验证GFAT1对细胞存活和p38激活的作用
确定GFAT1在葡萄糖缺乏下对细胞存活和p38 MAPK激活的影响
使用CRISPR-Cas9敲除GFAT1,在葡萄糖或谷氨酰胺剥夺条件下培养A549和H1299细胞,检测细胞活力和p38磷酸化水平;使用p38抑制剂BIRB796和处理MKK6E过表达回补实验。
GFAT1-linked TAB1 glutamylation sustains p38 MAPK activation and promotes lung cancer cell survival under glucose starvation.
包含体外细胞实验、体内异种移植瘤模型和临床样本分析,明确功能验证和机制验证。
肺腺癌细胞系A549和H1299 裸鼠异种移植瘤模型 人肺腺癌组织样本
GFAT1表达在肺腺癌中上调(基于GEPIA数据库) 葡萄糖剥夺而非谷氨酰胺剥夺抑制GFAT1敲除细胞存活 GFAT1缺失抑制p38 MAPK激活,MKK3/6和MKK4活性不受影响 外源谷氨酸而非GlcN恢复rGFAT1-H577A细胞的p38激活和存活 TAB1 S438磷酸化与TAB1谷氨酰化是p38激活和肿瘤生长所必需
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定GFAT1在葡萄糖缺乏下对细胞存活和p38 MAPK激活的影响
使用CRISPR-Cas9敲除GFAT1,在葡萄糖或谷氨酰胺剥夺条件下培养A549和H1299细胞,检测细胞活力和p38磷酸化水平;使用p38抑制剂BIRB796和处理MKK6E过表达回补实验。
确定GFAT1与TAB1相互作用是否依赖TAB1磷酸化,以及哪些激酶参与
通过Flag-GFAT1免疫沉淀质谱鉴定TAB1,内源Co-IP验证相互作用,CIP处理检测磷酸化依赖性,GST-pull down验证相互作用,使用激酶抑制剂和TAB1突变体分析关键磷酸化位点。
研究GFAT1是否通过形成TTLL5–GFAT1–TAB1复合物促进TAB1谷氨酰化
检测GFAT1、TAB1和TTLL5之间的相互作用,通过siRNA敲低TTLL5,检测TAB1谷氨酰化水平(GT335抗体),突变TAB1 E212等位点,体外谷氨酰化实验。
确定GFAT1催化产生的谷氨酸是否是TAB1谷氨酰化和p38激活所必需
使用rGFAT1-H577A酶活性缺陷突变体,补充外源谷氨酸或GlcN,检测TAB1谷氨酰化、TAB1-p38相互作用和p38磷酸化,并用CoCl2增强CCP活性作为对照。
确定p38激活是否通过自噬促进细胞存活
使用p38抑制剂BIRB796和自噬抑制剂氯喹,检测自噬标志物LC3-II和p62,评估细胞活力;在rTAB1突变体细胞中补充谷氨酸或过表达MKK6E观察对细胞存活和自噬的影响。
验证TAB1磷酸化和谷氨酰化对肿瘤生长的影响,并评估临床意义
将A549细胞(表达WT rTAB1或突变体)皮下注射到裸鼠,测量肿瘤体积;免疫组化检测人肺腺癌组织芯片中GFAT1、TAB1 pS438和p-p38水平,并进行生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂盒 | YEASEN | 40203ES60 |
| 细胞增殖检测 | EdU试剂盒 | Beyotime | -- |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白检测 | GFAT1抗体 | Abcam | ab125069 |
| TAB1抗体 | Abcam | ab76412 | |
| p38α抗体 | Abcam | ab59461 | |
| TTLL5抗体 | Abcam | ab187697 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8227 | |
| p62抗体 | Santa Cruz | sc-28359 | |
| O-GlcNAc抗体 | Santa Cruz | sc-59623 | |
| LC3B抗体 | Santa Cruz | sc-271625 | |
| p-p38抗体 | Santa Cruz | sc-7973 | |
| Flag抗体 | Sigma | F1804 | |
| p-MAPKAPK-2抗体 | Cell Signaling Technology | 3044 | |
| p-JunB抗体 | Cell Signaling Technology | 8053 | |
| p-Acc抗体 | Cell Signaling Technology | 11818 | |
| AMPK抗体 | Cell Signaling Technology | 2603 | |
| JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9252 | |
| p38α抗体 | Cell Signaling Technology | 9218 | |
| p-AMPK抗体 | Cell Signaling Technology | 50081 | |
| p-JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 4668 | |
| p-MKK3/6抗体 | Cell Signaling Technology | 9231 | |
| LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 3868 | |
| p-p38抗体 | Cell Signaling Technology | 4511 | |
| His抗体 | Cell Signaling Technology | 9991 | |
| GST抗体 | Cell Signaling Technology | 5475 | |
| O-GlcNAc抗体 | Cell Signaling Technology | 9875 | |
| TAB1抗体 | Sangon Biotech | D122651 | |
| HA抗体 | Sangon Biotech | D191044 | |
| 谷氨酰化检测 | GT335抗体 | Adipogen | -- |
| 蛋白检测 | p38α抗体 | Signalway Antibody | 48644 |
| β-actin抗体 | Signalway Antibody | 49294 | |
| TAB1 S438磷酸化检测 | TAB1 Ser438磷酸化抗体 | Affinity | AF8324 |
| 蛋白检测 | GFAT1抗体 | Proteintech | 14132-1-AP |
| Caspase 3抗体 | Proteintech | 19677-1-AP | |
| 谷氨酸测量 | 谷氨酸ELISA试剂盒 | Solarbio | BC1585 |
| 重组蛋白纯化 | Ni-NTA琼脂糖树脂 | -- | -- |
| GST-Sefinose树脂 | -- | -- | |
| 蛋白浓缩 | Ultrafree-15离心过滤器 | Millipore | -- |
| 细胞培养 | BIRB796 | -- | -- |
| 细胞处理 | SB203580 | -- | -- |
| SP600125 | -- | -- | |
| Compound C | -- | -- | |
| 氯喹 | -- | -- | |
| 谷氨酸测量 | 谷氨酸 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和基因敲除 | 细胞系A549和H1299的来源和STR鉴定;GFAT1 sgRNA序列;TAB1 shRNA序列;培养基RPMI1640+10% FBS 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, DNA constructs and mutagenesis |
| 葡萄糖剥夺实验 | 葡萄糖剥夺时间(例如8h, 12h, 36h);外源谷氨酸或GlcN浓度;抑制剂浓度(BIRB796, SB203580, SP600125, Compound C) 阅读提示:Figure legends 1-4, Materials and Methods: Cell culture |
| 免疫共沉淀和蛋白互作 | 细胞裂解液配方;抗体和蛋白G beads孵育时间;CIP处理条件;GFAT1和TAB1突变体 阅读提示:Materials and Methods: Immunoprecipitation and immunoblotting |
| 蛋白谷氨酰化检测 | GT335抗体使用;TTLL5 siRNA序列;TAB1突变的构建;CoCl2浓度 阅读提示:Materials and Methods: DNA constructs, antibodies, immunoprecipitation; Figure 3 |
| 体内肿瘤模型 | 裸鼠品系和年龄;注射细胞数和体积;肿瘤体积测量公式;每组动物数(n=7) 阅读提示:Materials and Methods: Mice; Figure 6 |
| 临床样本分析 | 组织芯片的病例数(87例);GFAT1和TAB1 pS438抗体的使用浓度;免疫组化评分标准;生存分析和Cox回归方法 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry; Figure 6 |