体外初筛
鉴定在体外能够促进轴突再生的候选基因
基于先前对17,000个基因的全基因组shRNA筛选(Sekine等,2018),获得400余个阳性基因,本研究从中选取392个进行体内验证。
Optic nerve regeneration screen identifies multiple genes restricting adult neural repair.
研究包含体外细胞实验、体内视神经损伤模型、CRISPR基因编辑验证、单细胞转录组分析及功能机制研究,多层级验证。
小鼠视神经挤压(ONC)模型 原代皮层神经元培养 视网膜神经节细胞(RGC)
shRNA-AAV和sgRNA-AAV的注射时间、剂量及血清型(AAV2/2) ONC手术的具体操作(位置、力、时间) 轴突再生的量化标准(500μm处计数) CRISPR-Cas9编辑效率(DNA/RNA/蛋白水平) IL-22过表达实验中的重组IL-22浓度(200 ng/μl)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定在体外能够促进轴突再生的候选基因
基于先前对17,000个基因的全基因组shRNA筛选(Sekine等,2018),获得400余个阳性基因,本研究从中选取392个进行体内验证。
在视神经损伤模型中验证候选基因的促再生作用
通过AAV-shRNA抑制392个基因,在ONC后17天检测轴突再生,鉴定出40个再生限制基因。
独立验证shRNA敲低表型,确认基因编辑介导的再生促进
使用双载体CRISPR系统(sgRNA-AAV和Cas9-AAV)对40个基因进行编辑,通过体外皮层神经元再生实验和体内Cas9转基因小鼠ONC实验评估。
评估基因编辑对轴突损伤后RGC存活的影响
对6个热点基因编辑后的RGC进行存活率检测(ONC后14天),并与再生效果关联。
研究再生限制基因在轴突损伤后的表达变化
利用已有的scRNA-seq数据分析RGC中基因表达,评估40个基因的表达水平和损伤后变化。
阐明IL-22限制轴突再生的分子机制
检测IL-22编辑后视网膜中的Stat3、DLK、RAGs和炎症因子的表达,并通过外源IL-22补充实验验证作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GIBCO | 11965-092 |
| 胎牛血清 | GIBCO | 10437028 | |
| Neurobasal-A培养基 | GIBCO | 10888022 | |
| B-27添加剂 | GIBCO | 17504044 | |
| 谷氨酰胺补充剂 | GIBCO | 35050-061 | |
| 青霉素-链霉素 | GIBCO | 15140-122 | |
| Hibernate-E培养基 | BrainBits | HE-Ca | |
| 木瓜蛋白酶 | Worthington Biochemical | LS003127 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | DN-25 | |
| AAV生产 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences Inc. | 23966-1 |
| 苯zonase核酸酶 | Millipore | 70746-10KUN | |
| 病毒载体构建 | T4 DNA连接酶 | NEB | M0202 |
| T7 DNA连接酶 | NEB | M0318 | |
| EcoRI限制酶 | NEB | R0101 | |
| BamHI限制酶 | NEB | R0136 | |
| SapI限制酶 | Thermo Fisher | FD1934 | |
| 体内病毒注射 | 霍乱毒素B亚单位Alexa Fluor 555偶联物 | Thermo Fisher | C34766 |
| IL-22处理 | 重组小鼠IL-22 | Peprotech | 210-22 |
| qPCR | iTaq通用SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1708882 |
| TaqMan基因表达预混液 | Applied Biosystems | 4369016 | |
| RNA提取 | RNeasy Plus微型试剂盒 | QIAGEN | 74134 |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708891 |
| DNA提取 | DNeasy血液和组织试剂盒 | QIAGEN | 69504 |
| 编辑效率检测 | Alt-R基因组编辑检测试剂盒 | IDT | 1075932 |
| ELISA | 小鼠/大鼠IL-22 Quantikine ELISA试剂盒 | R&D Systems | M2200 |
| 免疫染色 | 抗Rbpms抗体 | PhosphoSolutions | 1830-Rbpms |
| 抗Rbpms抗体 | PhosphoSolutions | 1832-Rbpms | |
| 抗Rbpms抗体 | Proteintech | 15187-1-AP | |
| 抗Brn3a抗体 | Abcam | ab81213 | |
| 抗NeuN抗体 | Millipore | ABN91 | |
| 抗GFAP抗体 | Dako | Z0334 | |
| 抗Iba1抗体 | Wako | 019-19741 | |
| 抗PDGF受体α抗体 | CST | 3174 | |
| 抗O4抗体 | R&D Systems | MAB1326 | |
| 抗βIII-微管蛋白抗体 | Promega | G712A | |
| 抗Pten抗体 | CST | 9559 | |
| 抗IL-22抗体 | Millipore | AV49523 | |
| 抗p-STAT3抗体 | CST | 9145 | |
| 抗DLK抗体 | Genetex | GTX124127 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | CST | 3700 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | CST | 4967 | |
| 抗Iba1抗体 | Abcam | ab178846 | |
| 抗CD68抗体 | Bio-Rad | MCA1957 | |
| 抗GFAP抗体 | Abcam | ab7260 | |
| 抗GFP抗体 | Abcam | ab13970 | |
| 抗IL-22Ra1抗体 | Bioss | bs-2624R | |
| 抗Atf3抗体 | Novus Biologicals | NBP1-85816 | |
| FACS | 抗CD16/CD32抗体 | Biolegend | 101302 |
| 免疫染色 | Alexa Fluor 546二抗 | Invitrogen | A11035 |
| Alexa Fluor 594二抗 | Thermo Fisher | A-11058 | |
| Alexa Fluor 647二抗 | Invitrogen | A21245 | |
| Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A11034 | |
| Alexa Fluor 555二抗 | Thermo Fisher | A31572 | |
| IRDye 680二抗 | Li-Cor | 926-68072 | |
| IRDye 800二抗 | Li-Cor | 926-32213 | |
| APC二抗 | R&D Systems | F0111 | |
| 细胞培养 | HEK293T细胞系 | ATCC | CRL-3216 |
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠 | The Jackson Laboratory | 000664 |
| H11Cas9小鼠 | The Jackson Laboratory | 027650 | |
| 病毒包装 | pAAV-U6-GFP表达载体 | Cell Biolabs | VPK-413 |
| PX551质粒 | Addgene | 60957 | |
| PX552质粒 | Addgene | 60958 | |
| DNA提取 | QuickExtract DNA提取液 | Lucigen | QE09050 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内AAV注射和ONC | AAV血清型、注射体积、病毒滴度;ONC位置(眼球后1mm)、挤压时间(5秒)及工具;CTB标记时间 阅读提示:STAR Methods:Mice and surgery |
| 轴突再生定量 | 神经固定、透明化方法、轴突计数标准(延伸至 crush 位点远端 500 μm) 阅读提示:STAR Methods:Optic nerve tissue processing and regeneration analysis |
| CRISPR-Cas9编辑 | sgRNA序列、AAV血清型(2/1,2/2)、注射剂量、编辑效率评估时间 阅读提示:STAR Methods:DNA constructs, Transfection of HEK293T cells and AAV vector production |
| 体外皮层神经元培养和损伤 | 培养密度、AAV转导时间(DIV3)、损伤工具和损伤后时间 阅读提示:STAR Methods:Primary cortical neuron culture |
| IL-22过表达 | 重组IL-22浓度(200 ng/μl)、注射时间(ONC前1天) 阅读提示:STAR Methods:Mice and surgery |
| RGC存活分析 | 损伤后时间(14天)、Rbpms染色、计数方法(四象限、每个象限3个视野) 阅读提示:STAR Methods:RGC survival |