视神经再生筛选鉴定出多个限制成人神经修复的基因

Optic nerve regeneration screen identifies multiple genes restricting adult neural repair.

作者信息Jane A Lindborg, Nicholas M Tran, Devon M Chenette, Kristin DeLuca, Yram Foli, Ramakrishnan Kannan, Yuichi Sekine, Xingxing Wang, Marius Wollan, In-Jung Kim, Joshua R Sanes, Stephen M Strittmatter
PMID33657370
期刊Cell Rep
发布时间2021-03
DOI10.1016/j.celrep.2021.108777

实验完整度

研究包含体外细胞实验、体内视神经损伤模型、CRISPR基因编辑验证、单细胞转录组分析及功能机制研究,多层级验证。

主要模型

小鼠视神经挤压(ONC)模型 原代皮层神经元培养 视网膜神经节细胞(RGC)

重点核对

shRNA-AAV和sgRNA-AAV的注射时间、剂量及血清型(AAV2/2) ONC手术的具体操作(位置、力、时间) 轴突再生的量化标准(500μm处计数) CRISPR-Cas9编辑效率(DNA/RNA/蛋白水平) IL-22过表达实验中的重组IL-22浓度(200 ng/μl)

摘要

成体哺乳动物中枢神经系统(CNS)创伤会中断神经回路,并且由于轴突再生能力极低,神经功能缺损持续存在。通过轴突生长进行修复受到细胞外抑制因子和细胞自主因素的限制。基于体外筛选的结果,我们通过大规模体内再生筛选评估了近400个基因。使用病毒驱动的短发夹RNA(shRNA)抑制40个基因可促进视神经挤压(ONC)后的视网膜神经节细胞(RGC)轴突再生,其中大多数通过独立的CRISPR-Cas9编辑实验得到验证。这些轴突再生抑制基因的表达不受轴突切断的显著影响。在限制再生的基因中,白细胞介素22(IL-22)细胞因子的缺失允许损伤后视网膜出现早期但短暂的炎症反应。IL-22的减少驱动信号转导和转录激活因子3(Stat3)和双亮氨酸拉链激酶(DLK)通路的并发激活,以及多种神经元内在再生相关基因(RAGs)的上调。包括IL-22在内,我们的筛选鉴定了数十个限制CNS再生的基因。在轴突损伤的情况下,抑制这些基因可能有助于改善神经修复。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
哪些基因在体内限制成人中枢神经系统的轴突再生?
核心机制
IL-22通过抑制损伤后的炎症反应和Stat3、DLK信号通路,从而限制RAGs的表达和轴突再生。
主要证据
shRNA和CRISPR-Cas9筛选鉴定出40个基因,其中IL-22的缺失显著增加轴突再生;IL-22编辑后视网膜中Stat3、DLK和RAGs表达上调,炎症细胞(小胶质细胞/巨噬细胞)早期浸润增加。
研究意义
本研究表明抑制这些再生限制基因可能为改善神经修复提供新的分子靶点,并提示联合基因编辑或药理学干预的潜力。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

体外初筛

鉴定在体外能够促进轴突再生的候选基因

基于先前对17,000个基因的全基因组shRNA筛选(Sekine等,2018),获得400余个阳性基因,本研究从中选取392个进行体内验证。

2

体内shRNA筛选

在视神经损伤模型中验证候选基因的促再生作用

通过AAV-shRNA抑制392个基因,在ONC后17天检测轴突再生,鉴定出40个再生限制基因。

3

CRISPR-Cas9编辑验证

独立验证shRNA敲低表型,确认基因编辑介导的再生促进

使用双载体CRISPR系统(sgRNA-AAV和Cas9-AAV)对40个基因进行编辑,通过体外皮层神经元再生实验和体内Cas9转基因小鼠ONC实验评估。

4

RGC存活分析

评估基因编辑对轴突损伤后RGC存活的影响

对6个热点基因编辑后的RGC进行存活率检测(ONC后14天),并与再生效果关联。

5

表达谱分析

研究再生限制基因在轴突损伤后的表达变化

利用已有的scRNA-seq数据分析RGC中基因表达,评估40个基因的表达水平和损伤后变化。

6

IL-22机制研究

阐明IL-22限制轴突再生的分子机制

检测IL-22编辑后视网膜中的Stat3、DLK、RAGs和炎症因子的表达,并通过外源IL-22补充实验验证作用。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基GIBCO11965-092
胎牛血清GIBCO10437028
Neurobasal-A培养基GIBCO10888022
B-27添加剂GIBCO17504044
谷氨酰胺补充剂GIBCO35050-061
青霉素-链霉素GIBCO15140-122
Hibernate-E培养基BrainBitsHE-Ca
木瓜蛋白酶Worthington BiochemicalLS003127
脱氧核糖核酸酶ISigma-AldrichDN-25
聚乙烯亚胺Polysciences Inc.23966-1
苯zonase核酸酶Millipore70746-10KUN
T4 DNA连接酶NEBM0202
T7 DNA连接酶NEBM0318
EcoRI限制酶NEBR0101
BamHI限制酶NEBR0136
SapI限制酶Thermo FisherFD1934
霍乱毒素B亚单位Alexa Fluor 555偶联物Thermo FisherC34766
重组小鼠IL-22Peprotech210-22
iTaq通用SYBR Green预混液Bio-Rad1708882
TaqMan基因表达预混液Applied Biosystems4369016
RNeasy Plus微型试剂盒QIAGEN74134
iScript cDNA合成试剂盒Bio-Rad1708891
DNeasy血液和组织试剂盒QIAGEN69504
Alt-R基因组编辑检测试剂盒IDT1075932
小鼠/大鼠IL-22 Quantikine ELISA试剂盒R&D SystemsM2200
抗Rbpms抗体PhosphoSolutions1830-Rbpms
抗Rbpms抗体PhosphoSolutions1832-Rbpms
抗Rbpms抗体Proteintech15187-1-AP
抗Brn3a抗体Abcamab81213
抗NeuN抗体MilliporeABN91
抗GFAP抗体DakoZ0334
抗Iba1抗体Wako019-19741
抗PDGF受体α抗体CST3174
抗O4抗体R&D SystemsMAB1326
抗βIII-微管蛋白抗体PromegaG712A
抗Pten抗体CST9559
抗IL-22抗体MilliporeAV49523
抗p-STAT3抗体CST9145
抗DLK抗体GenetexGTX124127
抗β-肌动蛋白抗体CST3700
抗β-肌动蛋白抗体CST4967
抗Iba1抗体Abcamab178846
抗CD68抗体Bio-RadMCA1957
抗GFAP抗体Abcamab7260
抗GFP抗体Abcamab13970
抗IL-22Ra1抗体Biossbs-2624R
抗Atf3抗体Novus BiologicalsNBP1-85816
抗CD16/CD32抗体Biolegend101302
Alexa Fluor 546二抗InvitrogenA11035
Alexa Fluor 594二抗Thermo FisherA-11058
Alexa Fluor 647二抗InvitrogenA21245
Alexa Fluor 488二抗InvitrogenA11034
Alexa Fluor 555二抗Thermo FisherA31572
IRDye 680二抗Li-Cor926-68072
IRDye 800二抗Li-Cor926-32213
APC二抗R&D SystemsF0111
HEK293T细胞系ATCCCRL-3216
C57BL/6J小鼠The Jackson Laboratory000664
H11Cas9小鼠The Jackson Laboratory027650
pAAV-U6-GFP表达载体Cell BiolabsVPK-413
PX551质粒Addgene60957
PX552质粒Addgene60958
QuickExtract DNA提取液LucigenQE09050

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
体内AAV注射和ONC
AAV血清型、注射体积、病毒滴度;ONC位置(眼球后1mm)、挤压时间(5秒)及工具;CTB标记时间
阅读提示:STAR Methods:Mice and surgery
轴突再生定量
神经固定、透明化方法、轴突计数标准(延伸至 crush 位点远端 500 μm)
阅读提示:STAR Methods:Optic nerve tissue processing and regeneration analysis
CRISPR-Cas9编辑
sgRNA序列、AAV血清型(2/1,2/2)、注射剂量、编辑效率评估时间
阅读提示:STAR Methods:DNA constructs, Transfection of HEK293T cells and AAV vector production
体外皮层神经元培养和损伤
培养密度、AAV转导时间(DIV3)、损伤工具和损伤后时间
阅读提示:STAR Methods:Primary cortical neuron culture
IL-22过表达
重组IL-22浓度(200 ng/μl)、注射时间(ONC前1天)
阅读提示:STAR Methods:Mice and surgery
RGC存活分析
损伤后时间(14天)、Rbpms染色、计数方法(四象限、每个象限3个视野)
阅读提示:STAR Methods:RGC survival