人类远端肺分子图谱构建
识别和表征人类远端气道(包括TRBs)中的细胞类型及空间分布。
对显微切割的远端气道进行空间转录组学和单细胞RNA测序,并整合分析。
Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor
包含多层级证据:空间转录组学、单细胞转录组学、类器官功能实验、非人灵长类动物模型及人类疾病样本,且进行了功能与机制验证。
人类远端气道显微切割组织 人类AT2来源的类器官(alveolosphere) 食蟹猴/恒河猴肺组织 人类正常、急性肺损伤、IPF及COPD肺组织
转录组数据来自3名供体,整合分析后鉴定出21,700个细胞。 使用EGF耗竭培养条件诱导AT2向AT0转变,并进行类器官分析。 使用博来霉素(1 mg/kg,气管内滴注)诱导猴肺损伤模型。 使用小分子抑制剂(如Erlotinib、PD0325901)验证EGFR下游信号通路。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别和表征人类远端气道(包括TRBs)中的细胞类型及空间分布。
对显微切割的远端气道进行空间转录组学和单细胞RNA测序,并整合分析。
验证新发现的TRB-SC、AT0等细胞类型的存在和特异性标记。
通过免疫染色、RNA-FISH和空间转录组数据分析,定位并验证细胞类型。
探究LGR5+成纤维细胞在远端气道微环境中的作用。
分离LGR5+成纤维细胞,与基底细胞或AT2细胞共培养,观察支持作用。
确定诱导AT2细胞获得AT0状态的条件。
在类器官培养中逐一去除生长因子(EGF、FGF10、SB431542、CHIR99201),或使用EGFR抑制剂,观察细胞状态变化。
验证AT0细胞可分化为AT1或TRB-SC。
分选AT0细胞,分别置于血清(诱导AT1分化)或EGF耗竭(诱导TRB-SC分化)条件下培养,并分析标志物。
验证AT0在体内损伤修复过程中的出现。
对恒河猴进行博来霉素损伤,免疫染色检测AT0细胞。
探究AT0和TRB-SC在人类肺疾病中的表现。
对急性肺损伤、IPF和COPD患者肺组织进行免疫染色,检测AT0和TRB-SC。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 基质胶 | Corning | 354230 |
| TrypLE Select 酶 | Thermofisher | 12563029 | |
| DMEM/F-12 培养基 | Gibco | -- | |
| Advanced DMEM/F12 培养基 | Thermo | 12634028 | |
| B27 添加剂 | Thermo | 17504044 | |
| N2 添加剂 | Thermo | 17502048 | |
| 谷氨酰胺补充剂 | Thermo | 35050061 | |
| HEPES | Thermo | 15630080 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma | A9165 | |
| 抗生素-抗真菌剂 | Thermo | A5955 | |
| BIRB796 | Tocris | 5989 | |
| 人EGF | Gibco | PHG0313 | |
| PDGFRα | Biolegend | 712402 | |
| Noggin | Biolegend | 597002 | |
| Y-27632 | Enzo Life Science | -- | |
| PneumaCult-Ex Plus 培养基 | STEMCELL Technologies | 05040 | |
| PneumaCult 气道类器官试剂盒 | STEMCELL Technologies | 05060 | |
| PneumaCult-ALI-S 培养基 | STEMCELL Technologies | 05050 | |
| CHIR99021 | Cayman | 13122 | |
| FGF10 | BioLegend | 559306 | |
| 盐酸厄洛替尼 | Sigma | SML2156 | |
| 信号通路抑制 | GSK690693 | Selleckchem | S1113 |
| SP600125 | Selleckchem | Nsc75890 | |
| 瑞戈非尼 | Selleckchem | S1178 | |
| 米达替尼 | Selleckchem | S1036 | |
| 动物实验 | 硫酸博来霉素 | Selleckchem | -- |
| RNA提取 | TRIzol 试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| Direct-zol RNA 微量提取试剂盒 | Zymo | R2061 | |
| RT-qPCR | SuperScript III 第一链合成 SuperMix 试剂盒 | Thermo Fisher | 18080400 |
| PowerUp SYBR Green 预混液 | Thermo Fisher | A25742 | |
| StepOne Plus 实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫染色 | 兔抗SFTPC抗体 | Millipore | ab3786 |
| 羊抗AGER抗体 | R&D systems | AF1145 | |
| 鼠抗SFTPB抗体 | Thermo Fisher | MA1-204 | |
| 兔抗SFTPB抗体 | Thermo Fisher | PA5-42000 | |
| 羊抗UGRP1抗体 | R&D systems | AF3545 | |
| 大鼠抗CC10抗体 | R&D Systems | MAB4218 | |
| 兔抗p63抗体 | Genetex | GTX102425 | |
| 鸡抗KRT5抗体 | Biolegend | 905903 | |
| 流式细胞术 | 鼠抗HTI-56抗体 | Terrace Biotech | TB-29AHT1-56 |
| 免疫染色 | 大鼠抗Ki67抗体 | Thermo Fisher | 14-5698-82 |
| 兔抗Ki67抗体 | Millipore | AB9260 | |
| 羊抗SOX2抗体 | R&D systems | AF2018 | |
| 兔抗MUC5B抗体 | Santa Cruz | sc-20119 | |
| 鼠抗MUC5AC抗体 | Thermo Scientific | MS-145-P | |
| 鼠抗FOXJ1抗体 | Thermo Fisher | 14-9965-82 | |
| 流式细胞术 | 鼠抗HTII-280抗体 | Terrace Biotech | TB-27AHT2-280 |
| APC抗人CD140a (PDGFRα)抗体 | BioLegend | 323512 | |
| 免疫染色 | 鼠抗Napsin A抗体 | Cell Marque | 760-4867 |
| 含DAPI的Fluor G封片剂 | -- | -- | |
| TrueVIEW 自发荧光淬灭试剂盒 | Vector Labs | SP-8500 | |
| TrueBlack 自发荧光淬灭剂 | Biotium | 23007 | |
| 流式分选 | SONY SH800S 分选仪 | SONY | -- |
| LS 分离柱 | Miltenyi Biotec | 130-042-401 | |
| 细胞分离 | Human TruStain FcX 阻断剂 | BioLegend | 422032 |
| 抗小鼠IgM磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-047-302 | |
| CD326 (EpCAM) 磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-061-101 | |
| 死细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-090-101 | |
| 类器官培养 | Transwell 膜 | Corning | 3470 |
| 分子克隆 | Q5 DNA聚合酶 | NEB | M0491 |
| T4 DNA连接酶 | NEB | M0202M | |
| NEB HiFi组装预混液 | NEB | E2621L | |
| PEI Max 转染试剂 | Polysciences | 24765 | |
| Lenti-X 浓缩液 | Takara | 631231 | |
| 聚凝胺 | Sigma | TR-1003-G | |
| 空间转录组 | Visium 空间基因表达检测 | 10x Genomics | -- |
| 测序 | Illumina HiSeq X 测序仪 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSeq 6000 测序仪 | Illumina | -- | |
| 10x Chromium 仪器 | 10x Genomics | -- | |
| 成像 | 奥林巴斯共聚焦显微镜 FV3000 | Olympus | -- |
| 基恩士 BZ-X810 显微镜 | Keyence | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| scRNA-seq | 显微切割的远端气道组织(直径<1mm),酶解步骤和试剂,3个供体样本 阅读提示:Methods: Human lung microdissection, tissue dissociation and scRNA-seq |
| 空间转录组 | 组织切片厚度(10 μm),通透化时间(30 min),Visium试剂盒版本 阅读提示:Methods: Spatial Transcriptomics |
| 类器官培养 | AT2细胞分离和培养方法,Matrigel浓度,生长因子组合,EGF或CHIR99201耗竭条件 阅读提示:Methods: Organoid culture and growth factor depletion |
| LGR5+成纤维细胞共培养 | LGR5-mRFP报告基因构建和病毒包装,成纤维细胞分离方法,共培养比例和培养基 阅读提示:Methods: Distal airway fibroblast cultures, LGR5-mRFP reporter plasmid construction, and Distal basal cell co-cultures |
| 动物模型 | 猴品系(恒河猴),性别(雄性),年龄,博来霉素剂量(1 mg/kg),给药途径(气管内滴注),损伤后时间点(6或9周) 阅读提示:Methods: Animal care and procedures for monkey |
| 免疫染色 | 抗原修复条件,抗体稀释度,封片剂选择 阅读提示:Methods: Immunostaining; Antibodies 列表 |