拓扑异构酶IIα表达检测
评估拓扑异构酶IIα在PAH中的表达变化。
通过免疫荧光和Western blot检测IPAH患者肺组织、SuHx和MCT动物模型肺组织以及PDGF-BB刺激的PASMCs中拓扑异构酶IIα的表达。
Amonafide Targeting NTSR1-PI3K/AKT/mTOR Signaling Attenuates Vascular Remodeling in Pulmonary Arterial Hypertension
包含患者样本、两种动物模型、细胞实验、转录组与代谢组分析,并有NTSR1过表达与敲低的功能验证及分子动力学模拟。
特发性肺动脉高压患者肺组织 SU5416联合低氧诱导的PAH小鼠模型 野百合碱诱导的PAH大鼠模型 PDGF-BB刺激的人肺动脉平滑肌细胞
PAH患者肺组织中拓扑异构酶IIα和NTSR1表达上调(n=4) SuHx小鼠模型(n=8/组)与MCT大鼠模型(n=12/组)中阿莫奈肽的给药剂量:小鼠6mg/kg,大鼠3mg/kg,每日腹腔注射 细胞实验中PDGF-BB浓度20ng/mL,阿莫奈肽浓度3μmol/L 体外功能实验:EdU、Transwell、划痕实验、MTT、TUNEL等使用的具体条件 动物模型构建:MCT 60mg/kg皮下注射,SU5416 20mg/kg每周皮下注射,配合低氧暴露
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估拓扑异构酶IIα在PAH中的表达变化。
通过免疫荧光和Western blot检测IPAH患者肺组织、SuHx和MCT动物模型肺组织以及PDGF-BB刺激的PASMCs中拓扑异构酶IIα的表达。
验证阿莫奈肽对PAH动物模型的治疗效果。
在SuHx小鼠和MCT大鼠PAH模型中给予阿莫奈肽,测量右心室收缩压、平均肺动脉压、右心室肥厚指数,并进行组织学分析评估血管重塑。
评估阿莫奈肽对PASMCs增殖、迁移、凋亡和DNA损伤的影响。
PDGF-BB刺激的hPASMCs给予阿莫奈肽处理,进行EdU增殖、Transwell迁移、划痕实验、MTT活力、TUNEL凋亡、肌动蛋白和标记物染色,Western blot检测相关蛋白。
鉴定阿莫奈肽调控的信号通路和下游效应分子。
对PDGF-BB处理的hPASMCs和PDGF-BB+阿莫奈肽处理的hPASMCs进行RNA-seq和LC-MS代谢组分析,整合分析寻找差异基因和代谢物,通过富集分析和相关分析锁定NTSR1。
验证NTSR1是阿莫奈肽发挥作用的关键靶点。
在hPASMCs中过表达NTSR1(Ad-NTSR1)和敲低NTSR1(siRNA),观察阿莫奈肽对PDGF-BB诱导的增殖、迁移、凋亡抵抗和DNA损伤的影响是否改变。
检测阿莫奈肽对PI3K/AKT/mTOR通路的影响。
通过Western blot检测PDGF-BB刺激的hPASMCs和PAH动物模型肺组织中p-PI3K、p-AKT、p-mTOR的水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 细胞处理 | 血小板衍生生长因子BB | R&D Systems | -- |
| 药物处理 | 阿莫奈肽 | MedChemExpress | -- |
| 细胞增殖检测 | 5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 | -- | -- |
| 细胞凋亡检测 | CF488 TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Wuhan Servicebio | -- |
| 免疫检测 | 抗骨桥蛋白抗体 | Proteintech | 22952-1-AP |
| 抗SM22抗体 | Proteintech | 60213-1-Ig | |
| 抗α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Abcam | ab7817 | |
| 抗血管性血友病因子抗体 | Abcam | ab287962 | |
| Western blot | 抗拓扑异构酶IIα抗体 | Huabio | ET1607-59 |
| 抗PI3K p85α抗体 | Servicebio | GB11525 | |
| 抗磷酸化PI3K p85α (Tyr607)抗体 | Affinity | AF3241 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗磷酸化AKT (Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗mTOR抗体 | Proteintech | 66888-1-Ig | |
| 抗磷酸化mTOR (Ser2448)抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| 抗BAX抗体 | Huabio | ET1603-34 | |
| 抗BCL-2抗体 | Huabio | HA721235 | |
| 抗存活素抗体 | Yeasen | 38031ES60 | |
| 抗γ-H2AX抗体 | ELK Biotechnology | ES1326 | |
| 抗PCNA抗体 | Proteintech | 10205-2-AP | |
| 抗细胞周期蛋白D1抗体 | Proteintech | 60186-1-Ig | |
| 抗CDK1抗体 | Huabio | ET1607-51 | |
| 抗CDK4抗体 | Huabio | ET1612-23 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Proteintech | 17168-1-AP | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10068-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记的抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 辣根过氧化物酶标记的抗小鼠IgG | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 蛋白质提取 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA-seq | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒(Illumina) | NEB England BioLabs | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| qPCR | 第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | -- |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| 显微镜 | 奥林巴斯IX53荧光显微镜 | Olympus | -- |
| 共聚焦显微镜 | 尼康AX共聚焦激光扫描显微镜 | Nikon | -- |
| 血流动力学测量 | 微尖端压力换能器导管 | Millar Instruments | -- |
| 动物造模 | 野百合碱 | Sigma-Aldrich | C2401 |
| SU5416 | -- | -- | |
| 细胞染色 | DAPI | Solarbio | C0060 |
| 鬼笔环肽 | Solarbio | CA1620 | |
| 数据采集 | PowerLab数据采集系统 | AD Instruments | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞类型:原代人PASMCs(iCell Bioscience)和大鼠原代PASMCs;培养基:DMEM+10%FBS+100U/mL青霉素+100U/mL链霉素;处理:PDGF-BB(20ng/mL)和/或阿莫奈肽(3μmol/L)处理24小时。 阅读提示:Methods: Cell Culture, Terminal Deoxynucleotidyl Transferase-Mediated dUTP Nick End-Labeling Staining |
| 体外功能实验 | 细胞种板密度:8×10^3/96孔(增殖),8×10^4/6孔(划痕);EdU孵育时间2小时;Transwell迁移时间;MTT孵育4小时。 阅读提示:Methods: Cell Proliferation Assays, Transwell Assays, Wound-Healing Assay, Cell Viability Assays |
| 动物模型构建与给药 | 大鼠MCT剂量60mg/kg皮下注射;小鼠SU5416剂量20mg/kg每周皮下注射;低氧暴露10% O2持续3周;阿莫奈肽剂量:小鼠6mg/kg、大鼠3mg/kg,每日腹腔注射,从第15天开始,持续2周。 阅读提示:Methods: Animal Experimental Design and Hemodynamic Measurements |
| 血流动力学测量 | 麻醉:戊巴比妥钠50mg/kg;导管类型:小鼠1.2F、大鼠1.4F或PE-50导管;监测时间5分钟;指标:右心室收缩压(RVSP)、平均肺动脉压(mPAP)、右心室肥厚指数(RVHI)。 阅读提示:Methods: Animal Experimental Design and Hemodynamic Measurements |
| 分子检测 | Western blot抗体信息及稀释比例(详见Methods);qPCR引物序列(Table S1);分析软件:Image J。 阅读提示:Methods: Western Blot Analysis, Quantitative Polymerase Chain Reaction Assays |
| 多组学分析 | RNA-seq和代谢组学分析平台及分析流程(见Methods部分);DEGs标准:调整后P<0.05,|log2FC|>1;差异代谢物标准:VIP>1及P<0.05。 阅读提示:Methods: RNA Isolation and RNA-Sequencing Library Preparation, Metabolomics Analysis by Liquid Chromatography-Mass Spectrometry, Multi-Omics Joint Analysis |
| 分子模拟 | PDB ID: 8JPF; PubChem CID: 50515; 分子对接软件:CB-Dock2;分子动力学模拟软件:GROMACS 2023.2;模拟时间100ns。 阅读提示:Methods: Molecular Docking of Amonafide With NTSR1, Molecular Dynamics Simulation Protocol |
| 统计方法 | 两组比较:精确Mann-Whitney U检验和置换检验(10000次);多组比较:单因素方差分析(Tukey事后检验)或Kruskal-Wallis检验(Dunn事后检验)。 阅读提示:Methods: Statistical Analysis |