表观遗传化合物文库筛选
鉴定能够调节施万细胞髓鞘形成潜能的表观遗传酶抑制剂。
使用靶向表观遗传酶的化合物库处理培养的大鼠施万细胞,通过实时qPCR检测Egr2表达,筛选出增强Egr2表达的化合物,其中HDAC3抑制剂(PDA106、RGFP966和apicidin)效果显著。
A histone deacetylase 3-dependent pathway delimits peripheral myelin growth and functional regeneration
包含体外细胞筛选、施万细胞-背根神经节共培养、小鼠遗传模型(条件性敲除和诱导性敲除)、坐骨神经损伤模型、药理学抑制、转录组和ChIP-seq等多层级验证,并包含功能恢复评估。
大鼠原代施万细胞培养 施万细胞-背根神经节共培养 小鼠坐骨神经横断损伤模型 Hdac3条件性敲除小鼠(Cnp-Cre和Dhh-Cre)
HDAC3抑制剂(RGFP966和PDA106)的给药剂量和时间方案 施万细胞特异性Hdac3敲除小鼠的构建和验证 坐骨神经损伤模型中髓鞘再生的定量分析(g比值和髓鞘化轴突数量) 体外实验中使用siRNA敲低Hdac3或Tead4的效率验证 神经功能恢复的电生理和感觉运动功能评估方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定能够调节施万细胞髓鞘形成潜能的表观遗传酶抑制剂。
使用靶向表观遗传酶的化合物库处理培养的大鼠施万细胞,通过实时qPCR检测Egr2表达,筛选出增强Egr2表达的化合物,其中HDAC3抑制剂(PDA106、RGFP966和apicidin)效果显著。
验证HDAC3抑制对施万细胞成熟和髓鞘形成相关基因表达的影响。
用HDAC3抑制剂处理原代大鼠施万细胞,通过免疫细胞化学和qRT-PCR检测MPZ、PMP22等成熟标志物及肌动蛋白细胞骨架的变化。
评估HDAC3抑制剂在体内对周围神经髓鞘形成的影响。
新生小鼠从P1开始每日注射HDAC3抑制剂(RGFP966或PDA106),在P7和P15分析坐骨神经的髓鞘形成相关基因表达、EGR2+细胞比例以及髓鞘厚度。
评估HDAC3抑制剂治疗对损伤后髓鞘再生和功能恢复的影响。
成年小鼠进行坐骨神经横断损伤(SNI)模型,术后第一天开始给予HDAC3抑制剂,在损伤后不同时间点(6、7、14、18、24、35、94、120天)分析髓鞘再生、电生理功能、感觉和运动功能恢复。
确定HDAC3在施万细胞中的细胞内在功能。
通过Cnp-Cre或Dhh-Cre介导的Hdac3条件性敲除(Hdac3-cKO),或通过Plp1-CreERT和他莫昔芬诱导的敲除(Hdac3-iKO),分析敲除小鼠坐骨神经的髓鞘形成表型。
验证HDAC3和TEAD4在施万细胞髓鞘形成中的功能。
在大鼠施万细胞中使用siRNA敲低Hdac3或Tead4,或过表达HDAC3、p300或TEAD4,通过施万细胞-背根神经节(DRG)共培养分析髓鞘形成能力,并检测相关基因表达。
揭示HDAC3调控的基因网络和表观遗传机制。
对Hdac3-cKO和对照小鼠坐骨神经进行RNA-seq,对培养的施万细胞进行ChIP-seq分析HDAC3、p300和组蛋白修饰的基因组分布。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 施万细胞培养 | DMEM培养基 | Life Technologies | -- |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| 神经调节蛋白1(NRG1 III型) | R&D Systems | 396-HB-050 | |
| 佛司可林 | Sigma | F6886 | |
| 施万细胞分化 | 二丁酰环磷腺苷 | Sigma | D0627 |
| 细胞培养 | 多聚-D-赖氨酸 | Sigma | P7890 |
| 化合物筛选 | 表观遗传化合物文库 | Cayman | 11076 |
| SingleShot细胞裂解试剂盒 | Bio-Rad | 172-5080 | |
| iTaq通用SYBR Green一步法试剂盒 | Bio-Rad | 172-5150 | |
| HDAC3抑制剂处理 | RGFP966 | MedKoo | 510205 |
| PDA106 | MedKoo | 406720 | |
| 共培养 | 抗坏血酸 | Sigma | A0278 |
| 动物模型 | 他莫昔芬 | Sigma | T5648 |
| 免疫荧光染色 | 抗HDAC3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-11417 |
| 抗MPZ抗体 | Abcam | ab31851 | |
| 抗MBP抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13914 | |
| 抗NF-M抗体 | Millipore | AB1987 | |
| 抗SOX10抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-17342 | |
| 抗EGR2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-20690 | |
| 抗Ki67抗体 | Thermo Scientific | RM-9106 | |
| 抗SOX2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-17320 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Life Technologies | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Life Technologies | -- | |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Millipore | MAB374 |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9271 | |
| 抗ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4730 | |
| 抗磷酸化PI3K抗体 | Cell Signaling Technology | 4228 | |
| 抗PI3K抗体 | Millipore | ABS233 | |
| 抗TEAD4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-101184 | |
| 抗Flag抗体 | Cell Signaling Technology | 2368 | |
| 抗PTEN抗体 | Cell Signaling Technology | 9559 | |
| 抗乙酰化PTEN抗体 | Signalway Antibody | HW139 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- | |
| qRT-PCR | iScript反转录超混合液 | Bio-Rad | -- |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| SYBR Green PCR混合液 | Bio-Rad | 170-8880 | |
| ChIP-seq | NEBNext ChIP-seq文库制备预混液套装(Illumina) | NEB | E6240L |
| 抗p300抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-585 | |
| 抗H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 | |
| 抗H3K4me1抗体 | Abcam | ab8895 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 施万细胞分离与培养 | 施万细胞来源(新生大鼠1-2天),培养条件(DMEM+10% FBS,10 ng/ml NRG1,5 μM forskolin),细胞传代次数(P2-P5),分化条件(0.5% FBS+1 mM db-cAMP,3天) 阅读提示:Methods:Rat primary Schwann cell culture |
| 小分子筛选 | 化合物浓度(5 μM),处理时间(8小时),Egr2表达检测方法(qRT-PCR),筛选标准(表达增强≥5倍) 阅读提示:Methods:Small-molecule compound screening |
| HDAC3抑制剂处理 | RGFP966剂量(10 mg/kg),PDA106剂量(100 mg/kg),给药方式(皮下/腹腔注射),给药方案(新生小鼠每日;成年小鼠第一周每日,之后每2天一次) 阅读提示:Methods:In vivo administration of HDAC3 inhibitors |
| SC-DRG共培养 | DRG来源(E16.5大鼠),SC接种密度(100,000个),髓鞘化诱导(50 μg/ml抗坏血酸),培养时间(10天),MBP+节段计数方法 阅读提示:Methods:SC-DRG co-culture |
| Hdac3/Tead4基因敲除小鼠 | 工具鼠品系(Cnp-Cre、Dhh-Cre、Plp1-CreERT),他莫昔芬给药方案(剂量、时间点),敲除效率验证方法(Western blot、qRT-PCR) 阅读提示:Methods:Mice, Tamoxifen induction of floxed allele deletion |
| 坐骨神经损伤模型 | 小鼠周龄(8周或10-12月龄),麻醉方案(氯胺酮/甲苯噻嗪),损伤方式(横断),HDAC3抑制剂给药时间(损伤后第一周每日,第二周每2天) 阅读提示:Methods:Sciatic nerve transection injury |
| 功能恢复评估 | pinprick测试(分区和评分标准),toe-spreading评分标准,rotarod设置(转速和加速度),实验者盲法操作 阅读提示:Methods:Assessment of sensory and motor recovery |
| 电生理记录 | 麻醉方案(戊巴比妥钠50 mg/kg),刺激参数(2 mA,0.1 ms,0.25-0.5 Hz),记录部位(腓肠肌外侧),分析软件(Spike2) 阅读提示:Methods:Compound muscle action potential recording |
| RT-qPCR | RNA提取方法(TRIzol),cDNA合成(iScript),PCR体系(SYBR green),内参基因 阅读提示:Methods:RNA isolation and real-time qPCR |
| ChIP-seq | 细胞数量(约2000万),交联条件(1%甲醛,10分钟),染色质剪切条件,抗体(HDAC3, p300, H3K27ac, H3K4me1),文库构建(NEBNext试剂盒),测序平台(HiSeq 2000),峰值鉴定参数(MACS,P≤1e-9,富集≥6倍) 阅读提示:Methods:ChIP-seq assays, ChIP-seq peak-calling and data analysis |