构建噬菌体展示双抗体文库
生成针对人EPOR的多样化的双抗体片段库,用于筛选结合物。
构建噬菌体展示Db文库,基于人源化框架,通过Gly5连接子连接VL和VH,对抗原有5轮筛选。
An asymmetric tetrabody is a potent and efficacious agonist of the erythropoietin receptor in vitro and in vivo.
包含体外细胞增殖与信号通路验证、体内敲入小鼠药效与药代分析、晶体结构解析及功能互补实验,多重证据层级支持结论。
TF-1细胞 UT-7/Epo细胞 CHO细胞 人源化EPOR敲入小鼠
Db-Fc蛋白的寡聚状态需通过SEC鉴定为Db-Fc、Tb-Fc2或Hb-Fc3 UT-7/Epo细胞增殖实验需使用无EPO和FBS的饥饿培养基并培养3天 体内实验使用C57BL/6背景的人源化EPOR敲入小鼠,给药剂量为1 mg/kg或2 mg/kg,腹腔注射 阳性对照darbepoetin的剂量为1 mg/kg
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
生成针对人EPOR的多样化的双抗体片段库,用于筛选结合物。
构建噬菌体展示Db文库,基于人源化框架,通过Gly5连接子连接VL和VH,对抗原有5轮筛选。
鉴定能结合人EPOR并诱导细胞增殖的Db-Fc蛋白。
通过ELISA、流式细胞术和细胞增殖实验筛选结合人和鼠EPOR的克隆,检测TF-1和UT-7/Epo细胞的增殖。
确定Db-Fc蛋白的寡聚形式,并关联其EPOR激动活性。
通过尺寸排阻色谱分析Db-Fc蛋白的寡聚状态,并测试不同寡聚形式(Db-Fc、Tb-Fc2、Hb-Fc3)对UT-7/Epo细胞增殖的影响。
评估Db-Fc变体在人源化EPOR敲入小鼠中刺激红细胞生成的能力。
将不同的Db-Fc变体腹腔注射到人源化EPOR敲入小鼠中,监测血细胞比容变化和血清抗体浓度。
确定活性寡聚体的原子结构,并解释其如何与EPOR相互作用。
对VL-VH 1.1蛋白进行结晶,并解析晶体结构;同时解析Fab 1.1与EPOR复合物的晶体结构。
验证Tb通过位点1和2形成不对称EPOR二聚体的模型,并确认其构象类似于EPO诱导的活性状态。
通过结构建模叠加Fab-EPOR复合物到Tb结构上,计算EPOR C末端距离;使用Gaussia荧光素酶蛋白片段互补实验验证EPOR二聚体的距离。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 文库构建 | TEV蛋白酶 | 文中未明确说明 | -- |
| 蛋白表达与纯化 | Expi293表达系统 | ThermoFisher | -- |
| 蛋白纯化 | 重组Protein-A亲和柱 | Cytiva | GE17-1279-03 |
| IgG洗脱缓冲液 | Pierce | -- | |
| 分析型SEC | TSKgel G3000SWxL色谱柱 | Sigma-Aldrich | 808541 |
| TSKgel G3000SWxL保护柱 | Sigma-Aldrich | 808543 | |
| 制备型SEC | Superdex 75 Increase HiScale色谱柱 | GE Healthcare | 29321907 |
| ELISA | His标签EPOR蛋白 | Sino Biological | 10707-H08H |
| 抗人Fc-HRP | Jackson Immunoresearch | 109-035-098 | |
| 生物层干涉法 | Octet HTX仪器 | ForteBio | -- |
| 细胞增殖实验 | DMEM培养基 | ThermoFisher | 11995-073 |
| 促红细胞生成素 | Cell Sciences | CRE600D | |
| Cell-Titer Glo试剂盒 | Promega | G9242 | |
| RPMI培养基 | Gibco | A10491-01 | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | R&D Systems | 7954-GM-010 | |
| 免疫印迹 | NP-40裂解缓冲液 | 文中未明确说明 | -- |
| 磷酸酶抑制剂 | ThermoFisher Scientific | A32957 | |
| 蛋白酶抑制剂 | ThermoFisher Scientific | A32955 | |
| 抗pJAK2 (Tyr1007/1008)兔单抗 C80C3 | Cell Signalling Technologies | 3776S | |
| 抗JAK2兔单抗 D2E12 | Cell Signalling Technologies | 3230S | |
| 抗STAT5 (A-9)抗体 | Santa Cruz | sc-74442 | |
| 抗pSTAT5 (Tyr694) (14H2)鼠单抗 | Cell Signalling Technologies | 9356 | |
| 抗pSTAT3 (Tyr705)鼠单抗 | Cell Signalling Technologies | 9138S | |
| 抗STAT3 (79D7)兔单抗 | Cell Signalling Technologies | 4904S | |
| 抗pERK1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signalling Technologies | 9101 | |
| 抗ERK1/2 (MK1)抗体 | Santa Cruz | sc-135900 | |
| 抗pAKT (Ser473)抗体 | Cell Signalling Technologies | 9271 | |
| 结晶实验 | 聚乙二醇8000 | -- | -- |
| CHES缓冲液 | -- | -- | |
| 乙二醇 | -- | -- | |
| Gluc PCA | ViaFect转染试剂 | Promega | -- |
| 腔肠素 | -- | -- | |
| Spark 1507001200微孔板读数仪 | Tecan | -- | |
| 体内实验 | 达贝泊汀α (Aranesp) | Amgen | -- |
| Hemavet 950血液分析仪 | Drew Scientific | -- | |
| 血清浓度测定 | AffiniPure山羊抗人IgG Fcγ片段特异性抗体 | Jackson ImmunoResearch | -- |
| TMB底物 | ThermoFisher | -- | |
| BioTek Synergy HTX酶标仪 | BioTek | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 蛋白表达与纯化 | 表达系统:Expi293细胞;纯化方法:Protein-A亲和层析;缓冲液:PBS pH 7.4 阅读提示:Methods 4.3 |
| 分析型SEC | 样品浓度:1 mg/mL;流动相:PBS;流速:0.5 mL/min;运行时间:40分钟;柱型号:TSKgel G3000SWxL 阅读提示:Methods 4.4 |
| 细胞增殖实验 | 细胞系:UT-7/Epo;饥饿培养基:DMEM无FBS和EPO;细胞密度:10,000细胞/孔;处理时间:3天;检测方法:CellTiter-Glo 阅读提示:Methods 4.10 |
| 体内实验 | 小鼠品系:人源化EPOR敲入小鼠(C57BL/6背景);给药途径:腹腔注射;剂量:1或2 mg/kg;监测期:至84天;血细胞比容检测:Hemavet 950 阅读提示:Methods 4.15 |
| 结构解析 | VL-VH 1.1结晶条件:20% PEG8000, 100 mM CHES;使用微晶播种;数据收集于NECAT 24-ID-E束线 阅读提示:Methods 4.13 |