临床样本和生物信息学分析
鉴定化疗后m6A相关基因表达变化,并筛选关键调控因子。
分析GSE87455和GSE763数据集,检测13对化疗前后HR+HER2−乳腺癌组织中METTL3表达,并进行预后分析。
METTL3 depletion contributes to tumour progression and drug resistance via N6 methyladenosine-dependent mechanism in HR+HER2-breast cancer.
包含临床样本分析、细胞系体外功能实验(增殖、迁移、凋亡)、动物移植瘤模型、机制验证(MeRIP、通路抑制)等多层级实验。
MCF-7细胞系 T47D细胞系 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 HR+HER2−乳腺癌临床组织样本
METTL3敲低和过表达效率(shRNA和LV质粒转染) 化疗药物处理浓度和时间(DOX 1.0 μg/ml、PTX 0.5 μM、Cis 400 nM等,处理24小时) 细胞增殖检测方法(CCK-8、集落形成)及时间点 体内实验:MCF-7细胞皮下注射量、DOX剂量(5 mg/kg)和给药周期 临床样本:13对化疗前后组织样本
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定化疗后m6A相关基因表达变化,并筛选关键调控因子。
分析GSE87455和GSE763数据集,检测13对化疗前后HR+HER2−乳腺癌组织中METTL3表达,并进行预后分析。
验证化疗药物对METTL3和m6A水平的影响,并建立METTL3敲低和过表达细胞模型。
用DOX、PTX和Cis处理MCF-7和T47D细胞,检测METTL3表达和m6A水平;通过慢病毒转染shRNA和过表达载体改变METTL3表达。
评估METTL3对细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
采用CCK-8、集落形成、流式细胞术、伤口愈合、Transwell和TUNEL实验检测细胞功能。
验证METTL3过表达对肿瘤生长和DOX敏感性的影响。
将稳定过表达METTL3的MCF-7细胞皮下注射到裸鼠,给予PBS或DOX处理,观察肿瘤生长。
阐明METTL3调控CDKN1A和BAX的分子机制,以及下游信号通路。
通过MeRIP-qPCR检测m6A修饰,Western blot检测EMT和凋亡相关蛋白,使用PI3K抑制剂LY294002验证AKT通路的作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 多柔比星 | Dingguo | -- |
| 紫杉醇 | Dingguo | -- | |
| 顺铂 | Dingguo | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| AKT抗体 | Cell Signaling | 9272s | |
| Caspase-9抗体 | Proteintech | 10380-1-AP | |
| Caspase-3抗体 | Proteintech | 66470-2-Ig | |
| Caspase-8抗体 | Proteintech | 66093-1-Ig | |
| 磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling | 4060 | |
| BAX抗体 | Proteintech | 60267-1-Ig | |
| 波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Signalway Antibody | 21612 | |
| METTL3抗体 | ABclonal | A8370 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| cDNA合成 | PrimeScript RT试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| qRT-PCR | SYBR Premix试剂盒 | Abclonal | -- |
| PCR引物 | Well Biological Science | -- | |
| 细胞增殖实验 | 细胞增殖和细胞毒性检测试剂盒 | Dingguo | -- |
| 集落形成实验 | 改良吉姆萨染色液 | Sigma | -- |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | Sigma | P4170 |
| 核糖核酸酶A | Fermentas | EN0531 | |
| TUNEL实验 | TUNEL试剂盒 | Roche | -- |
| m6A定量 | EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒 | EpigenTek | -- |
| MeRIP | Tiangen MeRIP m6A试剂盒 | Tiangen | FP313 |
| 药物处理(体内) | LY294002 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(DMEM或RPMI 1640含1%青霉素/链霉素)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture and chemicals |
| 药物处理 | DOX、PTX、Cis的浓度和处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell culture and chemicals |
| METTL3敲低/过表达 | shRNA和过表达载体序列、慢病毒包装和转导条件 阅读提示:Methods: Cell transduction |
| 增殖和集落形成 | 细胞接种密度(1×10^3细胞/孔)、培养时间(24/48/72小时和14天)、计数标准(≥50个细胞) 阅读提示:Methods: Cell proliferation assay |
| 细胞周期 | 细胞密度(2-3×10^5/孔)、固定方法、PI和RNase A浓度 阅读提示:Methods: Cell cycle analysis |
| 迁移和侵袭 | Transwell上室无血清、下室10% FBS、是否包被Matrigel、时间(24/48小时) 阅读提示:Methods: Transwell migration and invasion assay |
| 凋亡检测 | TUNEL试剂盒、细胞固定和通透步骤、计数细胞数(1000个) 阅读提示:Methods: TUNEL assay |
| 体内实验 | 小鼠品系(4周龄雌性BALB/c裸鼠)、细胞注射量(1×10^7)、分组(每组6只)、DOX剂量(5 mg/kg)、给药频率(每3天)和观察时间(21天) 阅读提示:Methods: In vivo tumour xenograft model |
| 免疫组化 | Ki-67抗体、DAB显色、苏木素复染、计数方法 阅读提示:Methods: Immunohistological staining |
| m6A定量和MeRIP | RNA量(200 ng)、试剂盒(EpiQuik和Tiangen MeRIP)、引物序列 阅读提示:Methods: RNA m6A quantification, MeRIP and quantitative PCR |