生信分析筛选SEMA4C
确定SEMA4C在结肠癌中的表达和预后意义
利用TCGA数据库分析SEMAs在结肠癌中的表达差异和生存关联,并用质谱数据验证蛋白水平
Semaphorin 4C promotes motility and immunosuppressive activity of cancer cells via CRMP3 and PD-L1.
包含体外细胞模型、RNA测序、Western blot、免疫共沉淀、功能验证(迁移、侵袭)、药物处理、miRNA联合治疗等,机制验证较完整。
HCT116人结肠癌细胞系 CT26小鼠结肠癌细胞系 SW480人结肠癌细胞系
SEMA4C抗体中和处理浓度2 μg/ml,处理时间24小时 SEMA4C过表达质粒转染2 μg,转染48小时 let-7b mimic转染浓度200 nM,转染48小时 Vorinostat浓度1-10 μM,处理24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定SEMA4C在结肠癌中的表达和预后意义
利用TCGA数据库分析SEMAs在结肠癌中的表达差异和生存关联,并用质谱数据验证蛋白水平
验证SEMA4C对结肠癌细胞运动性的影响
使用SEMA4C中和抗体阻断或过表达SEMA4C,检测细胞增殖、迁移、侵袭和粘附
揭示SEMA4C促进运动性的分子通路
对SEMA4C过表达的HCT116细胞进行RNA-seq,并进行GO和GSEA富集分析
验证SEMA4C与CRMP3的相互作用及其对微管去乙酰化的影响
Western blot检测乙酰化水平,免疫共沉淀验证蛋白互作,功能实验验证CRMP3作为下游介质
评估HDAC抑制剂对SEMA4C促进运动性的抑制效果
使用Vorinostat处理HCT116细胞,检测增殖、迁移和侵袭
验证中和抗体与miRNA联合抑制SEMA4C的效果
通过数据库预测靶向SEMA4C的miRNA,验证let-7b的作用,并测试联合治疗的协同效应
探究SEMA4C对PD-L1表达的影响
Western blot检测SEMA4C阻断或过表达后PD-L1蛋白水平
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | HyClone | -- |
| DMEM培养基 | HyClone | -- | |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| 青霉素-链霉素-谷氨酰胺 | Gibco | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | A7906 | |
| 细胞处理 | SEMA4C抗体 | GeneTex | GTX32865 |
| 对照IgG | Leadgene | 10201 | |
| 伏立诺他 | MedChemExpress | -- | |
| 转染 | HyFect转染试剂 | Leadgene | -- |
| let-7b模拟物 | GenePharma | -- | |
| SEMA4C过表达质粒 | Sino Biological | HG11955-CF | |
| 对照载体 | Sino Biological | CV020 | |
| CRMP3过表达质粒 | Sino Biological | HG22668-UT | |
| 未标记载体 | Sino Biological | CV011 | |
| Western blot | 乙酰赖氨酸抗体 | GeneTex | GTX80693 |
| 总α-微管蛋白抗体 | GeneTex | GTX628802 | |
| HDAC6抗体 | GeneTex | GTX100722 | |
| PD-L1抗体 | GeneTex | GTX104763 | |
| c-MET抗体 | GeneTex | GTX631992 | |
| 泛钙粘蛋白抗体 | GeneTex | GTX132646 | |
| Flag抗体 | Sigma | F1804 | |
| 乙酰化α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5335 | |
| CRMP3抗体 | Abcam | ab128875 | |
| GAPDH抗体 | Millipore | MAB374 | |
| 人SEMA4C抗体 | R&D | AF6125 | |
| 小鼠SEMA4C抗体 | R&D | AF6120 | |
| 小鼠c-MET抗体 | R&D | AF527 | |
| 磷酸化c-MET抗体 | R&D | AF2480 | |
| 免疫沉淀 | EasyBlot二抗 | GeneTex | GTX628906-01 |
| 流式细胞术 | FACSCalibur流式细胞仪 | BD | -- |
| FlowJo软件 | BD | -- | |
| 抗体内化实验 | Histofine Simple Stain MAX PO | NICHIREI | -- |
| FlexStation 3酶标仪 | Molecular Probes | -- | |
| RNA-seq | TruSeq链式mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| AMPure XP纯化系统 | Beckman Coulter | -- | |
| 安捷伦2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| Western blot | CelLytic M裂解液 | Sigma | -- |
| Bradford蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL化学发光试剂 | PerkinElmer | -- | |
| UVP成像系统 | ANALYTIKJENA | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein G磁珠 | Sigma | GE28-9670-66 |
| 免疫荧光 | DAPI染料 | Sigma | -- |
| IX71荧光显微镜 | OLYMPUS | -- | |
| 统计分析 | SPSS Statistics 17.0软件 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:HCT116、CT26、SW480;培养条件:10% FCS和1% PSG的RPMI或DMEM,5% CO2;细胞系来源:Dr. Ming-Derg Lai 阅读提示:见Materials and methods - Cell lines and reagents |
| 抗体中和处理 | 抗体浓度2 μg/ml,处理时间24小时,对照为兔IgG 阅读提示:见Materials and methods - Cell treatment and transfection |
| 过表达和敲低 | 质粒量2 μg,HyFect转染试剂3 μl,转染48小时;shRNA序列:CCGGGAAGTTTCTCGAAGGTGCTTGCTCGAGCAAGCACCTTCGAGAAACTTCTTTTTG 阅读提示:见Materials and methods - Cell treatment and transfection |
| miRNA转染 | let-7b mimic浓度200 nM,转染48小时 阅读提示:见Materials and methods - Cell treatment and transfection |
| 迁移和侵袭实验 | 无血清培养基重悬细胞,上室植入,下室10% FCS,迁移24小时,侵袭实验需0.1%明胶包被 阅读提示:见Materials and methods - Migration and invasion assay |
| 免疫共沉淀 | 裂解液:CelLytic M,蛋白酶抑制剂:Na3VO4 1mM,aprotinin 5 μg/ml,PMSF 1mM,裂解20分钟,离心12000rpm 15分钟;IP用CRMP3抗体0.5 μg,Protein G磁珠100 μl 阅读提示:见Materials and methods - Immunoprecipitation |
| Western blot | 蛋白定量Bradford法;5×上样缓冲液,95℃加热5分钟;转膜100V 90分钟;封闭5% BSA 阅读提示:见Materials and methods - Western blotting |