Fgf10和Fgfr2突变小鼠泪管发育表型分析
确定Fgf10和Fgfr2在泪管形成中的必要作用。
使用Sox2-Cre删除Fgf10和Fgfr2条件等位基因,通过E-cadherin免疫组化、原位杂交和三维重建评估E10.5至E12阶段泪管形态和基因表达。
Genetic Regulation of Wnt/PCP Components Through Fgf10/Fgfr2/Sox9 Module in Tear Duct Development
包含多个独立证据层级:Fgf10/Fgfr2/Sox9突变小鼠模型、免疫组化/原位杂交、单细胞RNA测序、CUT&Tag、EMSA、报告基因和ChIP验证,涵盖从体内模型到分子机制验证。
Fgf10、Fgfr2、Sox9突变小鼠 Prickle1基因陷阱突变小鼠 HEK293T和661W细胞系
使用Sox2-Cre删除Fgf10和Fgfr2的条件等位基因产生生殖系突变体 使用CreERT2和4-羟基他莫昔芬(4-HT)诱导Fgfr2和Sox9的条件性敲除,在E8注射,E12取材 对E10.5至E12胚胎进行免疫组化和原位杂交,检测E-cadherin、Ki67、Caspase3、p-Erk、Sox9、Prickle1等 使用E11.5胚胎进行单细胞RNA测序(GSE132462)和CUT&Tag分析 在661W细胞中进行EMSA,在HEK293T细胞中进行荧光素酶报告基因和ChIP验证Sox9对Prickle1启动子的结合
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Fgf10和Fgfr2在泪管形成中的必要作用。
使用Sox2-Cre删除Fgf10和Fgfr2条件等位基因,通过E-cadherin免疫组化、原位杂交和三维重建评估E10.5至E12阶段泪管形态和基因表达。
评估Fgf信号对泪管祖细胞增殖和存活的影响。
通过Ki67和cleaved Caspase-3免疫组化染色,定量E10.5胚胎oNLG/PTD区域的增殖和凋亡细胞,并检查c-Myc、Cyclin D1和β-catenin表达。
区分Fgf对Sox9表达的影响是直接还是间接。
使用Rosa26-CreERT2和4-HT在E8诱导Fgfr2条件缺失,在E12分析NLD中Sox9表达和导管长度。
定义泪管分子身份并鉴定Fgf信号下游的Sox9潜在直接靶标。
重新分析E11.5 lambdoidal junction的scRNA-seq数据集(GSE132462),分离出79个PTD/NLD细胞;对E11.5胚胎进行CUT&Tag,鉴定Sox9结合峰,并与PTD富集基因交集。
验证Fgf信号通过Sox9调控Wnt/PCP基因表达。
通过原位杂交和免疫组化检测Fzd6、Celsr1、Celsr2和Prickle1在Fgf10、Fgfr2和Sox9突变体中的表达变化。
验证Sox9对Prickle1的直接转录调控。
通过EMSA、荧光素酶报告基因和ChIP分析Sox9与Prickle1 5'调控区的结合及转录激活。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型构建 | 他莫昔芬 | Sigma | T5648 |
| 胚胎包埋与切片 | OCT包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 |
| 免疫组化封片 | Fluoromount-G封片剂 | Southern Biotech | 0100-01 |
| 振动切片 | 振动切片机VT1000S | Leica | -- |
| 共聚焦显微镜 | 蔡司LSM880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | NIH | -- |
| 免疫组化 | 抗E-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab11512 |
| 抗p63抗体 | Abcam | ab124762 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| 抗cleaved Caspase-3抗体 | CST | 9664 | |
| 抗p-ERK抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7383 | |
| 抗Sox9抗体 | Millipore | AB5535 | |
| 抗Sox10抗体 | R&D Systems | AF2864 | |
| 抗层粘连蛋白抗体 | Sigma | L9393 | |
| 抗β-连环蛋白抗体 | BD Biosciences | 610153 | |
| 原位杂交 | T7 RNA聚合酶 | NEB | M0251S |
| T3 RNA聚合酶 | NEB | M0378S | |
| NBT/BCIP底物 | Roche | 11681451001 | |
| 光学显微镜 | 蔡司Imager.Z2显微镜 | Zeiss | -- |
| 单细胞分离 | 0.25%胰蛋白酶-EDTA | Thermo Fisher Scientific | 25200056 |
| 胶原酶 | Sigma-Aldrich | C5138 | |
| CUT&Tag | NovoNGS CUT&Tag 4.0高灵敏度试剂盒 | Novoprotein | N259-YH01 |
| 抗H3K4me3抗体 | -- | -- | |
| 蛋白提取 | 核浆蛋白提取试剂 | Wanleibio | WLA020A |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 |
| EMSA | LightShift化学发光EMSA试剂盒 | Wanleibio | WLA079a |
| 正电荷尼龙膜 | Roche | 11209299001 | |
| 增强化学发光底物 | NCM Biotech | P10100 | |
| FluorChem E成像系统 | ProteinSimple | -- | |
| 报告基因 | pGL3-Basic载体 | Promega | -- |
| Mut Express通用快速突变试剂盒 | Vazyme | C216-01 | |
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Thermo Fisher | 11965092 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | A5670701 | |
| 细胞转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966 |
| 报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| Glomax发光检测仪 | Promega | -- | |
| ChIP | Pierce磁珠ChIP试剂盒 | Thermo Fisher | 26157 |
| qPCR | ChamQ SYBR Color qPCR预混液 | Vazyme | Q411-02 |
| qTower³G实时荧光定量PCR仪 | Analytik Jena GmbH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型构建 | 品系背景(C57BL/6和Sv129混合)、Cre系(Sox2-Cre、CreERT2)、基因型(Fgf10flox、Fgfr2flox、Sox9flox、Prickle1基因陷阱)、他莫昔芬剂量和给药时间 阅读提示:Materials and Methods - Mice and Genotyping |
| 组织处理 | 胚胎阶段(E10.25-E12)、固定液(4% PFA)、包埋剂(OCT)、切片厚度(12 μm) 阅读提示:Materials and Methods - Immunohistochemistry, In Situ Hybridization, and Imaging |
| 免疫组化/原位杂交 | 一抗信息(品牌、货号)、二抗信息和浓度、杂交温度和时间、显色底物 阅读提示:Materials and Methods - Immunohistochemistry, In Situ Hybridization, and Imaging |
| 单细胞RNA-seq及CUT&Tag | 数据集(GSE132462)、细胞筛选标准、CUT&Tag试剂盒(NovoNGS)、抗体(Sox9、IgG对照)、测序平台、数据分析参数 阅读提示:Materials and Methods - Single-Cell RNA-Sequencing Data Analysis; Cut&Tag Analysis and Sox9 Binding Sites Prediction |
| 分子验证实验 | 细胞系(HEK293T、661W)、转染试剂(PEI)、报告基因载体(P0/P1/P2)、EMSA探针序列、ChIP抗体和qPCR引物 阅读提示:Materials and Methods - Electrophoretic Mobility Shift Assay; Luciferase Reporter Analysis; Chromatin Immunoprecipitation |