单细胞转录组图谱构建
揭示增生性瘢痕与正常皮肤真皮细胞组成的差异,确定关键细胞类型和亚群。
对新鲜切除的HTS和NS真皮组织进行单细胞RNA测序,鉴定细胞类型和成纤维细胞亚群,分析组间比例变化和差异表达基因。
Single-cell transcriptomic profiling identifies YY1 as a key regulator of fibroblast plasticity in hypertrophic scar formation
包含体外细胞实验(YY1过表达、CUT&Tag)、临床样本分析(scRNA-seq、免疫荧光、Western blot)及公共数据集交叉验证,并进行了功能验证和机制研究。
人增生性瘢痕组织 人正常皮肤组织 HTS来源成纤维细胞 BJ人包皮成纤维细胞系 HEK 293T细胞
增生性瘢痕和正常皮肤样本的采集部位及患者人口统计学特征(见表1) scRNA-seq数据过滤参数(线粒体基因比例≤30%,红细胞基因比例≤5%,基因数200-8000) YY1过表达慢病毒转导的MOI或滴度(文中未明确说明) YY1敲低siRNA序列及转染试剂(Lipofectamine 3000) CUT&Tag测序的抗体、峰调用参数及差异峰阈值(|logFC|>1,P<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
揭示增生性瘢痕与正常皮肤真皮细胞组成的差异,确定关键细胞类型和亚群。
对新鲜切除的HTS和NS真皮组织进行单细胞RNA测序,鉴定细胞类型和成纤维细胞亚群,分析组间比例变化和差异表达基因。
验证Fib_5亚群在其他HTS数据集中是否保守存在。
整合14例NS和7例HTS的公共scRNA-seq数据,进行聚类和相关性分析。
确定Fib_5在成纤维细胞分化轨迹中的位置,并预测调控Fib_5纤维化表型的关键转录因子。
使用monocle3对成纤维细胞进行伪时间分析,识别状态6,通过TRRUST预测转录因子并与差异表达转录因子取交集。
验证YY1过表达是否能逆转HTS成纤维细胞的纤维化表型。
构建YY1过表达慢病毒载体,感染HTS成纤维细胞,通过bulk RNA-seq、Western blot和免疫荧光检测纤维化相关基因表达变化。
确定YY1的直接基因组靶点,阐明其调控纤维化基因的分子机制。
在BJ成纤维细胞中敲低或过表达YY1,进行CUT&Tag测序,分析差异结合峰和富集基序。
揭示HTS中成纤维细胞与周细胞之间的信号交互变化。
使用CellChat分析成纤维细胞亚群与周细胞之间的信号通路和中心性得分。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | Chromium单细胞3'文库与凝胶珠试剂盒v3 | 10x Genomics | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 组织消化 | 分散酶II | Sigma | -- |
| I型胶原酶 | Sigma | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | -- | |
| 红细胞裂解液 | -- | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 慢病毒包装 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| psPAX2质粒 | -- | -- | |
| pMD2.G质粒 | -- | -- | |
| 慢病毒浓缩 | 0.45 μm针头滤器 | Millipore | -- |
| 超速离心机 | Himac | P70AT-1584 | |
| 细胞转导 | 聚凝胺 | Millipore | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Sigma | -- |
| RNA质量检测 | 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
| RNA 6000 Nano试剂盒 | Agilent | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| Tris缓冲盐水吐温20 | Applygen | -- | |
| 脱脂牛奶 | Fujifilm | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | HRP-60004 | |
| 抗YY1抗体 | Santa Cruz | sc-7341 | |
| 抗COL1抗体 | Proteintech | 14695-1-AP | |
| 抗COL3抗体 | Proteintech | 22734-1-AP | |
| 抗FN1抗体 | Proteintech | 15613-1-AP | |
| 抗AKT抗体 | Proteintech | 60203-2-Ig | |
| 抗pAKT抗体 | Proteintech | 66444-1-Ig | |
| 山羊抗兔二抗 | Abcam | ab6721 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Abcam | ab6789 | |
| ECL化学发光底物试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio | -- |
| 山羊血清 | Gibco | -- | |
| 抗RGS5抗体 | Abcam | ab138019 | |
| Alexa Fluor 647山羊抗兔二抗 | Abcam | ab150079 | |
| Alexa Fluor 647山羊抗小鼠二抗 | Abcam | ab150115 | |
| DAPI染色液 | -- | -- | |
| 抗荧光淬灭剂 | Invitrogen | -- | |
| 共聚焦显微镜SP8 | Leica | -- | |
| CUT&Tag | 靶向YY1的小干扰RNA | Tsingke | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 抗YY1抗体 | Santa Cruz | sc-7341 | |
| 质粒提取 | 无内毒素大提试剂盒 | Qiagen | -- |
| 质粒浓度测定 | NanoDrop紫外可见分光光度计 | NanoDrop | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本类型(NS或HTS)、采集部位、年龄、性别、创伤后时间、瘢痕持续时间 阅读提示:Methods中的Table 1 |
| 单细胞RNA测序 | 组织消化酶浓度和孵育时间(0.25% Dispase II 2h,0.2% I型胶原酶,60 U/ml DNase I 2h) 阅读提示:Methods: Single-cell RNA sequencing, Preparation of dermal single-cell suspension |
| 单细胞数据处理 | 过滤参数(线粒体基因比例≤30%,红细胞基因比例≤5%,基因数200-8000,去除双细胞) 阅读提示:Methods: Single-cell data processing and analysis, Raw data processing |
| YY1过表达 | 慢病毒包装用量(5 μg target plasmid, 3.75 μg psPAX2, 1.25 μg pMD2.G)、转导浓度(10 μg/ml polybrene)、感染时间(18-24h) 阅读提示:Methods: Overexpression of YY1 in hypertrophic scar fibroblasts |
| CUT&Tag | YY1抗体(sc-7341 X)、siRNA序列、差异峰阈值(|logFC|>1,P<0.05) 阅读提示:Methods: CUT&Tag sequencing |