OSM对IFN-β和ISG的抑制作用
验证OSM是否抑制IFN-β产生和自分泌信号。
使用慢病毒在BT-549和E0771细胞中过表达OSM,通过RNA-seq、qRT-PCR和Western blot检测IFN-β1、ISGs、ISGF3组分和IFNAR。
Toll-Like receptor 3-mediated interferon-β production is suppressed by oncostatin m and a broader epithelial-mesenchymal transition program.
研究包含细胞系模型(BT-549、E0771、4T1.2)、体内动物实验(BALB/c和C57BL/6J小鼠)、功能验证(迁移、肿瘤球形成、体内肿瘤生长)及机制验证(TLR3敲低、OSMR敲除、OSM中和抗体)。
BT-549细胞系(人TNBC) E0771细胞系(小鼠TNBC) 4T1.2细胞系(小鼠TNBC)及BALB/c小鼠皮下移植瘤模型 E0771细胞系(小鼠TNBC)及C57BL/6J小鼠乳腺脂肪垫移植瘤模型
OSM处理浓度:10 ng/mL人重组OSM poly(I:C)处理浓度:10 µg/mL OSMR敲除使用CRISPR/Cas9,TLR3敲低使用shRNA 动物实验:4T1.2皮下注射500,000细胞,OSM中和抗体12.5 µg/周;E0771乳腺脂肪垫注射100,000细胞 统计:qPCR和Western blot为四次生物学重复,迁移实验n=6
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证OSM是否抑制IFN-β产生和自分泌信号。
使用慢病毒在BT-549和E0771细胞中过表达OSM,通过RNA-seq、qRT-PCR和Western blot检测IFN-β1、ISGs、ISGF3组分和IFNAR。
确定TLR3是否为OSM介导IFN-β抑制的关键下游分子。
检测OSM表达或处理后TLR3 mRNA和蛋白水平;使用poly(I:C)和重组IFN-β刺激OSM表达细胞,检测IFN-β信号通路的激活。
评估内源性OSM/OSMR自分泌信号对IFN-β产生和肿瘤行为的影响。
使用CRISPR/Cas9敲除BT-549细胞的OSMR,或使用OSM中和抗体处理4T1.2细胞和荷瘤小鼠,检测IFN-β、TLR3表达和肿瘤生长。
验证TLR3是否为IFN-β产生的主要介导者,并评估其对迁移和肿瘤起始的影响。
使用慢病毒shRNA敲低BT-549和E0771细胞的TLR3,检测IFN-β和ISG表达、迁移能力、肿瘤球形成和体内肿瘤生长。
测试其他EMT诱导因子是否也抑制TLR3和IFN-β。
在BT-549细胞中过表达TGF-β1、Snail或Zeb1,检测IFN-β、ISG和TLR3表达,并进行GSEA分析。
评估EMT诱导因子共同调控的基因是否具有预后价值。
分析RNA-seq数据,识别由OSM、TGF-β1、Snail和Zeb1共同下调的50个基因,并在患者数据集中分析其表达与生存期的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Cleveland Clinic Media Preparation Core | #12-500p |
| 胎牛血清 | Atlanta Biologicals | #S11150 | |
| 人胰岛素 | Sigma Aldrich | #I9278 | |
| 青霉素/链霉素 | Corning | #30-001-CI | |
| 药物处理 | 人重组抑制素M | DAPCEL | #OSM01-13 |
| 鲁索替尼 | Selleckchem | #S1378 | |
| 小鼠重组抑制素M | R&D Systems | #495-MO-025/CF | |
| 小鼠IgG2b同型对照抗体 | Bio X Cell | #BE0086 | |
| 小鼠抑制素M抗体 | R&D Systems | #AF-495-NA | |
| 聚肌胞苷酸(高分子量) | Invivogen | #tlrl-pic | |
| 人重组干扰素β1a | PBL Assay Science | #11410-2 | |
| 人重组干扰素α2a | PBL Assay Science | #11101-1 | |
| 质粒构建 | pCMV3-OSM质粒 | Sino Biological Inc. | #MG50112-UT |
| pENTR4 no ccDB载体 | Addgene | #17424 | |
| LR克隆酶II混合液 | Invitrogen | -- | |
| 重组TGF-β1 | PeproTech | #100-21 | |
| pCR8/GW/TOPO TA克隆试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| pLVTHM质粒 | Addgene | #12247 | |
| pLVTH-siGFP质粒 | Addgene | #12248 | |
| 病毒生产 | pCMV-dR8.74包装质粒 | -- | -- |
| pMD2G包膜质粒 | -- | -- | |
| 0.22 µm滤器 | Millipore | #SCGP00525 | |
| 聚凝胺 | Santa Cruz Biotechnology | #sc-134220 | |
| 嘌呤霉素 | Sigma | #P8833 | |
| Western blot | 细胞裂解缓冲液 | Invitrogen | #FNN0021 |
| 磷酸酶抑制剂 | Roche | #4906837001 | |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | #P8340 | |
| Laemmli上样缓冲液 | BIORAD | #1610747 | |
| 预制蛋白胶 | BIORAD | #4561094 and #4561034 | |
| Tris/甘氨酸/SDS缓冲液 | BIORAD | #1610732 | |
| 疏水转印膜 | Millipore | #IPFL00010 | |
| Tris/甘氨酸缓冲液 | BIORAD | #1610734 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Fisher Bioreagents | #BP399 | |
| 吐温 | Fisher Bioreagents | #BP337-500 | |
| 牛血清白蛋白 | Fisher Bioreagents | #BP1600 | |
| 抗OSM抗体 | Santa Cruz Biotechnology | #sc-390-253 | |
| 抗磷酸化STAT3 (Y705)抗体 | Cell Signaling Technology | #9145 | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | #9139 | |
| 抗泛肌动蛋白抗体 | Encore Biotechnology Inc. | #MCA-5J11 | |
| 抗磷酸化STAT1 (Y701)抗体 | Cell Signaling Technology | #9167 | |
| 抗STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | #14994 | |
| 抗磷酸化STAT2 (Y690)抗体 | Cell Signaling Technology | #88410 | |
| 抗STAT2抗体 | Cell Signaling Technology | #72604 | |
| 抗IRF9抗体 | Cell Signaling Technology | #76684 | |
| 抗MX1抗体 | Cell Signaling Technology | #37849 | |
| 抗GP130抗体 | Cell Signaling Technology | #86384 | |
| 抗TLR3抗体 | Cell Signaling Technology | #6961 | |
| 抗OSMR抗体 | Proteintech | #10982-1-AP | |
| 抗TGF-β抗体 | Cell Signaling Technology | #3711 | |
| 抗Snail抗体 | Cell Signaling Technology | #3879 | |
| 抗Zeb1抗体 | Cell Signaling Technology | #70512 | |
| 抗磷酸化SMAD2 (S465/S467)抗体 | Cell Signaling Technology | #18338 | |
| 抗SMAD2抗体 | Cell Signaling Technology | #5339 | |
| 抗Claudin-1抗体 | Cell Signaling Technology | #4933 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | #5741 | |
| Dylight800抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | #5151S | |
| Dylight680抗小鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | #5470S | |
| 脱脂奶粉 | Cell Signaling Technology | #9999S | |
| Odyssey CLx成像系统 | LI-COR | -- | |
| RNA提取和RT-qPCR | RNeasy Plus试剂盒 | QIAGEN | #74134 |
| iSCRIPT cDNA合成试剂盒 | BIORAD | #170-889 | |
| iQ SYBR Green预混液 | BIORAD | #170-8880 | |
| CFX96热循环仪 | BIORAD | -- | |
| RNA-seq | NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- |
| 细胞转染 | Opti-MEM培养基 | Gibco | #31985070 |
| 靶向IL6ST的siRNA | Ambion, Inc. | #s7318 and #s7319 | |
| 阴性对照siRNA | Ambion, Inc. | #4390844 | |
| RNAiMax转染试剂 | Invitrogen | #13778075 | |
| ELISA | SimpleStep ELISA试剂盒 | Abcam | #ab263891 |
| Spectra i3X多功能酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 肿瘤球形成实验 | 96孔超低吸附板 | Corning-Costar | #3474 |
| FACS ARIA-SORP流式细胞分选仪 | BD | -- | |
| 抗生素/抗真菌剂 | Gibco | #15-240-062 | |
| 迁移实验 | IncuCyte Sx5成像系统 | Sartorius | -- |
| 96孔ClearView趋化板 | Sartorius | #4582 | |
| Nuclight染料 | Sartorius | #4804 | |
| 动物实验 | 基质胶 | Corning | #354230 |
| 免疫组化 | 抗Ki67抗体 | -- | -- |
| 抗CD34抗体 | -- | -- | |
| 成像 | Hamamatsu NanoZoomer玻片扫描仪 | Hamamatsu | -- |
| 细胞成像 | Keyence BZ-X810显微镜 | Keyence | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| OSM处理 | OSM处理浓度、时间 阅读提示:Methods: Cell culture 和 Figure legends |
| TLR3敲低/敲除 | shRNA序列、敲低效率 阅读提示:Methods: Viral constructs and virus production; Figure legends 图4 |
| poly(I:C)刺激 | poly(I:C)浓度、刺激时间 阅读提示:Methods: Cell culture 和 Figure legends 图2H |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞注射数量、处理剂量、时间 阅读提示:Methods: Subcutaneous injection of 4T1.2 cells and treatment with OSM-neutralizing antibody; Mammary fat pad injection of E0771 shGFP and shTlr3 cells |
| 统计设计 | 重复次数、统计方法、误差表示 阅读提示:Methods: Statistical analyses |