研究队列建立和样本采集
收集儿童和成人SARS-CoV-2感染后的外周血样本,用于评估适应性免疫反应。
从BRAVE Kids和MESSI研究中招募非住院的SARS-CoV-2感染儿童和成人,在急性期(中位7天)、2个月(中位59天)和6个月(中位186天)采集外周血,分离PBMC和血清。
Pediatric T cell and B cell responses to SARS-CoV-2 infection.
研究包含多个证据层级:体外T细胞和B细胞检测、患者样本的纵向分析、抗体中和实验,且明确进行了功能验证(如AIM/ICS细胞因子检测)和机制验证(如表位偏向和细胞亚群分析)。
非住院儿童和外周血单个核细胞(PBMC) 非住院成人(MESSI队列) 儿童和成人SARS-CoV-2感染队列样本
年龄分组:儿童分为0-3、4-11、12-15、16-20岁,成人≥21岁 样本时间点:急性期(中位7天)、2个月(中位59天)、6个月(中位186天) 刺激抗原:spike肽库和非spike表位肽库,浓度为1 μg/mL 检测方法:活化诱导标记(AIM)和细胞内细胞因子染色(ICS)组合检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集儿童和成人SARS-CoV-2感染后的外周血样本,用于评估适应性免疫反应。
从BRAVE Kids和MESSI研究中招募非住院的SARS-CoV-2感染儿童和成人,在急性期(中位7天)、2个月(中位59天)和6个月(中位186天)采集外周血,分离PBMC和血清。
评估SARS-CoV-2特异性CD4+ T细胞的频率、动力学和功能。
使用AIM和ICS组合分析,用spike和非spike肽库刺激PBMC,检测CD4+ T细胞的活化标志物(OX40和CD40L)和细胞因子(IFN-γ、TNF、IL-2等)。
分析SARS-CoV-2特异性CD4+ T细胞的T辅助细胞亚群分布。
通过化学趋化因子受体CXCR3和CCR6的表达,区分Th1和Th17样亚群,并分析其与年龄的关系。
评估SARS-CoV-2特异性cTFH细胞的频率和动力学。
识别CXCR5+CD4+ T细胞中的SARS-CoV-2特异性(AIM+)cTFH细胞,并分析其频率和峰值时间。
评估SARS-CoV-2特异性记忆B细胞的频率和表型。
用生物素化的spike、RBD和核衣壳蛋白四聚体标记,通过流式细胞术检测特异性BMem,并分析其亚群(经典、活化、非典型)。
评估血清中SARS-CoV-2特异性IgG滴度和中和抗体反应。
使用结合抗体多重分析(BAMA)检测IgG,并使用假病毒中和试验测定ID50和ID80。
分析年龄组间免疫反应的差异及相关性。
使用FlowJo和GraphPad Prism进行数据分析和统计检验,比较不同时间点和年龄组的差异,并计算Spearman相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养和刺激 | RPMI培养基 | -- | -- |
| 人AB血清 | Gemini Bioproducts | -- | |
| 抗CD40单克隆抗体 | Miltenyi Biotec | -- | |
| SARS-CoV-2刺突蛋白肽库 | -- | -- | |
| CD4RE肽库 | -- | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | 67-68-5 | |
| 葡萄球菌肠毒素B | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 高尔基体阻断剂 | BD Biosciences | -- |
| 高尔基体阻断剂 | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD40L抗体 | -- | -- | |
| 抗OX40抗体 | -- | -- | |
| 抗IFN-γ抗体 | -- | -- | |
| 抗TNF抗体 | -- | -- | |
| Cytek Aurora流式细胞仪 | Cytek | -- | |
| BMem检测 | 生物素化刺突蛋白 | Acro Biosystems | SPN-C82E9 |
| 生物素化RBD蛋白 | BioLegend | 793904 | |
| 生物素化核衣壳蛋白 | Sino Biological | 40588-V27B-B | |
| 链霉亲和素BV421 | BioLegend | 405226 | |
| 链霉亲和素Alexa Fluor 647 | Thermo Fisher Scientific | S21374 | |
| 链霉亲和素BV711 | BioLegend | 405241 | |
| 链霉亲和素PE-Cy7 | BioLegend | 405206 | |
| 链霉亲和素BV605 | BioLegend | 405229 | |
| 链霉亲和素BV785 | BioLegend | 405249 | |
| Fc受体阻断剂 | BioLegend | 422302 | |
| 游离d-生物素 | Avidity | Bir500A | |
| 链霉亲和素PE-Cy5.5 | Thermo Fisher Scientific | SA1018 | |
| Brilliant缓冲液 | BD Biosciences | 566349 | |
| 活死细胞染料 | Thermo Fisher Scientific | L34962 | |
| 细胞因子检测 | LEGENDplex人Th细胞因子检测试剂盒 | BioLegend | 741027 |
| 抗体检测 | 刺突蛋白(Sino Biological) | Sino Biological | 40589-V08B1 |
| S1蛋白 | Sino Biological | 40591-V08H | |
| S2蛋白 | Sino Biological | 40590-V08B | |
| RBD蛋白 | Sino Biological | 40592-V08H | |
| NTD蛋白 | Sino Biological | 40591-V49H | |
| 核衣壳蛋白 | Sino Biological | 40588-V08B | |
| M蛋白 | MyBiosource | MBS8574735 | |
| MagPlex生物磁珠 | Luminex | -- | |
| PE标记的小鼠抗人IgG | Southern Biotech | 9040-09 | |
| Bio-Plex 200仪器 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| 中和试验 | HEK293T-hACE2细胞 | BEI Resources | -- |
| HEK293T/17细胞 | ATCC | -- | |
| TrypLE Select酶溶液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 多聚赖氨酸包被培养板 | Corning Biocoat | -- | |
| Promega 1×裂解缓冲液 | Promega | -- | |
| Bright-Glo荧光素酶试剂 | Promega | -- | |
| Victor3发光检测仪 | PerkinElmer Life Sciences | -- | |
| 病毒载量检测 | DSP病毒/病原体中量提取试剂盒 | QIAGEN | -- |
| QIAsymphony SP自动化提取平台 | QIAGEN | -- | |
| SuperScript III逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TaqMan基因表达预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| QuantStudio 3实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 数据分析 | FlowJo v.10软件 | BD Biosciences | -- |
| GraphPad Prism 10软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列和样本 | 年龄分组、样本数量、采样时间点(急性期、2个月、6个月)、参与者是否疫苗接种或住院 阅读提示:Methods: Study design and procedures; Figure legends 1 |
| CD4+ T细胞检测 | PBMC数量、刺激物浓度(spike和非spike肽库)、孵育时间、AIM标志物(OX40和CD40L) 阅读提示:Methods: Combined AIM and ICS assay; Figure legends 1 |
| BMem检测 | 探针浓度(spike、RBD、核衣壳)、染色条件、BMem排除标准(<10个事件) 阅读提示:Methods: BMem flow cytometry assay; Figure legends 7-8 |
| 抗体检测 | 血清稀释度、抗原耦合磁珠、检测抗体(PE抗人IgG) 阅读提示:Methods: Measurement of SARS-CoV-2–specific antibodies in serum; Figure legends 9 |
| 中和试验 | 血清稀释系列、假病毒构建(D614G变体)、细胞系(HEK293T-hACE2)、孵育时间 阅读提示:Methods: SARS-CoV-2 pseudovirus neutralization assays; Figure legends 9 |