临床样本与数据库分析
评估STK25在HCC组织中的表达及其与预后的关联。
收集HCC患者肝组织,通过免疫组化检测STK25表达;下载TCGA、GEO等数据库进行表达和预后分析。
STK25 enhances hepatocellular carcinoma progression through the STRN/AMPK/ACC1 pathway.
包含患者样本免疫组化、公共数据库预后分析、细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭)、脂质代谢检测(油红O、Western blot)、分子机制验证(Co-IP、救援实验)以及体内异种移植模型验证,多层次证据支持结论。
HCC患者肝组织样本 HepG2、Huh7、SMMC-7721细胞系 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
STK25敲低和过表达的验证(qRT-PCR、Western blot) 细胞功能实验条件(CCK-8增殖、流式凋亡、伤口愈合、Transwell侵袭) 脂质代谢通路蛋白表达(p-AMPK、ACC1、ACLY) STK25与STRN相互作用(co-IP、IHC共定位) 体内实验条件(HepG2-shSTK25细胞皮下注射5×10^6于5周龄雄BALB/c裸鼠)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估STK25在HCC组织中的表达及其与预后的关联。
收集HCC患者肝组织,通过免疫组化检测STK25表达;下载TCGA、GEO等数据库进行表达和预后分析。
验证STK25对HCC细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响。
通过shRNA敲低STK25,进行CCK-8增殖、流式凋亡、伤口愈合和Transwell侵袭实验。
探究STK25与STRN相互作用及其对AMPK/ACC1通路的影响。
通过Co-IP验证STK25与STRN结合;Western blot检测AMPK通路蛋白表达;进行救援实验(过表达STRN)。
评估STK25对脂质积累和EMT标志物的影响。
通过油红O染色观察脂滴积累;Western blot检测EMT相关蛋白(E-cadherin、N-cadherin、Snail、Vimentin)。
验证STK25在体内对肿瘤生长、脂质代谢和EMT的影响。
将HepG2-shSTK25和sh-Control细胞皮下注射至裸鼠,监测肿瘤生长,进行免疫组化和Western blot分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Servicebio | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Attractene转染试剂 | QIAGEN | -- |
| qRT-PCR | YPH EASY spin组织/细胞RNA快速提取试剂盒 | YPH | -- |
| ReverTra Ace cDNA逆转录试剂盒 | Toyobo | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| ECL化学发光试剂 | Beyotime | P0018FS | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| 凋亡检测 | PE Annexin V凋亡检测试剂盒(含7-AAD) | BD Biosciences | -- |
| 油红O染色 | 油红O工作液 | Solarbio | LOT:2018029 |
| 免疫荧光 | 含DAPI的封片剂 | Abcam | ab104139 |
| 免疫组化/免疫荧光/流式/Western blot | 抗YSK1抗体 | Santa Cruz | sc-271196 |
| 免疫组化/Western blot | 抗STRN抗体 | ABclonal | A7734 |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗N-cadherin抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| 免疫组化 | 抗Ki67抗体 | Bioss | bam-33070M |
| 山羊抗小鼠/兔HRP二抗 | Maxim Biotech | -- | |
| 免疫荧光 | 驴抗兔IgG H&L (Alexa Fluor 488) | Abcam | ab150073 |
| 驴抗山羊IgG H&L (Alexa Fluor 594) | Thermo Fisher Scientific | A-11058 | |
| Western blot | 抗AMPK-α1抗体 | Beyotime | AF1627 |
| 抗p-AMPK抗体 | Abcam | ab133448 | |
| Western blot/免疫荧光 | 抗ACC1抗体 | Proteintech | 21923-1-AP |
| 抗ATP柠檬酸裂解酶抗体 | Abcam | ab40793 | |
| Western blot | 抗β-actin抗体 | Servicebio | GB11001 |
| 抗snail抗体 | Proteintech | 13099-1-AP | |
| 抗vimentin抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Servicebio | GB23303 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Servicebio | GB23301 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Beijing Vital River Laboratory Animal Technology | -- |
| 细胞活力检测 | 酶标仪 | PerkinElmer | -- |
| 油红O染色 | 相差显微镜 | QIMAGING | MicroPublisher 5.0 RTV |
| 免疫组化/Western blot | 抗STRN (6)抗体 | Santa Cruz | sc-136084 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | 患者纳入标准(病理确诊、未接受术前治疗),排除标准(脂质代谢异常、其他肿瘤),伦理批准和知情同意。 阅读提示:Materials and methods: Human samples |
| 数据挖掘与分析 | 数据库来源(GEPIA、HCCDB、TCGA、CCLE、GEO),筛选标准(|logFC|≥1, adj.P<0.05),统计方法(Cox回归、Kaplan-Meier)。 阅读提示:Materials and methods: Data mining and collection; Results: General data analysis |
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源(ATCC),培养基(DMEM+10%FBS),转染试剂(Attractene),shRNA质粒(GeneChem),筛选(嘌呤霉素)。 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and cell culture, Plasmid transfections |
| 体外功能实验 | 细胞增殖(CCK-8,培养时间0-96h),凋亡(Annexin V/7-AAD),迁移(伤口愈合0h/24h),侵袭(Transwell 18h,细胞数5×10^5)。 阅读提示:Materials and methods: Cell viability assay, Detection of cell apoptosis, Wound healing assay, Transwell invasion assay |
| 分子机制验证 | 蛋白质检测(Western blot,抗体稀释比例),Co-IP条件(20μg STRN,1h孵育),救援实验(过表达STRN或使用AMPK抑制剂)。 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis, In vitro pull-down assay; Results: STK25 interacts with STRN |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠),细胞注射量(~5×10^6),肿瘤测量频率(每周两次),实验时长(4周)。 阅读提示:Materials and methods: Xenograft model; Results: Inhibition of STK25 suppresses tumor growth |