单细胞转录组分析确定YY1是增生性瘢痕形成中成纤维细胞可塑性的关键调节因子

Single-cell transcriptomic profiling identifies YY1 as a key regulator of fibroblast plasticity in hypertrophic scar formation

作者信息Qian Yu, Zonglin Huang, Lei Cai, Yanze Lv, Lianzhao Wang, Huanhuan Wu, Qiang Dai, Zikai Qiu, Zhigang Yang, Xin Fu, Ran Xiao
PMID42583611
发布时间2026-04-01
DOI10.1093/burnst/tkag027

实验完整度

包含体外细胞实验(YY1过表达、CUT&Tag)、临床样本分析(scRNA-seq、免疫荧光、Western blot)及公共数据集交叉验证,并进行了功能验证和机制研究。

主要模型

人增生性瘢痕组织 人正常皮肤组织 HTS来源成纤维细胞 BJ人包皮成纤维细胞系 HEK 293T细胞

重点核对

增生性瘢痕和正常皮肤样本的采集部位及患者人口统计学特征(见表1) scRNA-seq数据过滤参数(线粒体基因比例≤30%,红细胞基因比例≤5%,基因数200-8000) YY1过表达慢病毒转导的MOI或滴度(文中未明确说明) YY1敲低siRNA序列及转染试剂(Lipofectamine 3000) CUT&Tag测序的抗体、峰调用参数及差异峰阈值(|logFC|>1,P<0.05)

摘要

背景:增生性瘢痕(HTS)以细胞外基质过度沉积和瘢痕重塑受损为特征。成纤维细胞是HTS发病的核心,然而由于对成纤维细胞异质性和转录调控的理解不完整,临床策略仍然有限。本研究旨在确定关键的成纤维细胞亚群及其调控转录因子,以解决这一转化差距。方法:对新鲜切除的人HTS和正常皮肤(NS)组织的真皮细胞进行单细胞RNA测序。使用Seurat、伪时间、转录因子预测和细胞-细胞通讯分析鉴定成纤维细胞亚群和转录调控因子。功能验证涉及在源自增生性瘢痕患者的成纤维细胞中慢病毒过表达阴阳1(YY1),随后进行批量RNA测序、蛋白质印迹、CUT&Tag和免疫荧光分析。结果:临床HTS标本表现出特征性的胶原蛋白过度产生和血管增生。对43 303个细胞的单细胞分析揭示了疾病特异性的细胞组成变化,包括显著的周细胞扩增和成纤维细胞丰度降低。值得注意的是,成纤维细胞亚群Fib_5(ADAM12+ COMP+ POSTNhi)在HTS中尽管成纤维细胞总体下降,但仍增加,并表现出上调的纤维化基因表达。使用包含21个样本的公开数据集的交叉验证表明,Fib_5样亚群在纤维化疾病中保守。伪时间分析将Fib_5置于HTS主导的分支,状态6;基于分支依赖性差异表达基因的转录因子预测确定YY1是唯一在状态6中也差异表达的预测转录因子。功能验证表明,在源自HTS患者的成纤维细胞中过表达YY1逆转了纤维化基因表达谱,通过Scissor确定Fib_5是主要响应者。CUT&Tag分析在表观基因组水平验证了这些发现。细胞-细胞通讯分析进一步揭示了HTS中成纤维细胞-周细胞信号在多个纤维化相关通路中的显著重编程。结论:这项工作确立了Fib_5-YY1轴作为HTS发病机制的中心枢纽,YY1介导的成纤维细胞可塑性是皮肤纤维化的关键转录机制。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
增生性瘢痕中是否存在特定的成纤维细胞亚群及其关键转录调控因子,可作为潜在的治疗靶点?
核心机制
YY1通过直接结合纤维化相关基因的调控区域(如BMP7、BACH2增强结合,COL1A1结合减少),可能通过拮抗AP-1家族的促纤维化转录活性,并下调TGF-β受体和AKT信号通路,从而抑制成纤维细胞的纤维化程序。
主要证据
基于43,303个细胞的scRNA-seq鉴定出Fib_5亚群(ADAM12+ COMP+ POSTNhi)在HTS中扩增;伪时间分析确定YY1为关键转录因子;YY1过表达降低了COL1、COL3、FN1、AKT和p-AKT表达,并改变了CUT&Tag的基因组结合模式。
研究意义
该研究将Fib_5-YY1轴确立为HTS发病机制的核心中枢,提出YY1介导的成纤维细胞可塑性是皮肤纤维化的关键转录机制,为HTS提供了潜在的治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单细胞转录组图谱构建

揭示增生性瘢痕与正常皮肤真皮细胞组成的差异,确定关键细胞类型和亚群。

对新鲜切除的HTS和NS真皮组织进行单细胞RNA测序,鉴定细胞类型和成纤维细胞亚群,分析组间比例变化和差异表达基因。

2

公共数据集交叉验证

验证Fib_5亚群在其他HTS数据集中是否保守存在。

整合14例NS和7例HTS的公共scRNA-seq数据,进行聚类和相关性分析。

3

伪时间轨迹分析和转录因子预测

确定Fib_5在成纤维细胞分化轨迹中的位置,并预测调控Fib_5纤维化表型的关键转录因子。

使用monocle3对成纤维细胞进行伪时间分析,识别状态6,通过TRRUST预测转录因子并与差异表达转录因子取交集。

4

YY1过表达功能验证

验证YY1过表达是否能逆转HTS成纤维细胞的纤维化表型。

构建YY1过表达慢病毒载体,感染HTS成纤维细胞,通过bulk RNA-seq、Western blot和免疫荧光检测纤维化相关基因表达变化。

5

CUT&Tag表观基因组分析

确定YY1的直接基因组靶点,阐明其调控纤维化基因的分子机制。

在BJ成纤维细胞中敲低或过表达YY1,进行CUT&Tag测序,分析差异结合峰和富集基序。

6

细胞间通讯分析

揭示HTS中成纤维细胞与周细胞之间的信号交互变化。

使用CellChat分析成纤维细胞亚群与周细胞之间的信号通路和中心性得分。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Chromium单细胞3'文库与凝胶珠试剂盒v310x Genomics--
Illumina NovaSeq 6000测序仪Illumina--
分散酶IISigma--
I型胶原酶Sigma--
脱氧核糖核酸酶ISigma--
红细胞裂解液----
DMEM培养基Gibco--
胎牛血清Gibco--
jetPRIME转染试剂Polyplus--
psPAX2质粒----
pMD2.G质粒----
0.45 μm针头滤器Millipore--
超速离心机HimacP70AT-1584
聚凝胺Millipore--
TRIzol试剂Sigma--
2100生物分析仪Agilent--
RNA 6000 Nano试剂盒Agilent--
RIPA裂解液Beyotime--
蛋白酶抑制剂混合物Beyotime--
磷酸酶抑制剂混合物Beyotime--
BCA蛋白定量试剂盒Beyotime--
PVDF膜Millipore--
Tris缓冲盐水吐温20Applygen--
脱脂牛奶Fujifilm--
抗GAPDH抗体ProteintechHRP-60004
抗YY1抗体Santa Cruzsc-7341
抗COL1抗体Proteintech14695-1-AP
抗COL3抗体Proteintech22734-1-AP
抗FN1抗体Proteintech15613-1-AP
抗AKT抗体Proteintech60203-2-Ig
抗pAKT抗体Proteintech66444-1-Ig
山羊抗兔二抗Abcamab6721
山羊抗小鼠二抗Abcamab6789
ECL化学发光底物试剂盒Invitrogen--
Triton X-100Solarbio--
山羊血清Gibco--
抗RGS5抗体Abcamab138019
Alexa Fluor 647山羊抗兔二抗Abcamab150079
Alexa Fluor 647山羊抗小鼠二抗Abcamab150115
DAPI染色液----
抗荧光淬灭剂Invitrogen--
共聚焦显微镜SP8Leica--
靶向YY1的小干扰RNATsingke--
Lipofectamine 3000转染试剂Invitrogen--
抗YY1抗体Santa Cruzsc-7341
无内毒素大提试剂盒Qiagen--
NanoDrop紫外可见分光光度计NanoDrop--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
临床样本收集
样本类型(NS或HTS)、采集部位、年龄、性别、创伤后时间、瘢痕持续时间
阅读提示:Methods中的Table 1
单细胞RNA测序
组织消化酶浓度和孵育时间(0.25% Dispase II 2h,0.2% I型胶原酶,60 U/ml DNase I 2h)
阅读提示:Methods: Single-cell RNA sequencing, Preparation of dermal single-cell suspension
单细胞数据处理
过滤参数(线粒体基因比例≤30%,红细胞基因比例≤5%,基因数200-8000,去除双细胞)
阅读提示:Methods: Single-cell data processing and analysis, Raw data processing
YY1过表达
慢病毒包装用量(5 μg target plasmid, 3.75 μg psPAX2, 1.25 μg pMD2.G)、转导浓度(10 μg/ml polybrene)、感染时间(18-24h)
阅读提示:Methods: Overexpression of YY1 in hypertrophic scar fibroblasts
CUT&Tag
YY1抗体(sc-7341 X)、siRNA序列、差异峰阈值(|logFC|>1,P<0.05)
阅读提示:Methods: CUT&Tag sequencing