单细胞转录组学鉴定PDGFRA+祖细胞协调血管生成和牙周组织再生

Single-cell transcriptomics identifies PDGFRA+ progenitors orchestrating angiogenesis and periodontal tissue regeneration

作者信息Jianing Liu, Junxi He, Ziqi Zhang, Lu Liu, Yuan Cao, Xiaohui Zhang, Xinyue Cai, Xinyan Luo, Xiao Lei, Nan Zhang, Hao Wang, Ji Chen, Peisheng Liu, Jiongyi Tian, Jiexi Liu, Yuru Gao, Haokun Xu, Chao Ma, Shengfeng Bai, Yubohan Zhang, Yan Jin, Chenxi Zheng, Bingdong Sui, Fang Jin
PMID40707447
发布时间2025-07-24
DOI10.1038/s41368-025-00384-6

实验完整度

高

包含单细胞RNA测序分析、体外细胞功能实验(增殖、成骨、成血管)、信号通路验证及大鼠牙周骨缺损体内移植实验等多层级验证。

主要模型

牙囊干细胞(DFSCs) 牙乳头干细胞(SCAP) 人脐静脉内皮细胞(HUVECs) 大鼠牙周骨缺损模型

重点核对

PDGFRA+ DFSC聚集体植入大鼠牙周骨缺损模型 PDGFBB处理浓度100 ng/mL,处理时间48小时 细胞聚集培养条件:α-MEM含50 μg/mL抗坏血酸,2 mmol/L L-谷氨酰胺,100 μg/mL青霉素和100 IU/mL链霉素 大鼠模型:8周龄雄性Sprague-Dawley大鼠,体重200-220g 术后6周进行micro-CT和组织学分析

摘要

牙周骨缺损主要由牙周炎引起,在临床上非常普遍,表现为骨开窗、开裂或附着丧失,对口腔健康构成重大挑战。在再生医学中,利用发育原理进行组织修复具有广阔的治疗潜力。特别值得关注的是祖细胞的凝聚,这是器官发生中的一个重要事件,并启发了牙科再生中临床有效的细胞聚集方法。然而,凝聚和再生过程中精确的细胞协调机制仍不清楚。在此,我们以牙齿为模型器官,采用单细胞RNA测序解析人类牙囊和牙乳头的细胞组成和异质性,揭示了一个具有显著成牙潜能的独特的血小板衍生生长因子受体α(PDGFRA)间充质干/基质细胞(MSC)群体。有趣的是,PDGFRA+牙囊干细胞(DFSCs)与CD31+Endomucin+内皮细胞(ECs)之间的相互旁分泌相互作用由血管内皮生长因子A(VEGFA)和血小板衍生生长因子亚基BB(PDGFBB)介导。这种串扰不仅维持了PDGFRA+ DFSCs的功能,还驱动了特化血管生成。体内牙周骨再生实验进一步表明,PDGFRA+ DFSC聚集体与受体ECs之间的通讯对于有效的血管生成-成骨偶联和快速组织修复至关重要。总的来说,我们的结果揭示了由VEGFA和PDGFBB-PDGFRA相互信号介导的MSC-EC串扰在协调血管生成和成骨中的重要性。这些发现不仅为在潜在临床应用中进行牙周骨再生的解析和促进建立了框架,也为牙齿或更广泛的再生医学中的未来治疗策略提供了见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
间充质凝聚过程中哪些干细胞群及其与微环境细胞的相互作用协调血管生成和成骨,并可用于促进牙周骨再生?
核心机制
PDGFRA+ MSCs与ECs之间通过VEGFA和PDGFBB-PDGFRA相互旁分泌信号介导的串扰,维持MSC功能并驱动CD31+EMCN+特化血管形成,从而偶联血管生成和成骨。
主要证据
单细胞RNA测序鉴定PDGFRA+ MSCs;体外实验证明PDGFBB增强PDGFRA+ DFSCs功能及促进HUVEC血管生成;大鼠牙周骨缺损模型显示PDGFRA+ DFSC聚集体显著促进骨再生并增加CD31+EMCN+血管。
研究意义
为解码和促进牙周骨再生提供框架,并为牙科或更广泛再生医学的未来治疗策略提供见解。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单细胞转录组分析人类牙发育组织

解析牙囊和牙乳头的细胞组成和异质性,鉴定特征性干细胞群。

收集阻生下颌第三磨牙的牙囊和牙乳头,使用10x Genomics平台进行scRNA-seq,分析细胞聚类、标志物表达和细胞间通讯。

2

体外验证PDGFRA+细胞身份和功能

验证PDGFRA作为牙祖细胞标志物,并比较PDGFRA+与PDGFRA-细胞的体外功能。

通过流式细胞术验证PDGFRA+细胞比例,进行CFU、EdU、成骨分化、ALP活性等实验。

3

验证PDGFRA+ DFSCs与ECs的相互旁分泌作用

验证PDGFRA+ DFSCs与ECs之间通过VEGFA和PDGFBB的相互信号及其对细胞功能的影响。

使用PDGFBB处理DFSCs,检测VEGFA分泌、信号通路激活(PI3K/Akt/mTOR)、功能变化(CFU、EdU、成骨),并用条件培养基处理HUVECs检测血管生成。

4

体内评估PDGFRA+ DFSC聚集体对牙周骨再生的作用

评估PDGFRA+ DFSC聚集体在牙周骨缺损模型中的再生效果及血管生成-成骨偶联。

在大鼠下颌第一磨牙颊侧制作3x2x1 mm3骨缺损,植入PDGFRA+、PDGFRA-或未分选DFSC聚集体(无植入为对照),6周后micro-CT和组织学评估。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Chromium单细胞3'试剂盒v310x Genomics1000268
α-MEM培养基Invitrogen12571-048
胎牛血清Gibco--
L-谷氨酰胺Invitrogen35050061
青霉素-链霉素Invitrogen15070063
内皮细胞培养基ScienCell1001
胰蛋白酶溶液Gibco15050057
I型胶原酶Gibco17018029
抗人CD90-PE抗体eBioscience12-0909-41
抗人CD90-FITC抗体eBioscience11-0909-42
抗人CD45-PE抗体Biolegend304058
抗人PDGFRA-PE抗体Santa Cruz Biotechnologysc-398206
结晶紫SolarbioC8470
VF 488 Click-iT EdU通用细胞增殖检测试剂盒MCEHY-K1087
β-甘油磷酸钠Sigma-AldrichG5422
地塞米松Sigma-AldrichD4902
抗坏血酸MP Biomedicals02100769-CF
吲哚美辛Sigma-AldrichI8280
胰岛素Sigma-AldrichI3536
异丁基甲基黄嘌呤Sigma-AldrichI5879
茜素红S溶液Yeasen60504ES25
油红O溶液AladdinO104972
ALP活性检测试剂盒NanjingjianchengA059-2
生物素化CD140a(PDGFRA)单克隆抗体Themofisher13-1401-80
MagniSort™链霉亲和素阳性选择磁珠ThemofisherMSPB-6003-74
VEGFA ELISA试剂盒FANKEWF111309-A
MIsZOL RNA提取试剂MishushengwuMI00617
5× PrimeScript RT预混液TakaraRR036A-1
TB Green® Premix Ex TaqTakaraRR420A
PDGFBBMCEHY-P7055
抗坏血酸MP Biomedicals02100769-CF
L-谷氨酰胺Invitrogen35050061
青霉素-链霉素Invitrogen15070063
活/死细胞染色试剂盒BeyotimeC2015M
异氟烷RWD--
Quantum GX2显微CTPerkinElmer--
Triton X-100Sigma-AldrichX100PC
牛血清白蛋白MP Biomedicals0881066-CF
DAPIAbcamab104139
OCT包埋剂Sakura Finetek4583
山羊血清BOSTERAR0009
抗CD31抗体R&D SystemsFAB3628G
抗EMCN抗体AffinityDF13357
抗PDGFRA抗体Santa Cruz Biotechnologysc-398206
抗Msx1抗体Biossbs-8512R
抗PAX9抗体ABclonalA19741
抗RUNX2抗体Santa Cruz Biotechnologysc-390715
抗大鼠PDGFBB抗体Abcamab21234
抗人VEGFA抗体Abcamab9570
RIPA裂解液BeyotimeP0013C
BCA蛋白定量试剂盒TIANGENPA115-02
PVDF膜RocheGVWP02500
增强化学发光试剂盒4A Biotech4AW011-100
抗COLI抗体Abcamab260043
抗OSX抗体Abcamab209484
抗OPN抗体Proteintech22952-1-AP
抗RUNX2抗体Cell Signaling Technology12556
抗PDGFBB抗体Abcamab16829
抗p-PI3K抗体AffinityAF3242
抗PI3K抗体AffinityAF5112
抗p-AKT抗体AffinityAF0016
抗AKT抗体Abcamab179463
抗p-mTOR抗体Cell Signaling Technology5536T
抗mTOR抗体Cell Signaling Technology2983T
抗NICD抗体Cell Signaling Technology3608S
抗GAPDH抗体Yeasen30201ES20
过氧化物酶标记山羊抗小鼠IgGJackson ImmunoResearch115-035-003
过氧化物酶标记山羊抗兔IgGJackson ImmunoResearch111-035-003

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
单细胞RNA测序
组织来源和细胞数:牙囊9997细胞,牙乳头9048细胞;测序平台:10x Genomics;质控标准:基因数>200,UMI>1000等
阅读提示:见Methods中的scRNA-seq analysis
细胞分选
分选抗体和磁珠:biotinylated CD140a antibody, MagniSort Streptavidin Positive Selection Beads
阅读提示:见Methods中的Magnetic cell sorting
PDGFBB处理
处理浓度100 ng/mL,处理时间48小时
阅读提示:见Methods中的PDGFBB treatment
细胞聚集培养
培养基成分:α-MEM+50 μg/mL ascorbic acid+2 mmol/L L-glutamine+青霉素/链霉素;培养时间约7天
阅读提示:见Methods中的Aggregate culture
动物实验
动物品系、性别、周龄、体重:Sprague-Dawley大鼠,雄性,8周龄,200-220g;缺损尺寸和位置:3×2×1 mm3,下颌第一磨牙颊侧;观察时间:6周
阅读提示:见Methods中的Rats