PHH大鼠模型建立与转录组分析
建立PHH大鼠模型,通过转录组测序和生物信息学分析,识别关键炎症通路和免疫细胞类型。
通过向侧脑室注射自体动脉血建立PHH模型,48小时后取脉络丛进行RNA测序,使用CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润,鉴定差异表达基因和富集通路。
Choroid plexus CCL2‒CCR2 signaling orchestrates macrophage recruitment and cerebrospinal fluid hypersecretion in hydrocephalus
包含体内大鼠PHH模型、体外细胞共培养、转录组测序、免疫荧光、Western blot等多种验证,并进行了机制(TNF-α/TNFR1/NF-κB)和功能验证(CSF分泌率、脑室体积)。
Sprague-Dawley大鼠PHH模型 大鼠原代脉络丛上皮细胞 大鼠NR8383巨噬细胞系 AAV-CCL2大鼠模型
PHH模型的建立:200 μL非肝素化动脉血以14 μL/min注入侧脑室 Bindarit给药剂量和途径:30 mg/kg腹腔注射,每12小时一次,从IVH前12小时开始至IVH后36小时 INCB3284给药剂量和途径:1 mg/kg腹腔注射,每12小时一次,从IVH前12小时开始至IVH后36小时 CSF分泌率测量方法:使用矿物油闭塞导水管,收集40分钟CSF计算
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立PHH大鼠模型,通过转录组测序和生物信息学分析,识别关键炎症通路和免疫细胞类型。
通过向侧脑室注射自体动脉血建立PHH模型,48小时后取脉络丛进行RNA测序,使用CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润,鉴定差异表达基因和富集通路。
验证脉络丛上皮细胞分泌的CCL2能否募集巨噬细胞,并检测药物抑制效果。
使用Transwell共培养系统,将NR8383细胞置于上室,原代CPEC置于下室,LPS刺激后观察NR8383迁移,并用Bindarit(300 μmol/L)处理下室以抑制CCL2。
探究巨噬细胞如何影响脉络丛上皮细胞,特别是TNF-α/TNFR1/NF-κB通路的作用。
使用NR8383条件培养基(NCM)或重组TNF-α处理CPEC,检测NF-κB磷酸化、炎症因子和pNKCC1表达;使用R7050(TNFR1抑制剂)、Bay117082(NF-κB抑制剂)和抗TNF-α中和抗体进行干预。
验证脉络丛CCL2过表达是否足以诱导巨噬细胞浸润和脑积水。
通过宫内脑室内注射AAV2/5-CCL2,21天后注射自体血液建立PHH,23天后MRI检测脑室体积,并分析巨噬细胞标志物和CSF分泌率。
验证抑制CCL2或CCR2是否能减轻PHH模型中的巨噬细胞浸润和脑室扩大。
PHH模型中给予Bindarit或INCB3284,通过MRI测量脑室体积,免疫荧光和Western blot检测巨噬细胞浸润和激活,以及CSF分泌率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 人表皮生长因子 | -- | -- | |
| 胰酶 | -- | -- | |
| LPS刺激 | 脂多糖 | Solaribio | L8880 |
| TNF-α受体抑制 | R7050 | MCE | HY-110203 |
| TNF-α中和 | 抗TNF-α抗体 | Sino Biological | 80045-RP02 |
| TNF-α处理 | 重组大鼠TNF-α | Peprotech | 400-14-5 |
| NF-κB通路抑制 | Bay117082 | MCE | HY-13453 |
| CCL2抑制 | Bindarit | MCE | HY-B0498 |
| CCR2拮抗 | INCB3284 | MCE | HY-15450A |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA质检 | NanoDrop ND-1000 | NanoDrop | -- |
| Agilent 2100 | Agilent | -- | |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| CSF分泌率测定 | 矿物油 | Sigma-Aldrich | -- |
| CSF细胞因子检测 | 大鼠细胞因子/趋化因子芯片 | Neobioscience | -- |
| 细胞因子检测 | 炎症细胞因子检测试剂盒 | Neobioscience | -- |
| cDNA合成 | 逆转录试剂盒 | Vazyme | -- |
| MRI | Bruker BioSpec小动物7T磁共振成像仪 | Bruker | -- |
| MRI图像分析 | 3D-Slicer软件 | -- | -- |
| Western blot | CD68抗体 | Proteintech | 28058-1-AP |
| IBA-1抗体 | Proteintech | 10904-1-AP | |
| TNFR1抗体 | Proteintech | 21574-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8227 | |
| CCL2抗体 | Abcam | ab7202 | |
| p-NKCC1抗体 | Sigma | ABS1004 | |
| NKCC1抗体 | Abcam | ab303518 | |
| NF-κB抗体 | CST | 8242 | |
| pNF-κB抗体 | CST | 3033 | |
| iNOS抗体 | Abcam | ab178945 | |
| 免疫荧光 | CCR2抗体 | Abcam | ab273050 |
| Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| TNFR2抗体 | Proteintech | 19272-1-AP | |
| TNF-α抗体 | Abcam | ab307164 | |
| ZO-1抗体 | Abcam | ab221547 | |
| TTR抗体 | Abcam | ab271132 | |
| 山羊抗兔Alexa 488偶联IgG | Jackson | 111-545-003 | |
| 山羊抗小鼠Alexa 550偶联IgG | Jackson | 115-025-003 | |
| 山羊抗兔Alexa 550偶联IgG | Jackson | 111-025-003 | |
| DAPI | Abcam | ab228549 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Abcam | ab104135 | |
| 免疫荧光成像 | Vectra Polaris多光谱成像和全玻片扫描系统 | PerkinElmer | -- |
| CSF收集 | Thermo Fisher离心机 | Thermo Fisher | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 大鼠品系、年龄、体重;手术方法:立体定位坐标、注血量、注射速率、注射深度;对照组设置 阅读提示:参见Materials and methods中的Animals和Posthemorrhagic hydrocephalus (PHH) models部分 |
| 细胞培养 | 原代CPEC的分离培养方法;NR8383细胞系来源;培养基成分;LPS刺激浓度和时长 阅读提示:参见Materials and methods中的Cell culture and treatments部分 |
| 药物处理 | Bindarit和INCB3284的给药剂量、途径、时间点;溶解方式(DMSO/玉米油);对照组(10% DMSO玉米油) 阅读提示:参见Materials and methods中的Drug administration部分 |
| CSF分泌率测定 | 手术操作步骤:脑室内插管深度、矿物油注入量、PE管尺寸、CSF收集时间 阅读提示:参见Materials and methods中的Quantification of the CSF secretion rate部分 |
| 分子生物学检测 | qPCR引物序列(Table S1);Western blot抗体浓度;ELISA试剂盒操作步骤 阅读提示:参见Materials and methods中的Quantitative PCR analysis、Western blot analysis、immunofluorescence staining以及Supporting Information Table S1 |