单细胞转录组分析人类牙发育组织
解析牙囊和牙乳头的细胞组成和异质性,鉴定特征性干细胞群。
收集阻生下颌第三磨牙的牙囊和牙乳头,使用10x Genomics平台进行scRNA-seq,分析细胞聚类、标志物表达和细胞间通讯。
Single-cell transcriptomics identifies PDGFRA+ progenitors orchestrating angiogenesis and periodontal tissue regeneration
包含单细胞RNA测序分析、体外细胞功能实验(增殖、成骨、成血管)、信号通路验证及大鼠牙周骨缺损体内移植实验等多层级验证。
牙囊干细胞(DFSCs) 牙乳头干细胞(SCAP) 人脐静脉内皮细胞(HUVECs) 大鼠牙周骨缺损模型
PDGFRA+ DFSC聚集体植入大鼠牙周骨缺损模型 PDGFBB处理浓度100 ng/mL,处理时间48小时 细胞聚集培养条件:α-MEM含50 μg/mL抗坏血酸,2 mmol/L L-谷氨酰胺,100 μg/mL青霉素和100 IU/mL链霉素 大鼠模型:8周龄雄性Sprague-Dawley大鼠,体重200-220g 术后6周进行micro-CT和组织学分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
解析牙囊和牙乳头的细胞组成和异质性,鉴定特征性干细胞群。
收集阻生下颌第三磨牙的牙囊和牙乳头,使用10x Genomics平台进行scRNA-seq,分析细胞聚类、标志物表达和细胞间通讯。
验证PDGFRA作为牙祖细胞标志物,并比较PDGFRA+与PDGFRA-细胞的体外功能。
通过流式细胞术验证PDGFRA+细胞比例,进行CFU、EdU、成骨分化、ALP活性等实验。
验证PDGFRA+ DFSCs与ECs之间通过VEGFA和PDGFBB的相互信号及其对细胞功能的影响。
使用PDGFBB处理DFSCs,检测VEGFA分泌、信号通路激活(PI3K/Akt/mTOR)、功能变化(CFU、EdU、成骨),并用条件培养基处理HUVECs检测血管生成。
评估PDGFRA+ DFSC聚集体在牙周骨缺损模型中的再生效果及血管生成-成骨偶联。
在大鼠下颌第一磨牙颊侧制作3x2x1 mm3骨缺损,植入PDGFRA+、PDGFRA-或未分选DFSC聚集体(无植入为对照),6周后micro-CT和组织学评估。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | Chromium单细胞3'试剂盒v3 | 10x Genomics | 1000268 |
| 细胞培养 | α-MEM培养基 | Invitrogen | 12571-048 |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Invitrogen | 35050061 | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | 15070063 | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | 1001 | |
| 胰蛋白酶溶液 | Gibco | 15050057 | |
| 组织消化 | I型胶原酶 | Gibco | 17018029 |
| 流式细胞术 | 抗人CD90-PE抗体 | eBioscience | 12-0909-41 |
| 抗人CD90-FITC抗体 | eBioscience | 11-0909-42 | |
| 抗人CD45-PE抗体 | Biolegend | 304058 | |
| 抗人PDGFRA-PE抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-398206 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Solarbio | C8470 |
| EdU实验 | VF 488 Click-iT EdU通用细胞增殖检测试剂盒 | MCE | HY-K1087 |
| 成骨分化 | β-甘油磷酸钠 | Sigma-Aldrich | G5422 |
| 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D4902 | |
| 抗坏血酸 | MP Biomedicals | 02100769-CF | |
| 成脂分化 | 吲哚美辛 | Sigma-Aldrich | I8280 |
| 胰岛素 | Sigma-Aldrich | I3536 | |
| 异丁基甲基黄嘌呤 | Sigma-Aldrich | I5879 | |
| 成骨分化 | 茜素红S溶液 | Yeasen | 60504ES25 |
| 成脂分化 | 油红O溶液 | Aladdin | O104972 |
| ALP活性检测 | ALP活性检测试剂盒 | Nanjingjiancheng | A059-2 |
| 磁珠分选 | 生物素化CD140a(PDGFRA)单克隆抗体 | Themofisher | 13-1401-80 |
| MagniSort™链霉亲和素阳性选择磁珠 | Themofisher | MSPB-6003-74 | |
| ELISA | VEGFA ELISA试剂盒 | FANKEW | F111309-A |
| qRT-PCR | MIsZOL RNA提取试剂 | Mishushengwu | MI00617 |
| 5× PrimeScript RT预混液 | Takara | RR036A-1 | |
| TB Green® Premix Ex Taq | Takara | RR420A | |
| PDGFBB处理 | PDGFBB | MCE | HY-P7055 |
| 聚集培养 | 抗坏血酸 | MP Biomedicals | 02100769-CF |
| L-谷氨酰胺 | Invitrogen | 35050061 | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | 15070063 | |
| Live/Dead染色 | 活/死细胞染色试剂盒 | Beyotime | C2015M |
| 动物实验 | 异氟烷 | RWD | -- |
| Micro-CT | Quantum GX2显微CT | PerkinElmer | -- |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100PC |
| 牛血清白蛋白 | MP Biomedicals | 0881066-CF | |
| DAPI | Abcam | ab104139 | |
| OCT包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 | |
| 山羊血清 | BOSTER | AR0009 | |
| 抗CD31抗体 | R&D Systems | FAB3628G | |
| 抗EMCN抗体 | Affinity | DF13357 | |
| 抗PDGFRA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-398206 | |
| 抗Msx1抗体 | Bioss | bs-8512R | |
| 抗PAX9抗体 | ABclonal | A19741 | |
| 抗RUNX2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-390715 | |
| 抗大鼠PDGFBB抗体 | Abcam | ab21234 | |
| 抗人VEGFA抗体 | Abcam | ab9570 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| BCA蛋白定量试剂盒 | TIANGEN | PA115-02 | |
| PVDF膜 | Roche | GVWP02500 | |
| 增强化学发光试剂盒 | 4A Biotech | 4AW011-100 | |
| 抗COLI抗体 | Abcam | ab260043 | |
| 抗OSX抗体 | Abcam | ab209484 | |
| 抗OPN抗体 | Proteintech | 22952-1-AP | |
| 抗RUNX2抗体 | Cell Signaling Technology | 12556 | |
| 抗PDGFBB抗体 | Abcam | ab16829 | |
| 抗p-PI3K抗体 | Affinity | AF3242 | |
| 抗PI3K抗体 | Affinity | AF5112 | |
| 抗p-AKT抗体 | Affinity | AF0016 | |
| 抗AKT抗体 | Abcam | ab179463 | |
| 抗p-mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536T | |
| 抗mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983T | |
| 抗NICD抗体 | Cell Signaling Technology | 3608S | |
| 抗GAPDH抗体 | Yeasen | 30201ES20 | |
| 过氧化物酶标记山羊抗小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | 115-035-003 | |
| 过氧化物酶标记山羊抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch | 111-035-003 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 组织来源和细胞数:牙囊9997细胞,牙乳头9048细胞;测序平台:10x Genomics;质控标准:基因数>200,UMI>1000等 阅读提示:见Methods中的scRNA-seq analysis |
| 细胞分选 | 分选抗体和磁珠:biotinylated CD140a antibody, MagniSort Streptavidin Positive Selection Beads 阅读提示:见Methods中的Magnetic cell sorting |
| PDGFBB处理 | 处理浓度100 ng/mL,处理时间48小时 阅读提示:见Methods中的PDGFBB treatment |
| 细胞聚集培养 | 培养基成分:α-MEM+50 μg/mL ascorbic acid+2 mmol/L L-glutamine+青霉素/链霉素;培养时间约7天 阅读提示:见Methods中的Aggregate culture |
| 动物实验 | 动物品系、性别、周龄、体重:Sprague-Dawley大鼠,雄性,8周龄,200-220g;缺损尺寸和位置:3×2×1 mm3,下颌第一磨牙颊侧;观察时间:6周 阅读提示:见Methods中的Rats |