1,25(OH)2D3对ASAP2表达的调控
验证1,25(OH)2D3能否上调ASAP2表达。
用不同浓度1,25(OH)2D3处理THP-1细胞和巨噬细胞,检测ASAP2 mRNA和蛋白水平。
1,25(OH)2D3 Promotes Macrophage Efferocytosis Partly by Upregulating ASAP2 Transcription via the VDR-Bound Enhancer Region and ASAP2 May Affect Antiviral Immunity
包含体外细胞实验、体内动物模型及分子机制验证(ChIP、荧光素酶报告基因、蛋白质互作等),证据层级丰富。
THP-1细胞及THP-1来源巨噬细胞 PBMC来源巨噬细胞 EAE小鼠模型 硫代乙醇酸盐诱导的腹膜炎小鼠模型
1,25(OH)2D3处理浓度(100 nM)和时间(48小时) ASAP2敲低效率(shASAP2-1/2/3) RAC1抑制剂azathioprine浓度(150 μM)和处理时间(48小时) 体内模型中维生素D饮食和1,25(OH)2D3注射剂量 凋亡细胞诱导条件(UV照射或地塞米松处理)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证1,25(OH)2D3能否上调ASAP2表达。
用不同浓度1,25(OH)2D3处理THP-1细胞和巨噬细胞,检测ASAP2 mRNA和蛋白水平。
鉴定ASAP2增强子区域中响应1,25(OH)2D3的调控元件。
通过ChIP验证VDR结合,构建截短和突变体的荧光素酶报告基因,检测增强子活性。
确定ASAP2是否是1,25(OH)2D3促进胞葬作用所必需的。
在THP-1 M2巨噬细胞中敲低ASAP2,与凋亡Jurkat细胞共培养,检测吞噬效率。
验证ASAP2是否通过RAC1信号促进胞葬。
检测RAC1-GTP水平,并使用RAC1抑制剂(azathioprine)处理,观察对胞葬作用的影响。
揭示ASAP2的新功能,尤其是抗病毒相关功能。
通过质谱鉴定ASAP2相互作用蛋白,通过RNA-seq分析敲低ASAP2后的差异表达基因。
验证维生素D在体内是否促进巨噬细胞胞葬作用。
在EAE小鼠中观察凋亡细胞数量,在腹膜炎模型中检测腹膜巨噬细胞吞噬效率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | WISENT | 350-000-CL |
| DMEM培养基 | WISENT | 319-005-CL | |
| 胎牛血清 | WISENT | 086-150 | |
| 青霉素和链霉素 | Beyotime | C002 | |
| 佛波酯 | APExBIO | N2060 | |
| 白细胞介素-4 | Novoprotein | CX03 | |
| 白细胞介素-13 | Novoprotein | CC89 | |
| 干扰素-γ | Novoprotein | C014 | |
| 脂多糖 | Biosharp | BS904 | |
| 药物处理 | 1,25-二羟维生素D3 | APExBIO | B2141 |
| 细胞培养 | 巨噬细胞集落刺激因子 | Novoprotein | C417 |
| 胞葬作用实验 | PKH26染料 | Solarbio | D0030 |
| PBMC分离 | 淋巴细胞分离液 | Cytiva | 17144002 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Epizyme | YY101 |
| Hifair III 第一链cDNA合成预混液 | YEASEN | 11141ES60 | |
| Hieff qPCR SYBR Green预混液 | YEASEN | 11201ES50 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ASAP2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374323 | |
| VDR抗体 | ABCAM | ab109234 | |
| GAPDH抗体 | ZENBIO | 200306-7E4 | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | -- | |
| 高灵敏ECL化学发光底物 | New Cell Molecular | P2100 | |
| 蛋白质敲低 | GV493载体 | Genechem | -- |
| 包装质粒混合物 | Genechem | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| ChIP | 酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | CST | 9005 |
| 正常兔IgG | CST | 2729 | |
| 荧光素酶报告实验 | pGL4.23[luc2/minP]载体 | Promega | E8411 |
| pRL-TK载体 | Promega | E2241 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermofisher | 11668019 | |
| 核酸转染增强剂 | Invivogen | lyec-nate | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 | |
| RAC1活性检测 | Rac1激活磁珠下拉检测试剂盒 | Merck Millipore | 17-10394 |
| 免疫沉淀 | SAMHD1抗体 | Proteintech | 12586-1-AP |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz | sc-2003 | |
| 正常兔IgG | ZENBIO | A00002 | |
| 正常小鼠IgG | ZENBIO | A00001 | |
| EAE诱导 | 髓鞘少突胶质细胞糖蛋白肽段35-55 | ChinaPeptides | 163913-87-9 |
| 完全弗氏佐剂 | Sigma-Aldrich | F5881 | |
| 百日咳毒素 | List Biological Laboratories | 180243A1 | |
| 腹膜炎模型 | 地塞米松 | -- | -- |
| FACS分析 | 胶原酶A | Roche | 10103578001 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Biosharp | BS137 | |
| Percoll分离液 | -- | -- | |
| 抗小鼠CD16/32抗体 | Biolegend | 101319 | |
| 抗小鼠CD45-PE抗体 | Biolegend | 103106 | |
| 抗小鼠CD45-PerCP/Cyanine5.5抗体 | Biolegend | 103132 | |
| 抗小鼠/人CD11b-APC/Cyanine7抗体 | Biolegend | 101226 | |
| 抗小鼠F4/80-PerCP/Cyanine5.5抗体 | Biolegend | 123127 | |
| 组织学分析 | 固蓝 | -- | -- |
| FITC TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Service | G1501 | |
| DAPI染色液 | Maokang | MX4209 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和分化 | THP-1细胞密度、PMA浓度和处理时间、IL-4/IL-13浓度、IFN-γ/LPS浓度、1,25(OH)2D3浓度和处理时间 阅读提示:参考2.1节 |
| 体外胞葬作用实验 | 凋亡细胞诱导方式(UV照射或地塞米松)、共培养比例和时间 阅读提示:参考2.1节 |
| VDR结合增强子功能分析 | ChIP抗体、引物、荧光素酶报告基因质粒构建、转染试剂和条件 阅读提示:参考2.5和2.6节 |
| ASAP2敲低 | shRNA靶序列、载体、包装质粒、筛选抗生素浓度和时间 阅读提示:参考2.4节 |
| RAC1活性检测 | RAC1 pull-down试剂盒、裂解液、样本处理 阅读提示:参考2.7节 |
| 体内模型 | 小鼠品系、年龄、性别、免疫剂量和佐剂、维生素D饮食和给药方式、TUNEL染色和FACS分析 阅读提示:参考2.10、2.11和2.12节 |