单细胞转录组分析
鉴定OC微环境中T细胞NAD+代谢状态及其与抗肿瘤功能的相关性
分析OC单细胞数据集GSE217517,识别细胞亚群,比较恶性细胞与非恶性细胞中NAD+合成基因表达,分析NAMPT与T细胞功能基因的相关性。
NAD+ Metabolism-Mediated SURF4-STING Axis Enhances T-Cell Anti-Tumor Effects in the Ovarian Cancer Microenvironment.
包含体外细胞共培养、患者来源类器官、动物模型及单细胞转录组等多层次验证,并进行了功能获得与缺失及机制验证。
JE-6人白血病T淋巴细胞系 SKOV3和HEY人卵巢癌细胞系 ID8小鼠卵巢上皮癌细胞系 患者来源卵巢癌类器官(PDOCO)
NAD+水平通过FK866抑制和NAM补充调节 STING抑制剂H-151(1 μM)处理 共培养实验:间接共培养(OC细胞与T细胞)和直接共培养 小鼠模型:C57BL/6小鼠皮下注射ID8细胞(1×10^7),Olaparib(50 mg/kg)和NAM(500 mg/kg)腹腔注射 T细胞激活:ionomycin(500 ng/mL)和PMA(20 ng/mL)处理4-6小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定OC微环境中T细胞NAD+代谢状态及其与抗肿瘤功能的相关性
分析OC单细胞数据集GSE217517,识别细胞亚群,比较恶性细胞与非恶性细胞中NAD+合成基因表达,分析NAMPT与T细胞功能基因的相关性。
验证OC细胞对T细胞NAD+水平的竞争性影响
间接共培养OC细胞和T细胞,检测不同时间点T细胞中NAD+含量。
评估NAD+水平对T细胞增殖、趋化、活化和抗肿瘤功能的影响
通过慢病毒感染过表达NAMPT或外源性补充NAM,检测T细胞增殖(CCK-8、细胞周期)、趋化因子受体表达、活化标志物(CD3D、CD69)和抗肿瘤因子(GZMB、IFNγ、TNFα),并用FK866抑制NAD+合成作为对照。
验证NAD+介导的T细胞功能增强依赖于STING轴
使用STING抑制剂H-151和cGAS抑制剂RU.521处理T细胞,检测p-STING、p-IRF3表达及下游效应分子,并评估对T细胞增殖、趋化和杀伤能力的影响。
探究NAD+调控STING高尔基体滞留的分子机制
鉴定SURF4为关键分子,通过过表达和敲低SURF4检测其对T细胞STING轴及抗肿瘤功能的影响,并通过免疫共沉淀验证STING与SURF4结合,检测SURF4蛋白稳定性及泛素化水平。
验证NAM联合PARPi在体内增强抗肿瘤免疫的潜力
在ID8同系小鼠皮下移植瘤模型中,给予Olaparib和/或NAM治疗,测量肿瘤体积,分析肿瘤组织中T细胞浸润和活化标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | KeyGEN | KGL1503 |
| DMEM培养基 | KeyGEN | KGL1211 | |
| 胎牛血清 | SinoBiological | FBS03 | |
| 青霉素-链霉素 | Servicebio | G4003 | |
| 达泊利特(FK866) | MCE | HY-50876 | |
| 烟酰胺 | R&D | 4106 | |
| 烟酰胺单核苷酸 | MCE | HY-F0004 | |
| 烟酰胺核糖 | MCE | HY-123033A | |
| H-151 | MCE | HY-112693 | |
| 离子霉素 | MCE | HY-13434 | |
| 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Promega | V1171 | |
| 奥拉帕利 | MCE | HY-10162 | |
| RU.521 | AbMole | M9447 | |
| MG-132 | MCE | HY-13259 | |
| 二甲基亚砜 | Solarbio | D8371 | |
| 类器官培养 | AdDF12培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 脱氧核糖核酸酶 | Sigma | DN25 | |
| Y-27632 | bioGenous | C629401 | |
| I型胶原酶 | Sigma | C0130 | |
| 红细胞裂解液 | Sangon | B541001 | |
| BME基质胶 | R&D | 3533-010-02 | |
| TrypLE消化液 | Gibco | 12604021 | |
| 细胞转染 | 聚凝胺 | Solarbio | H8761 |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Vazyme | A311-02 |
| 结晶紫 | Servicebio | G1014 | |
| 细胞凋亡检测 | 细胞周期与凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1052 |
| Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Yeasen Bio | 40302ES | |
| 细胞毒性检测 | ONE-Glo荧光素酶检测系统 | Promega | E6110 |
| NAD+检测 | NAD+/NADH检测试剂盒 | Beyotime | S0175 |
| RNA提取 | RNA提取液 | Abclonal | RK30129 |
| RT-qPCR | ABScript Neo RT预混液 | Abclonal | RK20433 |
| SYBR Green qPCR预混液 | Abclonal | RK21219 | |
| 蛋白提取 | 蛋白裂解液 | Beyotime | P0013 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 抗NAMPT抗体 | Cusabio | CSB-PA015422EA01HU | |
| 抗CD8抗体 | Abmart | T40010 | |
| 抗CD69抗体 | Proteintech | 10803-1-AP | |
| 抗CD3D抗体 | Proteintech | 16669-1-AP | |
| 抗GZMB抗体 | Proteintech | 16669-1-AP | |
| 抗STING抗体 | Abclonal | A21051 | |
| 抗pSTING抗体 | Abclonal | AP1369 | |
| 抗IRF3抗体 | Abclonal | A19717 | |
| 抗pIRF3抗体 | Abclonal | AP1412 | |
| 抗SURF4抗体 | Abclonal | A16744 | |
| 抗泛素抗体 | Abclonal | A19686 | |
| 抗DDDDK标签抗体 | Abclonal | AE005 | |
| 抗HA抗体 | Abclonal | AE008 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abclonal | AC026 | |
| HRP标记抗GAPDH抗体 | Proteintech | HRP-60004 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Servicebio | GB11200 | |
| ECL化学发光底物 | Epizyme | SQ203 | |
| 免疫沉淀 | 磁珠 | Abclonal | RM02915 |
| NP-40 | Solarbio | N8030 | |
| 氯化钠 | Sangon | A501218 | |
| 十二烷基硫酸钠 | Servicebio | G2055 | |
| ELISA | GZMB酶联免疫吸附试剂盒 | Abclonal | RK00089 |
| IFNγ酶联免疫吸附试剂盒 | Abclonal | RK00015 | |
| TNFα酶联免疫吸附试剂盒 | Abclonal | RK00030 | |
| 免疫荧光 | DAPI | Servicebio | G1012 |
| 抗GOLGA2/GM130抗体 | Proteintech | 66662-1-Ig | |
| 抗STING抗体 | Abclonal | A21051 | |
| 抗PAX8抗体 | Proteintech | 10336-1-AP | |
| 抗CDH1抗体 | CST | 3195 | |
| 抗Ki67抗体 | SANTA CRUZ | sc-23900 | |
| 抗PanCK抗体 | SANTA CRUZ | sc-8018 | |
| 抗鼠Alexa Fluor 488®偶联物 | CST | 4408 | |
| 抗兔Alexa Fluor 647®偶联物 | CST | 4414 | |
| 动物实验 | 杜氏磷酸盐缓冲液 | 文中未明确说明 | -- |
| 基质胶 | Servicebio | G4131 | |
| 磺丁基醚-β-环糊精 | Sangon | A600388 | |
| 组织染色 | VECTASTAIN免疫组织化学试剂盒 | Vector Laboratories | PK-8501 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件(培养基、血清、双抗浓度) 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell culture部分 |
| 药物处理 | 药物浓度、溶剂、处理时间(如FK866、NAM、H-151等) 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell culture and drug treatment部分 |
| 共培养实验 | 共培养方式(直接或间接)、细胞密度、时间点 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell co-culture部分 |
| 功能检测 | CCK-8、克隆形成、趋化、细胞毒性等实验的具体参数 阅读提示:见Materials and Methods中的相应小节 |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞注射量、给药剂量和方案 阅读提示:见Materials and Methods中的Animal work部分 |