验证EGF诱导MIIP与RelA的相互作用
确定EGF刺激是否促进MIIP与RelA的结合及其在NF-κB激活中的作用
在HCT116细胞中,通过核分级和免疫共沉淀检测EGF处理前后MIIP与RelA的相互作用;通过MIIP敲低和RelA K310R突变体分析MIIP对RelA乙酰化、细胞侵袭和下游基因转录的影响。
PKCε phosphorylates MIIP and promotes colorectal cancer metastasis through inhibition of RelA deacetylation.
研究包含细胞实验、生化实验、小鼠体内转移模型以及临床样本分析,并进行了功能验证和机制验证,证据层级相互独立。
HCT116人结直肠癌细胞系 CaCo2人结直肠癌细胞系 SW620人结直肠癌细胞系 小鼠肝转移模型
EGF处理浓度和时间(100 ng/ml,30 min或10 h) PKCε抑制剂Bis-I和MEK/ERK抑制剂U0126的浓度及预处理时间 MIIP shRNA和HDAC6 shRNA的敲低效率 HDAC6抑制剂Nexturastat A的浓度 小鼠模型中每组8只Balb/c裸鼠,注射2×10^6细胞/50 µl
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定EGF刺激是否促进MIIP与RelA的结合及其在NF-κB激活中的作用
在HCT116细胞中,通过核分级和免疫共沉淀检测EGF处理前后MIIP与RelA的相互作用;通过MIIP敲低和RelA K310R突变体分析MIIP对RelA乙酰化、细胞侵袭和下游基因转录的影响。
确定PKCε是否直接磷酸化MIIP以及该磷酸化是否驱动MIIP-RelA相互作用
通过CIP处理验证相互作用依赖磷酸化;通过体外激酶实验和定点突变鉴定PKCε磷酸化位点;在MIIP敲低细胞中重组表达WT或S303A突变体,检测相互作用、RelA乙酰化、启动子结合和侵袭。
确定PP1是否作为MIIP磷酸酶并影响下游信号
在SW480和HCT116细胞中,通过免疫共沉淀检测PP1与MIIP的结合,使用OA抑制剂和PP1过表达/敲低处理观察MIIP-S303磷酸化及下游事件。
验证MIIP是否通过阻止HDAC6与RelA结合来保护RelA乙酰化
使用HDAC抑制剂处理,两步免疫共沉淀检测RelA-MIIP-HDAC6三聚体形成,并通过HDAC6敲低观察MIIP S303A对RelA乙酰化、启动子结合和转录的影响。
阐明MIIP维持RelA乙酰化如何促进组蛋白修饰和基因转录
通过ChIP分析EGF诱导的组蛋白修饰变化,检测H3K9R突变体、RelA K310R、MIIP S303A和HDAC6敲低对H3K9乙酰化和p300招募的影响。
确定MIIP-S303磷酸化是否在体内促进转移并影响患者预后
通过脾内注射构建肝转移小鼠模型,比较WT MIIP、S303A突变体和HDAC6敲低对转移的影响;对182例CRC患者标本进行IHC染色,分析MIIP-S303磷酸化与转移和生存的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | Invitrogen | -- |
| 最低必需培养基 | Invitrogen | -- | |
| Leibovitz's L-15培养基 | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | 表皮生长因子 | Sigma-Aldrich | -- |
| 信号通路抑制 | U0126 | Sigma-Aldrich | -- |
| Bis-I | Cell Signaling Technology | -- | |
| 药物处理 | 冈田酸 | -- | -- |
| Nexturastat A | Selleckchem | -- | |
| 4SC-202 | Selleckchem | -- | |
| FK228 | Selleckchem | -- | |
| Western blot | 抗PP1抗体 | Abcam | ab137512 |
| 抗PP2A抗体 | Abcam | ab32141 | |
| 抗RelA乙酰化K310抗体 | Abcam | ab19870 | |
| 抗H3K9乙酰化抗体 | Abcam | ab10812 | |
| 抗H3K18乙酰化抗体 | Abcam | ab1191 | |
| 抗H3K36Me2抗体 | Abcam | ab9049 | |
| 抗H3K4Me3抗体 | Abcam | ab8580 | |
| 抗H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| 抗Flag抗体 | Signalway Antibody | 35535 | |
| 抗Myc抗体 | Signalway Antibody | T504 | |
| 抗His抗体 | Signalway Antibody | T505 | |
| 抗GST抗体 | Signalway Antibody | T509 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| 抗p-Acc抗体 | Cell Signaling Technology | 11818 | |
| 抗RelA抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| 抗RelA磷酸化S536抗体 | Cell Signaling Technology | 8214 | |
| 抗MIIP抗体 | Sigma-Aldrich | HPA044948 | |
| MIIP pSer-303抗体 | Signalway Antibody | -- | |
| ChIP | ChIP试剂盒 | Upstate Biotechnology | -- |
| RNA提取 | RNAzol RT | Molecular Research Center | -- |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green | Bio-Rad | -- |
| 侵袭实验 | Matrigel侵袭小室 | BD Biosciences | -- |
| 核质分离 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 蛋白质纯化 | 谷胱甘肽琼脂糖 | -- | -- |
| Talon金属亲和树脂 | -- | -- | |
| Ultrafree-15离心过滤器 | Millipore | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore Corporation | -- |
| 体内实验 | Balb/c裸鼠 | -- | -- |
| IHC | DAB底物试剂盒 | GTVision Detection System/Mo&Rb Kit | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基条件:HCT116使用McCoy's 5A、CaCo2使用MEM、SW1116/SW480/SW620使用L-15,均含10% FBS;所有细胞系来自ATCC。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| EGF处理 | EGF浓度(100 ng/ml)和处理时间(30 min或10 h) 阅读提示:Figure legends (Fig. 1, 2等)和Methods |
| PKCε抑制 | PKCε抑制剂Bis-I浓度(2 μM)和预处理时间(1 h) 阅读提示:Figure legend (Fig. 1g)和Methods |
| MIIP敲低和突变体 | MIIP shRNA序列和敲低效率;RNAi抗性rMIIP WT和S303A的表达 阅读提示:Methods: DNA constructs and mutagenesis; Figure legend (Fig. 2d-f) |
| HDAC6抑制 | HDAC6 shRNA序列和Nexturastat A浓度(5 nM) 阅读提示:Methods: DNA constructs and mutagenesis; Figure legend (Fig. 4a) |
| 体内转移模型 | 小鼠品系、性别、年龄(雌性Balb/c裸鼠,5周龄),每组数量(8只),细胞注射量(2×10^6 cells/50 µl),注射方式(脾内注射),观察时间(6周) 阅读提示:Methods: Mouse |
| 临床样本分析 | CRC患者样本数(182例),标本来源(2008-2011年),IHC评分标准(低<6,高≥6),生存分析统计方法(Kaplan-Meier和log-rank) 阅读提示:Methods: Human tissue specimens and immunohistochemical analysis; Results (Fig. 6c-f) |