单细胞转录组分析IL-1β+ TAMs
鉴定GBM微环境中IL-1β+ TAMs的特征及其与预后的关系
对GSE182109和GSE190453数据集进行scRNA-seq分析,鉴定细胞簇,重点分析髓系细胞亚群,结合TCGA数据库进行生存分析,并通过免疫荧光验证
IL-1β+ tumor-associated macrophages accelerate glioblastoma progression by amplifying the PGE2-EP4 signaling
包含scRNA-seq、体内CDX模型、临床样本分析及体外功能验证等多层级实验,并验证了机制通路。
U251和T98G胶质母细胞瘤细胞系 THP1来源的巨噬细胞 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 GBM患者肿瘤组织样本
PGE2和TNFα协同诱导巨噬细胞IL-1β表达 EP4受体拮抗剂ONO-AE3-208的作用 PKA抑制剂H89对IL-1β和C/EBPβ表达的影响 COX-2抑制剂NS398对PGE2产生的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定GBM微环境中IL-1β+ TAMs的特征及其与预后的关系
对GSE182109和GSE190453数据集进行scRNA-seq分析,鉴定细胞簇,重点分析髓系细胞亚群,结合TCGA数据库进行生存分析,并通过免疫荧光验证
验证GBM细胞分泌因子能否诱导巨噬细胞产生IL-1β
收集U251和T98G细胞的条件培养基(GCM),刺激THP1来源的巨噬细胞,检测IL-1β mRNA和蛋白水平
探究IL-1β对GBM细胞功能的影响
用重组IL-1β处理U251细胞,进行转录组测序,分析差异表达基因,验证PGE2和TNFα的分泌
确定GBM细胞分泌的PGE2和TNFα是否协同促进巨噬细胞IL-1β表达
用PGE2和TNFα单独或联合刺激巨噬细胞,检测IL-1β表达,并进行转录组测序
探究PGE2和TNFα诱导IL-1β表达的分子机制
使用PKA抑制剂H89预处理巨噬细胞,检测IL-1β和C/EBPβ的表达;检测C/EBPβ蛋白表达和亚细胞定位
确定PGE2通过哪个受体亚型发挥作用
使用EP4拮抗剂ONO-AE3-208预处理巨噬细胞,检测GCM诱导的IL-1β和C/EBPβ表达
评估EP4抑制在动物模型中对肿瘤生长和IL-1β+ TAMs的影响
构建U251皮下异种移植瘤模型,注射THP1巨噬细胞和ONO-AE3-208,测量肿瘤体积和重量,检测IL-1β和Ki67表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 巨噬细胞诱导分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-醋酸酯 | Sigma-Aldrich | P8139 |
| COX-2抑制 | NS398 | MedChemExpress | HY-13913 |
| EP4拮抗 | ONO-AE3-208 | MedChemExpress | HY-50901 |
| PKA抑制 | H-89 | MedChemExpress | HY-15979 |
| 细胞因子刺激 | 重组人肿瘤坏死因子α | MedChemExpress | HY-P7058 |
| 前列腺素E2 | MedChemExpress | HY-101952 | |
| 重组人白细胞介素-1β | PeproTech | 211-11B | |
| 阳性对照 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L439 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11885500BT |
| 胎牛血清 | MIKX | MK1123-500 C | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Gibco | 15140122 | |
| RPMI1640培养基 | Gibco | C11875500BT | |
| 条件培养基收集 | 0.22 μm滤膜 | Merck Millipore | SLGP033RB |
| ELISA检测 | IL-1β ELISA试剂盒 | BioLegend | 437004 |
| PGE2 ELISA试剂盒 | JINGMEI Biotechnology | JM-03317H1 | |
| TNFα ELISA试剂盒 | JINGMEI Biotechnology | JM-03277H1 | |
| 流式细胞术 | 莫能菌素 | BioLegend | 420701 |
| 抗CD16/CD32抗体 | BioLegend | 101302 | |
| 抗人IL-1β抗体 | BioLegend | 511709 | |
| FACS Aria III流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| RNA提取 | RNA快速纯化试剂盒 | ES Science | RN001 |
| cDNA合成 | HiScript III RT SuperMix | Vazyme | R323-01 |
| RT-PCR | ChamQ SYBR qPCR Master Mix | Vazyme | Q311-03 |
| QuantStudio 6实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | BC3710 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Cowin Biotech | CW0014S |
| Western blot | 5×上样缓冲液 | Biosharp | BL502A |
| 预制Bis-Tris凝胶 | WSHT | PSB2001-12 F | |
| 蛋白分子量标准 | Thermo Fisher | 26616-1 | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | BS-PVDF-45 | |
| 转膜缓冲液 | Biosharp | BL626A | |
| Western Blot快速封闭液 | Biosharp | BL1032A | |
| 抗C/EBPβ抗体 | Proteintech | 83791-6-RR | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| TBST缓冲液 | Solarbio | T1087 | |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 S | |
| ECL化学发光底物 | Biosharp | BL520A | |
| 免疫荧光 | 柠檬酸盐缓冲液 | Servicebio | G1202 |
| 3%过氧化氢 | G-CLONE | CS7730 | |
| Triton X-100 | Solarbio | T8200 | |
| 牛血清白蛋白 | Biofroxx | 4240GR100 | |
| 抗CD68抗体 | Proteintech | 25747-1-AP | |
| 抗IL-1β抗体 | Proteintech | 66737-1-IG | |
| 抗Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1 | |
| 荧光二抗 | Proteintech | RGAM002 | |
| 荧光二抗 | Proteintech | RGAR004 | |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| 抗淬灭封片剂 | Beyotime | BL701A | |
| RNA-seq | TRIzol | Sigma | T9424 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 巨噬细胞分化 | THP1细胞用80ng/mL PMA诱导24小时 阅读提示:Materials and methods, Cell lines and culture conditions |
| 条件培养基收集 | 细胞密度约80%时换无血清培养基,48小时后收集上清 阅读提示:Materials and methods, Collection of GCM |
| IL-1β刺激GBM细胞 | 人重组IL-1β浓度1ng/mL,处理24或48小时 阅读提示:Results, IL-1β enhances GBM cells to produce inflammatory factors |
| PGE2/TNFα刺激巨噬细胞 | PGE2浓度1nM,TNFα浓度10ng/mL,处理24或48小时 阅读提示:Results, PGE2 and TNFα derived from GBM cells cooperatively elicit the IL-1β+ TAM state |
| PKA抑制实验 | H89预处理30分钟,浓度未明确说明 阅读提示:Results, GBM-derived PGE2 and TNFα induce IL-1β expression in macrophages through activation of the PKA-C/EBPβ signaling pathway |
| EP4拮抗实验 | ONO-AE3-208预处理30分钟,浓度未明确说明 阅读提示:Results, Tumor-derived PGE2 induces C/EBPβ and IL-1β expression through EP4 receptor signaling |
| 体内实验 | BALB/c裸鼠,U251细胞5×10^6皮下注射,THP1巨噬细胞1×10^6静脉注射(每三天),ONO-AE3-208剂量10mg/kg每日腹腔注射 阅读提示:Materials and methods, In vivo subcutaneous xenograft model |