人类远端肺图谱和谱系层级揭示双能干细胞

Human distal lung maps and lineage hierarchies reveal a bipotent progenitor

作者信息Preetish Kadur Lakshminarasimha Murthy, Vishwaraj Sontake, Aleksandra Tata, Yoshihiko Kobayashi, Lauren Macadlo, Kenichi Okuda, Ansley S Conchola, Satoko Nakano, Simon Gregory, Lisa A Miller, Jason R Spence, John F Engelhardt, Richard C Boucher, Jason R Rock, Scott H Randell, Purushothama Rao Tata
PMID35355018
期刊Nature
发布时间2022-04
DOI10.1038/s41586-022-04541-3

实验完整度

包含多层级证据:空间转录组学、单细胞转录组学、类器官功能实验、非人灵长类动物模型及人类疾病样本,且进行了功能与机制验证。

主要模型

人类远端气道显微切割组织 人类AT2来源的类器官(alveolosphere) 食蟹猴/恒河猴肺组织 人类正常、急性肺损伤、IPF及COPD肺组织

重点核对

转录组数据来自3名供体,整合分析后鉴定出21,700个细胞。 使用EGF耗竭培养条件诱导AT2向AT0转变,并进行类器官分析。 使用博来霉素(1 mg/kg,气管内滴注)诱导猴肺损伤模型。 使用小分子抑制剂(如Erlotinib、PD0325901)验证EGFR下游信号通路。

摘要

绘制构成细胞的空间分布和分子身份对于理解健康和疾病中的组织动态至关重要。我们缺乏人类远端气道的全面图谱,包括与呼吸系统疾病有关的终末和呼吸性细支气管(TRBs)。在这里,我们利用空间转录组学和显微切割的远端气道的单细胞分析,识别出以前未表征的、分子上独特的TRB细胞类型。这些包括气道相关的LGR5+成纤维细胞和TRB特异性的肺泡0型(AT0)和TRB分泌细胞(TRB-SCs)。连接组图谱和类器官共培养揭示LGR5+成纤维细胞在气道微环境中形成信号枢纽。AT0和TRB-SCs在灵长类动物中保守,并在人类肺发育过程中动态出现。利用非人灵长类肺损伤模型、人类类器官和组织标本,我们表明再生肺中的肺泡2型细胞(AT2)短暂获得AT0状态,从该状态它们可以分化为肺泡1型细胞或TRB-SCs。这种分化程序不同于在小鼠肺中鉴定的程序。我们的研究揭示了驱动双能的AT0细胞状态分化为正常或病理状态的机制。总之,我们的研究修正了人类肺细胞图谱和谱系轨迹,并暗示了灵长类肺再生和疾病中一种新的上皮过渡状态。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
人类远端气道(包括TRBs)的细胞组成和谱系层级是什么?双能AT0细胞状态在肺再生和疾病中的作用如何?
核心机制
在损伤或特定培养条件下,AT2细胞可短暂获得AT0状态,AT0作为双能中间态,可进一步分化为AT1或TRB-SC;这一过程受EGFR及其下游RAF/MEK信号通路调控。
主要证据
通过空间转录组学、单细胞RNA测序、类器官共培养和分化实验,以及非人灵长类肺损伤模型和人类疾病样本的免疫染色,验证了AT0的存在和分化轨迹。
研究意义
研究修正了人类肺细胞图谱和谱系轨迹,为理解肺再生机制和疾病病理提供了新视角,可能为IPF和COPD等疾病提供新的治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

人类远端肺分子图谱构建

识别和表征人类远端气道(包括TRBs)中的细胞类型及空间分布。

对显微切割的远端气道进行空间转录组学和单细胞RNA测序,并整合分析。

2

新型细胞类型鉴定与验证

验证新发现的TRB-SC、AT0等细胞类型的存在和特异性标记。

通过免疫染色、RNA-FISH和空间转录组数据分析,定位并验证细胞类型。

3

LGR5+成纤维细胞功能研究

探究LGR5+成纤维细胞在远端气道微环境中的作用。

分离LGR5+成纤维细胞,与基底细胞或AT2细胞共培养,观察支持作用。

4

AT2向AT0转变的体外诱导

确定诱导AT2细胞获得AT0状态的条件。

在类器官培养中逐一去除生长因子(EGF、FGF10、SB431542、CHIR99201),或使用EGFR抑制剂,观察细胞状态变化。

5

AT0分化的双向性验证

验证AT0细胞可分化为AT1或TRB-SC。

分选AT0细胞,分别置于血清(诱导AT1分化)或EGF耗竭(诱导TRB-SC分化)条件下培养,并分析标志物。

6

非人灵长类肺损伤模型验证

验证AT0在体内损伤修复过程中的出现。

对恒河猴进行博来霉素损伤,免疫染色检测AT0细胞。

7

人类疾病样本分析

探究AT0和TRB-SC在人类肺疾病中的表现。

对急性肺损伤、IPF和COPD患者肺组织进行免疫染色,检测AT0和TRB-SC。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
基质胶Corning354230
TrypLE Select 酶Thermofisher12563029
DMEM/F-12 培养基Gibco--
Advanced DMEM/F12 培养基Thermo12634028
B27 添加剂Thermo17504044
N2 添加剂Thermo17502048
谷氨酰胺补充剂Thermo35050061
HEPESThermo15630080
N-乙酰半胱氨酸SigmaA9165
抗生素-抗真菌剂ThermoA5955
BIRB796Tocris5989
人EGFGibcoPHG0313
PDGFRαBiolegend712402
NogginBiolegend597002
Y-27632Enzo Life Science--
PneumaCult-Ex Plus 培养基STEMCELL Technologies05040
PneumaCult 气道类器官试剂盒STEMCELL Technologies05060
PneumaCult-ALI-S 培养基STEMCELL Technologies05050
CHIR99021Cayman13122
FGF10BioLegend559306
盐酸厄洛替尼SigmaSML2156
GSK690693SelleckchemS1113
SP600125SelleckchemNsc75890
瑞戈非尼SelleckchemS1178
米达替尼SelleckchemS1036
硫酸博来霉素Selleckchem--
TRIzol 试剂Thermo Fisher15596026
Direct-zol RNA 微量提取试剂盒ZymoR2061
SuperScript III 第一链合成 SuperMix 试剂盒Thermo Fisher18080400
PowerUp SYBR Green 预混液Thermo FisherA25742
StepOne Plus 实时荧光定量PCR系统Applied Biosystems--
兔抗SFTPC抗体Milliporeab3786
羊抗AGER抗体R&D systemsAF1145
鼠抗SFTPB抗体Thermo FisherMA1-204
兔抗SFTPB抗体Thermo FisherPA5-42000
羊抗UGRP1抗体R&D systemsAF3545
大鼠抗CC10抗体R&D SystemsMAB4218
兔抗p63抗体GenetexGTX102425
鸡抗KRT5抗体Biolegend905903
鼠抗HTI-56抗体Terrace BiotechTB-29AHT1-56
大鼠抗Ki67抗体Thermo Fisher14-5698-82
兔抗Ki67抗体MilliporeAB9260
羊抗SOX2抗体R&D systemsAF2018
兔抗MUC5B抗体Santa Cruzsc-20119
鼠抗MUC5AC抗体Thermo ScientificMS-145-P
鼠抗FOXJ1抗体Thermo Fisher14-9965-82
鼠抗HTII-280抗体Terrace BiotechTB-27AHT2-280
APC抗人CD140a (PDGFRα)抗体BioLegend323512
鼠抗Napsin A抗体Cell Marque760-4867
含DAPI的Fluor G封片剂----
TrueVIEW 自发荧光淬灭试剂盒Vector LabsSP-8500
TrueBlack 自发荧光淬灭剂Biotium23007
SONY SH800S 分选仪SONY--
LS 分离柱Miltenyi Biotec130-042-401
Human TruStain FcX 阻断剂BioLegend422032
抗小鼠IgM磁珠Miltenyi Biotec130-047-302
CD326 (EpCAM) 磁珠Miltenyi Biotec130-061-101
死细胞去除试剂盒Miltenyi Biotec130-090-101
Transwell 膜Corning3470
Q5 DNA聚合酶NEBM0491
T4 DNA连接酶NEBM0202M
NEB HiFi组装预混液NEBE2621L
PEI Max 转染试剂Polysciences24765
Lenti-X 浓缩液Takara631231
聚凝胺SigmaTR-1003-G
Visium 空间基因表达检测10x Genomics--
Illumina HiSeq X 测序仪Illumina--
Illumina NovaSeq 6000 测序仪Illumina--
10x Chromium 仪器10x Genomics--
奥林巴斯共聚焦显微镜 FV3000Olympus--
基恩士 BZ-X810 显微镜Keyence--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
scRNA-seq
显微切割的远端气道组织(直径<1mm),酶解步骤和试剂,3个供体样本
阅读提示:Methods: Human lung microdissection, tissue dissociation and scRNA-seq
空间转录组
组织切片厚度(10 μm),通透化时间(30 min),Visium试剂盒版本
阅读提示:Methods: Spatial Transcriptomics
类器官培养
AT2细胞分离和培养方法,Matrigel浓度,生长因子组合,EGF或CHIR99201耗竭条件
阅读提示:Methods: Organoid culture and growth factor depletion
LGR5+成纤维细胞共培养
LGR5-mRFP报告基因构建和病毒包装,成纤维细胞分离方法,共培养比例和培养基
阅读提示:Methods: Distal airway fibroblast cultures, LGR5-mRFP reporter plasmid construction, and Distal basal cell co-cultures
动物模型
猴品系(恒河猴),性别(雄性),年龄,博来霉素剂量(1 mg/kg),给药途径(气管内滴注),损伤后时间点(6或9周)
阅读提示:Methods: Animal care and procedures for monkey
免疫染色
抗原修复条件,抗体稀释度,封片剂选择
阅读提示:Methods: Immunostaining; Antibodies 列表