建立 BRAF 突变细胞系
获得携带 BRAF I、II、III 类突变的 MC38 细胞系,用于比较生物学和免疫学差异。
利用 lenti-CRISPR Cas9 敲除 MC38 细胞中的 BRAF,然后转染携带 V600E、G469V、D594A 突变或 WT 的 BRAF 质粒,并用新霉素筛选稳定克隆。
BRAF D594A mutation defines a unique biological and immuno-modulatory subgroup associated with functional CD8+ T cell infiltration in colorectal cancer.
包含细胞实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭)、体外 T 细胞功能实验、体内动物模型(免疫缺陷和免疫正常小鼠)、RNA-seq 转录组分析,以及抗 PD-L1 和中和抗体的功能验证,证据层级完整。
MC38 小鼠结直肠癌细胞系(BRAF WT 及 V600E、G469V、D594A 突变体) C57BL/6 小鼠皮下移植瘤模型 BALB/C 裸鼠皮下移植瘤模型 OT-1 小鼠来源的 CD8+ T 细胞
BRAF 突变类型:V600E (T1799A)、G469V (G1406T)、D594A (A1781C) 及 WT IFN-γ 处理浓度 20 ng/mL,处理 48 小时 细胞接种量:皮下移植 1,000,000 个细胞/只 抗 PD-L1 治疗:200 mg Atezolizumab 腹腔注射,每周三次(原文剂量可能为 200 mg,但需验证) CXCL9/CXCL10 中和抗体剂量:5 µg/100 µL,腹腔注射于第 8、11、14 天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得携带 BRAF I、II、III 类突变的 MC38 细胞系,用于比较生物学和免疫学差异。
利用 lenti-CRISPR Cas9 敲除 MC38 细胞中的 BRAF,然后转染携带 V600E、G469V、D594A 突变或 WT 的 BRAF 质粒,并用新霉素筛选稳定克隆。
比较不同 BRAF 突变对细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和 MAPK 信号通路的影响。
通过 CCK-8 检测细胞活力,Annexin V/PI 检测凋亡,克隆形成实验评估集落形成,Transwell 实验评估迁移和侵袭,并用 western blot 检测 MAPK 通路蛋白磷酸化。
探究 BRAF 突变对肿瘤细胞 PD-L1 和 MHC I 类分子表达的影响。
用 IFN-γ 刺激肿瘤细胞,通过流式细胞术和 qRT-PCR 检测 PD-L1 和 MHC I 类及其相关基因(Psmb8、H2-D1、B2M)的表达。
在免疫正常和免疫缺陷小鼠中评估 BRAF 突变对肿瘤生长和免疫细胞浸润的影响。
将不同 BRAF 突变细胞皮下注射 C57BL/6 和裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过流式细胞术和 IHC 分析肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)组成。
鉴定 D594A 突变导致的差异表达基因和信号通路。
对 BRAF WT 和 D594A 突变 MC38 细胞进行 RNA 测序,分析差异表达基因(DEGs)并进行功能富集。
验证 D594A 突变是否通过 ATF3 转录因子上调 THBS1 表达。
通过 qRT-PCR 检测 ATF3 和 THBS1 mRNA 水平,western blot 检测蛋白表达,并用双荧光素酶报告基因实验验证 ATF3 对 THBS1 启动子的转录调控。
评估 THBS1 表达是否影响 IFN-γ 诱导的 CXCL9/CXCL10 产生和分泌。
构建 THBS1 过表达和敲低细胞系,通过 qRT-PCR 和 ELISA 检测 CXCL9/CXCL10 表达和分泌水平。
验证 THBS1-CXCL9/CXCL10 轴在体外和体内对 CD8+ T 细胞募集的作用。
通过 Transwell 迁移实验评估肿瘤上清对 CD8+ T 细胞的趋化作用,并中和 CXCL9/CXCL10;在体内,将 THBS1 过表达细胞注射小鼠,并给予中和抗体,分析肿瘤生长和 TIL。
评估 D594A 突变肿瘤对抗 PD-L1 治疗的敏感性。
在 D594A 和 WT 肿瘤小鼠中腹腔注射抗 PD-L1 抗体(Atezolizumab),测量肿瘤生长,并通过流式分析 TIL 中 CD8+ T 细胞及其耗竭标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM 培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Hyclone | SV30010 | |
| 新霉素 | Amresco | E859-5G | |
| 基因转染 | jetPRIME 转染试剂 | Polyplus | 101000046 |
| qRT-PCR | TRIzol 试剂 | Vazyme | R401-01-AA |
| cDNA 合成试剂盒 | TaKaRa | RR036A | |
| LightCycler 480 实时荧光定量 PCR 仪 | Roche | -- | |
| Western blot | 抗 BRAF 抗体 | Cell Signaling Technology | 14814 |
| 抗 THBS1 抗体 | Cell Signaling Technology | 37879 | |
| 抗磷酸化 ERK 抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗磷酸化 MEK 抗体 | Cell Signaling Technology | 9154 | |
| 抗 ERK 抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗 MEK 抗体 | Cell Signaling Technology | 4694 | |
| 抗 Cyclin D1 抗体 | Cell Signaling Technology | 2978 | |
| 抗 β-actin 抗体 | ABclonal | AC026 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8 试剂盒 | APExBio | K1018 |
| 细胞凋亡检测 | FCCP | Selleck | S8276 |
| APC-Annexin V 凋亡检测试剂盒 | AAT Bioquest | 22837 | |
| 迁移侵袭实验 | Transwell 小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | -- | -- | |
| MAPK 抑制剂敏感性 | 索拉非尼 | Selleck | S7397 |
| 曲美替尼 | Selleck | S2673 | |
| SCH772984 | Selleck | S7101 | |
| EGF 刺激 | 表皮生长因子 | Novoprotein | C029 |
| ELISA | CXCL9 ELISA 试剂盒 | Signalway Antibody | EK5306 |
| CXCL10 ELISA 试剂盒 | Absin | abs520013 | |
| 流式细胞术 | 抗小鼠 PD-L1 抗体 | Invitrogen | 17-5982-82 |
| 抗小鼠 MHC I 类抗体 | Biolegend | 141603 | |
| 抗小鼠 PD-1 抗体 | Invitrogen | 46-9981-82 | |
| 抗小鼠 TIM3 抗体 | Invitrogen | 25-5870-82 | |
| 抗 TNF-α 抗体 | Biolegend | 506304 | |
| 抗 IFN-γ 抗体 | Biolegend | 505810 | |
| 可固定活力染料 eFluor 506 | Invitrogen | 65-0866-18 | |
| 固定/透化液 | BD Biosciences | -- | |
| 透化/洗涤缓冲液 | BD Biosciences | -- | |
| 动物实验 | 阿替利珠单抗 | -- | -- |
| IHC | 抗 CD8α 抗体 | Cell Signaling Technology | 98941 |
| DAB 底物试剂盒 | Solarbio | DA1010 | |
| RNA 测序 | 安捷伦 2100 生物分析仪 | Agilent | -- |
| 质粒构建 | pMSCV-PIG 载体 | Addgene | 18751 |
| pLKO.1 载体 | Addgene | 8453 | |
| 细胞转染 | 新霉素 | Amresco | E859-5G |
| T 细胞迁移实验 | CXCL9 中和抗体 | -- | -- |
| CXCL10 中和抗体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系构建 | BRAF 敲除方法、质粒转染效率、筛选浓度 阅读提示:Materials and methods: Establishment of BRAF mutant cell lines |
| 细胞培养 | 培养基、血清浓度、抗生素浓度 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度、检测时间点、CCK-8 试剂体积 阅读提示:Materials and methods: Cell viability assay |
| 细胞凋亡检测 | FCCP 浓度、处理时间、凋亡染色试剂盒 阅读提示:Materials and methods: Cell apoptosis assay |
| 迁移和侵袭实验 | transwell 孔径、matrigel 浓度、细胞密度 阅读提示:Materials and methods: Cell migration and invasion assays |
| MAPK 抑制剂敏感性 | 药物浓度梯度、处理时间、IC50 计算方法 阅读提示:Materials and methods: Detection of the sensitivity to MAPK inhibitors |
| 免疫调节分子检测 | IFN-γ 浓度、处理时间、抗体克隆号 阅读提示:Materials and methods: Detection of PD-L1 and MHC Class I expression |
| 体内肿瘤模型 | 小鼠品系、性别、细胞注射量、肿瘤测量频率 阅读提示:Materials and methods: Establishment of animal models |
| 抗 PD-L1 治疗 | 抗体剂量、给药频率、对照处理 阅读提示:Materials and methods: Establishment of animal models and anti-PD-L1 treatment |
| RNA-seq | RNA 提取方法、文库构建平台、差异表达分析标准 阅读提示:Materials and methods: RNA sequencing |
| THBS1 过表达/敲低 | 载体构建方法、转染试剂、筛选抗生素浓度 阅读提示:Materials and methods: Establishment of THBS1-overexpressing and knockdown cells |
| T 细胞迁移实验 | T 细胞数量、上清体积、中和抗体浓度 阅读提示:Materials and methods: T cells migration assay |