p38α抑制对TDP-43聚集的影响
验证p38α是否调控TDP-43聚集和磷酸化。
使用siRNA敲低p38α或p38α抑制剂处理SH-SY5Y细胞,检测TDP-43在RIPA和尿素组分中的水平。
Opposing roles of p38α-mediated phosphorylation and PRMT1-mediated arginine methylation in driving TDP-43 proteinopathy.
包含体外激酶/甲基化实验、细胞水平功能验证、患者来源iMN模型、原代神经元生存分析等多个独立证据层级,并涉及机制验证。
SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞 NSC-34小鼠运动神经元样细胞 小鼠原代皮层神经元 患者来源iPSC衍生运动神经元(iMNs)
p38α抑制剂VX-745浓度(0.3-9μM)及DMSO对照 MG-132浓度(0.5μM)处理iMNs诱导应激 TDP-43A382T iMNs与基因校正对照 C9ORF72扩增iMNs与对照 化合物1浓度(0.1-10μM)处理SH-SY5Y细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证p38α是否调控TDP-43聚集和磷酸化。
使用siRNA敲低p38α或p38α抑制剂处理SH-SY5Y细胞,检测TDP-43在RIPA和尿素组分中的水平。
验证p38α抑制能否减轻TDP-43诱导的细胞毒性。
NSC-34细胞表达TDP-43并用化合物1处理,检测LDH释放。
验证p38α抑制能否缓解TDP-43诱导的神经退行性变。
原代皮层神经元表达TDP-43M337V和mApple,用VX-745处理,进行纵向成像和生存分析。
验证p38α抑制能否改善患者来源运动神经元的异常TDP-43表型。
使用TDP-43A382T和C9ORF72扩增iMNs,用VX-745处理,检测细胞死亡率和TDP-43亚细胞分布。
验证p38α是否直接磷酸化TDP-43并确定位点。
免疫共沉淀验证相互作用,体外激酶实验和质谱分析确定磷酸化位点。
验证S292磷酸化是否影响TDP-43聚集和磷酸化。
在SH-SY5Y细胞中表达TDP-43磷酸化模拟突变体S292E等,分析聚集和磷酸化水平。
验证TDP-43是否被PRMT1甲基化以及位点。
敲低PRMT1、使用甲基转移酶抑制剂,免疫沉淀检测甲基化水平;体外甲基化实验和质谱分析。
比较磷酸化和甲基化对TDP-43 LLPS和聚集的相反作用。
使用重组TDP-43-MBP蛋白进行体外液滴形成和聚集实验。
验证S292磷酸化与R293甲基化之间的相互影响。
表达TDP-43突变体、敲低p38α或过表达PRMT1,检测甲基化和磷酸化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 最低必需培养基 | ThermoFisher Scientific | 11095080 |
| 杜氏改良 Eagle 培养基 | ThermoFisher Scientific | 10566016 | |
| 药物处理 | 化合物1 | AstraZeneca | -- |
| VX-745 | Tocris | -- | |
| MG-132 | Millipore Sigma | M7449 | |
| 腺苷二醛 | Millipore Sigma | A7154 | |
| 转染 | Fugene HD转染试剂 | Promega | E2311 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | ThermoFisher Scientific | L3000008 | |
| siRNA敲低 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778030 |
| 蛋白提取 | RIPA缓冲液 | Boston BioProducts | BP-115 |
| 亚细胞蛋白分级分离试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 78840 | |
| Western blot | 抗TDP-43抗体 | Proteintech | 10782-2-AP |
| 抗磷酸化TDP-43 (S409/S410)抗体 | Cosmo Bio | CAC-TIP-PTD-M01 | |
| 抗p38 MAPK抗体 | Cell Signaling Technology | 9212 | |
| 抗COX IV抗体 | Cell Signaling Technology | 4850 | |
| 抗Histone H3抗体 | Cell Signaling Technology | 3638 | |
| 抗单甲基精氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 8711 | |
| 抗不对称二甲基精氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 13522 | |
| 抗对称二甲基精氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 13222 | |
| 抗PRMT1抗体 | Cell Signaling Technology | 2449 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗FLAG抗体 | Sigma | F1804 | |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG M2磁珠 | Millipore Sigma | M8823 |
| Dynabeads蛋白A磁珠 | ThermoFisher Scientific | 10001D | |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA琼脂糖 | Qiagen | 30210 |
| 淀粉树脂 | New England BioLabs | E8021S | |
| 体外激酶实验 | 重组人TDP-43 | Proteintech | Ag13119 |
| 重组活性p38α | SignalChem | M39-10BG | |
| 体外甲基化实验 | 重组人PRMT1蛋白 | Abcam | ab89007 |
| S-腺苷甲硫氨酸 | Sigma | A7007 | |
| LLPS实验 | 来自明串珠菌的葡聚糖 | Millipore Sigma | 31392 |
| 毒性检测 | Pierce LDH细胞毒性检测试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 88953 |
| CyQUANT LDH细胞毒性检测试剂盒 | ThermoFisher Scientific | C20300 | |
| 细胞培养 | mTESR培养基 | StemCell Technologies | 05825 |
| Neurobasal培养基 | Gibco | 12348017 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| p38α抑制的细胞实验 | SH-SY5Y细胞转染TDP-43M337V后,siRNA敲低p38α或化合物1处理浓度(0.1, 1, 10μM)和时间(24, 48小时) 阅读提示:STAR Methods, 'SH-SY5Y transfections and inhibition of p38α MAPK' |
| 患者来源iMN实验 | iMN分化天数、MG-132处理浓度(0.5μM)和VX-745处理浓度(1μM) 阅读提示:STAR Methods, 'MG-132 stress model', 'Nuclear-Cytoplasmic distribution' |
| 原代神经元生存分析 | VX-745浓度(0.3, 1, 3, 9μM),每日成像天数(7天),神经元数量 阅读提示:STAR Methods, 'Longitudinal imaging and survival analysis' |
| 体外激酶和甲基化实验 | 反应缓冲液、ATP浓度(200μM)、重组蛋白量、孵育时间和温度 阅读提示:STAR Methods, 'Protein kinase assays', 'Protein methylation assays' |