NCCRP1表达与预后分析
评估NCCRP1在LUAD中的表达及其与患者预后的关系
分析TCGA和KM plotter数据库中NCCRP1表达与生存数据,并利用组织芯片进行免疫组化验证。
Loss of NCCRP1 overcomes immune evasion in lung adenocarcinoma
包含细胞系敲除、皮下移植模型、scRNA-seq、流式、免疫细胞耗竭、机制验证(Co-IP、RNA pull-down、泛素化)及联合治疗实验。
LLC小鼠肺腺癌细胞系 CMT167小鼠肺腺癌细胞系 C57BL/6小鼠皮下移植瘤模型 NSG小鼠皮下移植瘤模型 A549和H1299人肺腺癌细胞系
Nccrp1基因敲除效率验证(DNA测序、Western blot) 皮下移植瘤模型中肿瘤生长曲线和生存期 免疫细胞耗竭实验(anti-CD8、anti-NK1.1、clodronate脂质体) CX3CR1阻断剂AZD8797处理 联合治疗实验(anti-PD-1、IFN-γ)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NCCRP1在LUAD中的表达及其与患者预后的关系
分析TCGA和KM plotter数据库中NCCRP1表达与生存数据,并利用组织芯片进行免疫组化验证。
建立Nccrp1敲除的LUAD细胞系以研究其功能
使用CRISPR-Cas9在LLC和CMT167细胞中敲除Nccrp1,筛选单克隆细胞并验证敲除效率。
比较Nccrp1敲除在免疫缺陷和免疫活性小鼠中对肿瘤生长的影响
将sgCtrl和sgNccrp1细胞皮下接种NSG和C57BL/6小鼠,监测肿瘤体积和生存期。
探究NCCRP1缺失对肿瘤免疫细胞组成和功能的影响
通过scRNA-seq、流式细胞术分析sgCtrl和sgNccrp1肿瘤中的免疫细胞亚群。
验证CD8+ T细胞、NK细胞和巨噬细胞在NCCRP1缺失抗肿瘤效应中的作用
使用中和抗体或药物耗竭CD8+ T细胞、NK细胞或巨噬细胞,观察肿瘤生长变化。
确证NCCRP1缺失通过CX3CL1招募CX3CR1+巨噬细胞
通过ELISA检测CX3CL1水平,通过流式检测CX3CR1+CD86+巨噬细胞,并用AZD8797阻断CX3CR1。
阐明NCCRP1调控Cx3cl1 mRNA表达的具体分子机制
通过双荧光素酶报告基因、mRNA稳定性实验、iTRAQ蛋白质组学、RNA pull-down和质谱鉴定STAU1为关键调控因子。
验证NCCRP1通过与STAU1竞争结合NEDD4调控STAU1泛素化降解
通过Co-IP、泛素化实验和蛋白降解实验验证NCCRP1调控STAU1蛋白稳定性。
评估NCCRP1缺失与PD-1阻断或IFN-γ联合的抗肿瘤效果
将sgCtrl或sgNccrp1细胞接种小鼠,给予anti-PD-1或IFN-γ治疗,观察肿瘤生长和生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| CRISPR-Cas9敲除 | GV392-sgNccrp1质粒 | Shanghai GeneChem | -- |
| GV392-sgCtrl质粒 | Shanghai GeneChem | -- | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Servicebio | G4535 |
| DMEM培养基 | Servicebio | G4515 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 细胞转染 | GTR转染试剂 | GeneChem | REGV007 |
| Western blot | 抗NCCRP1抗体 | Invitrogen | PA5-62693 |
| 抗NCCRP1抗体 | Prosci | 56-470 | |
| 抗STAU1抗体 | Santa Cruz | sc-390820 | |
| 抗泛素抗体 | Santa Cruz | sc-8017 | |
| 抗OTUD4抗体 | Invitrogen | PA5-20707 | |
| 抗NEDD4抗体 | Cell Signaling Technology | 2740 | |
| 抗Flag抗体 | Abmart | M20008 | |
| 抗HA抗体 | Abmart | M20003 | |
| 抗β-actin抗体 | Signalway Antibody | 52901 | |
| RIPA裂解液 | Biosharp | BL504A | |
| 蛋白酶抑制剂 | Biosharp | BL612A | |
| 磷酸酶抑制剂 | Biosharp | BL615A | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | IPVH00010 | |
| 动物实验 | 抗CD8α抗体 | Bio X Cell | BE0004-1 |
| 抗NK1.1抗体 | Bio X Cell | BE0036-1 | |
| 同型对照 | Bio X Cell | BE0089 | |
| PBS脂质体 | LIPOSOMA | P-005 | |
| 抗CXCL9抗体 | Bio X Cell | BE0309 | |
| 抗CXCL10抗体 | Bio X Cell | BE0440 | |
| AZD8797 | MedChemExpress | HY-13848 | |
| 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 | |
| 干扰素-γ | Novoprotein | C746 | |
| scRNA-seq | SeekOne数字液滴单细胞3'转录组试剂盒 | Seekin Biotech | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 流式细胞术 | APC抗小鼠CD3抗体 | Elabscience | E-AB-F1013E |
| FITC抗小鼠CD8a抗体 | Elabscience | E-AB-F1104C | |
| Brilliant Violet 421抗小鼠NK1.1抗体 | BioLegend | 108731 | |
| Pacific Blue抗小鼠CD45.2抗体 | BioLegend | 109820 | |
| Brilliant Violet 421抗小鼠CD45.2抗体 | BioLegend | 109832 | |
| PE-CF594抗小鼠CD45.2抗体 | BD Biosciences | 565390 | |
| PE抗小鼠CD8a抗体 | BioLegend | 100708 | |
| PE抗小鼠NK1.1抗体 | Elabscience | E-AB-F0987D | |
| PerCP/Cyanine5.5抗小鼠CXCR3抗体 | BioLegend | 126514 | |
| APC抗人/小鼠颗粒酶B抗体 | BioLegend | 372204 | |
| FITC抗小鼠F4/80抗体 | Elabscience | E-AB-F0995C | |
| APC抗小鼠CD86抗体 | Elabscience | E-AB-F0994E | |
| APC抗小鼠CD206抗体 | Elabscience | E-AB-F1135E | |
| FITC抗小鼠CX3CR1抗体 | BioLegend | 149019 | |
| Zombie NIR可固定活力试剂盒 | BioLegend | 423106 | |
| Cytek Aurora光谱流式细胞仪 | Cytek | -- | |
| Northern Lights光谱流式细胞仪 | Cytek | -- | |
| TAM分离 | 抗小鼠F4/80磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-110-443 |
| LS分离柱 | Miltenyi Biotec | 130-042-401 | |
| MACS多支架 | Miltenyi Biotec | 130-042-303 | |
| MidiMACS分离器 | Miltenyi Biotec | 130-042-302 | |
| ELISA | 小鼠CXCL9 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3077 |
| 小鼠CXCL10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0021 | |
| 小鼠CX3CL1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0267 | |
| 人CX3CL1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0044 | |
| 人CXCL9 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6062 | |
| 人CXCL10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0050 | |
| RT-qPCR | FastPure复杂组织/细胞总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC113-01 |
| HiScript II Q Select RT超混液 | Vazyme | R233-01 | |
| ChamQ SYBR qPCR试剂盒 | Vazyme | Q341-02 | |
| 罗氏LightCycler 480 | Roche | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | pGL3-Control载体 | BGI | -- |
| pRL-TK载体 | Promega | E2241 | |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Vazyme | DL101-01 | |
| 蛋白质降解 | MG132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| 泛素化实验 | 抗Flag磁珠 | MedChemExpress | HY-K0207 |
| 抗HA磁珠 | MedChemExpress | HY-K0201 | |
| 质谱分析 | Orbitrap Astral质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Vanquish Neo超高效液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 人类单核细胞分离 | Ficoll-Hypaque密度梯度离心液 | TBDscience | LTS1077 |
| 人类巨噬细胞分化 | 重组人M-CSF | Novoprotein | C417 |
| 重组人IFN-γ | Novoprotein | C014 | |
| FACS | FITC抗人CX3CR1抗体 | BioLegend | 341606 |
| APC抗人CD86抗体 | BioLegend | 374208 | |
| CytoFLEX SRT细胞分选仪 | Beckman Coulter | -- | |
| Transwell迁移 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Nccrp1基因敲除 | sgRNA序列、转染试剂、筛选浓度和时间、敲除验证方法 阅读提示:Methods: Cell transfection |
| 皮下移植瘤模型 | 细胞数量、注射体积、小鼠品系和性别、测量频率、肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods: Tumor models and treatment |
| 流式细胞术分析 | 抗体克隆号、染料、染色条件、流式细胞仪型号 阅读提示:Methods: Flow cytometry analysis |
| 体内免疫细胞耗竭 | 抗体名称、剂量、注射时间和频率 阅读提示:Methods: Tumor models and treatment |
| 细胞因子中和实验 | 抗体名称、剂量、注射时间和频率 阅读提示:Methods: Tumor models and treatment |
| CX3CR1阻断 | AZD8797剂量、给药途径和频率 阅读提示:Methods: Tumor models and treatment |
| 联合治疗 | anti-PD-1剂量、IFN-γ剂量、给药时间和频率 阅读提示:Methods: Tumor models and treatment |
| scRNA-seq | 组织解离方法、细胞活力阈值、建库试剂盒、测序平台和深度 阅读提示:Methods: ScRNA-seq library construction and sequencing |
| mRNA稳定性实验 | Act D浓度、处理时间点 阅读提示:Methods: RNA stability assay |
| 蛋白质降解实验 | MG132浓度、CHX浓度、处理时间点 阅读提示:Methods: Protein degradation assay |
| 泛素化实验 | MG132浓度、处理时间、抗体和磁珠 阅读提示:Methods: Ubiquitination assay |