-K0301 |
| NRF2抑制 | 鸦胆子苦醇 | MedChem Express (MCE) | HY-19543 |
| 核质分离 | 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0027 |
| 慢病毒感染 | HitransG感染增强液 | Genechem | -- |
| HistransP感染增强液 | Genechem | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | SUNGENE BIOTECH | -- |
| 流式分析 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| Western blot | ECL超敏Western HRP底物试剂盒 | EMD Millipore | WBULS0100 |
| ECL显影系统 | GE Healthcare | -- | |
| β-肌动蛋白抗体 | ORIGENE | TA-09 | |
| H3抗体 | Bioss | bsm-33042M | |
| DNMT3A抗体 | abcam | ab188470 | |
| NRF2抗体 | Proteintech | 16396-1-AP | |
| MCL1抗体 | Proteintech | 16225-1-AP | |
| Bcl2抗体 | Proteintech | 12789-1-AP | |
| Cle-PARP抗体 | Proteintech | 13371-1-AP | |
| Bax抗体 | bimake | A5131 | |
| Bcl-xl抗体 | bimake | A5091 | |
| NQO1抗体 | bimake | A5464 | |
| 免疫共沉淀 | IgG抗体 | Cell Signaling Technology | -- |
| 免疫荧光 | 胎羊血清 | Zhong-Shan Golden Bridge Biotechnology | -- |
| Coralite 594标记的山羊抗兔二抗 | Proteintech | SA00013-4 | |
| DAPI | Beyotime | -- | |
| 亚硫酸盐测序 | EZ DNA甲基化金试剂盒 | Zymo Research | -- |
| Pmd18-T载体 | Takara | -- | |
| qRT-PCR | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | -- |
| CFX Connect实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| SYBR Premix ExTaq II试剂盒 | Takara | -- | |
| 引物合成 | 引物 | Sangon Biotech | -- |
| 统计软件 | GraphPad Prism | -- | -- |
| SPSS Statistics | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | KG-1a和THP1细胞系来源及培养条件(RPMI-1640培养基、10% FBS、37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and methods中Cell lines and culture部分 |
| 稳转细胞系构建 | 慢病毒载体(表达WT和R882H突变体)来源Genechem,感染条件(5×10^4细胞/孔,感染3天,HitransG/HistransP),嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Materials and methods中Generation of DNMT3A R882H mutant cell lines部分 |
| 药物处理 | 柔红霉素浓度(0, 0.2, 0.4, 0.8 μM)及处理时间;Brusatol浓度(40 nM)及联合处理方案 阅读提示:Results及Figure legends(图2, 图5) |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC试剂盒及流式细胞仪型号;细胞接种密度(5×10^5细胞/孔),处理时间 阅读提示:Materials and methods中Cellular apoptosis detection部分 |
| 蛋白稳定性实验 | CHX浓度(10 μg/mL),处理时间(0, 20, 40, 60分钟) 阅读提示:Materials and methods中Cycloheximide assay部分 |
| 数据库分析 | Beat AML数据库版本,样本数(n=42),分组标准(高/低NRF2表达) 阅读提示:Materials and methods中Statistical analysis部分 |