筛选SNTB1并验证其表达与预后相关性
筛选CRC中差异表达的潜在癌基因,并验证SNTB1在CRC组织中的表达水平及其与患者生存期的关系。
基于前期微阵列数据(GSE113513)筛出8个上调基因,经HCS确认SNTB1影响细胞生长;用cDNA阵列(79 CRC vs 15正常)qPCR、TCGA和GEO数据库分析、TMA(70对)免疫组化检测SNTB1表达;并用Kaplan-Meier分析生存相关性。
Upregulation of SNTB1 correlates with poor prognosis and promotes cell growth by negative regulating PKN2 in colorectal cancer.
包含数据库分析与组织样本验证、体外细胞功能实验、体内异种移植模型、iTRAQ蛋白组学及拯救实验等多个独立证据层级,并有明确功能与机制验证。
HCT116细胞系 RKO细胞系 HCT116和RKO异种移植裸鼠模型
SNTB1在CRC组织中的表达水平及与患者总生存期的相关性 sh-SNTB1和si-SNTB1的敲低效率及对HCT116和RKO细胞活力、集落形成、细胞周期和凋亡的影响 异种移植模型中sh-SNTB1对肿瘤体积、重量和GFP荧光的影响 SNTB1敲低后PKN2蛋白表达及ERK和AKT磷酸化水平的变化 si-PKN2对SNTB1敲低导致的细胞活力、存活、细胞周期和凋亡变化的拯救效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选CRC中差异表达的潜在癌基因,并验证SNTB1在CRC组织中的表达水平及其与患者生存期的关系。
基于前期微阵列数据(GSE113513)筛出8个上调基因,经HCS确认SNTB1影响细胞生长;用cDNA阵列(79 CRC vs 15正常)qPCR、TCGA和GEO数据库分析、TMA(70对)免疫组化检测SNTB1表达;并用Kaplan-Meier分析生存相关性。
验证SNTB1对CRC细胞增殖、存活、细胞周期和凋亡的影响。
用慢病毒shRNA或siRNA转染HCT116和RKO细胞,通过qPCR和Western blot验证敲低效率;CCK-8检测活力,集落形成检测存活,PI染色和Annexin V染色的流式细胞术检测周期和凋亡。
在动物模型中验证SNTB1敲低对肿瘤生长的影响。
构建裸鼠异种移植模型,皮下注射慢病毒转导的HCT116或RKO细胞(sh-Ctrl和sh-SNTB1),测量肿瘤体积、GFP荧光、肿瘤重量,并通过IHC和TUNEL检测PCNA和凋亡。
鉴定SNTB1敲低后差异表达的蛋白质,寻找下游关键调控分子。
对sh-Ctrl和sh-SNTB1处理的HCT116细胞进行iTRAQ标记和2D-LC-MS/MS分析,筛选差异蛋白(fold change≥1.5,P<0.05),进行KEGG通路富集和PPI网络分析,确定PKN2为枢纽蛋白。
验证SNTB1敲低对PKN2表达和ERK/AKT信号通路磷酸化的影响。
通过Western blot检测sh-SNTB1处理的HCT116细胞中PKN2、p-ERK、ERK、p-AKT、AKT的表达变化。
验证SNTB1的功能是否依赖于PKN2。
在HCT116细胞中共转染si-SNTB1和si-PKN2,检测PKN2表达、细胞活力、集落形成、周期和凋亡的变化,并与单独转染si-SNTB1比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | 抗SNTB1抗体 (GTX46866) | GeneTex | GTX46866 |
| 抗PCNA抗体 (GTX100539) | GeneTex | GTX100539 | |
| 抗Caspase-3抗体 (9662) | Cell Signaling Technology | 9662 | |
| 抗Caspase-9抗体 (9508) | Cell Signaling Technology | 9508 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 (9102) | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 抗ERK1/2抗体 (4370) | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗AKT抗体 (4691) | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 (4060) | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗磷酸化cJun抗体 (3270) | Cell Signaling Technology | 3270 | |
| 抗磷酸化p38 MAPK抗体 (9216) | Cell Signaling Technology | 9216 | |
| 抗p38 MAPK抗体 (8690) | Cell Signaling Technology | 8690 | |
| 抗GAPDH抗体 (2118) | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 抗SNTB1抗体 (PA5-55143) | Thermo Fisher Scientific | PA5-55143 | |
| 抗PKN2抗体 (14608-1-AP) | Proteintech Group | 14608-1-AP | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胰蛋白酶-EDTA (0.25%) | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞周期分析 | FxCycle PI/RNase染色液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin-V-AbFluor™ 647凋亡检测试剂盒 | Abbkine | -- |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂盒 | Abbkine | -- |
| 细胞培养 | M5′A培养基 | KeyGEN | -- |
| MEM-alpha培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Hyclone | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAiMax转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA提取与逆转录 | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- | |
| qPCR | SYBR Premix Ex Tag | Takara | -- |
| 基因表达分析 | cDNA阵列 (Cat#: cDNA-hcola095su01) | Shanghai Outdo Biotech Company | cDNA-hcola095su01 |
| 组织芯片 | 组织芯片 (Cat#: HColA180Su15) | Shanghai Outdo Biotech Company | HColA180Su15 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 动物实验 | Matrigel基质胶 | -- | -- |
| 体内成像 | IVIS Spectrum活体成像系统 | PerkinElmer | -- |
| 细胞周期分析 | 流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- |
| ModfitLT 3.0软件 | Verity Software House | -- | |
| 蛋白鉴定 | TripleTOF质谱仪 | AB SCIEX | -- |
| qPCR | ABI 7500 Fast实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 高内涵筛选 | Pathway 855高内涵图像分析平台 | BD Biosciences | -- |
| Western blot | ECL成像仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SNTB1表达与临床相关性 | SNTB1在CRC组织中的表达水平(来自cDNA阵列、TCGA、GEO和TMA),以及患者总生存期的相关性分析 阅读提示:Methods中“Differential expressed genes (DEGs) analysis”、“QPCR analysis”、“Tissue microarray”;Results中“SNTB1 is highly expressed in CRC tissues and is associated with poor prognosis”部分及Figure 2图注 |
| 体外细胞实验 | SNTB1敲低效率(shRNA/siRNA)、细胞活力(CCK-8)、集落形成、细胞周期和凋亡的检测条件 阅读提示:Methods中“Cell lines and culture”、“Lentiviral transduction and high-content screening for cell growth”、“Cell transfection”、“CCK-8 assay”、“Colony formation assay”、“Cell cycle and apoptosis analysis”;Results中相应部分及Figure 3、4图注 |
| 体内异种移植模型 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞株、注射细胞数、基质胶比例、注射部位、肿瘤测量频率、样本量 阅读提示:Methods中“In vivo experiments”;Results中“SNTB1 knockdown suppresses CRC tumor growth in vivo”及Figure 5图注 |
| 机制研究 | iTRAQ差异蛋白筛选标准(fold change≥1.5,P<0.05)、PKN2蛋白表达、p-ERK、p-AKT水平检测条件 阅读提示:Methods中“iTRAQ analysis and protein identification”、“Western-blot analysis”;Results中“SNTB1 knockdown up-regulates the expression of PKN2 and inhibits the phosphorylation of ERK and AKT”及Figure 7图注 |
| 拯救实验 | si-PKN2转染浓度、共转染方案、检测指标(PKN2表达、活力、存活、周期、凋亡) 阅读提示:Methods中“Cell transfection”和“CCK-8 assay”等;Results中“Oncogenic activities of SNTB1 depend on PKN2”及Figure 8图注 |