患者B细胞转录组分析
鉴定活动期与缓解期MG患者B细胞中差异表达的基因和通路
对4例MG患者活动期和缓解期的分选CD19+B细胞进行RNA-seq,通过GSEA分析发现NF-κB和TNF信号通路相关基因上调,并与Genecard数据库取交集,鉴定出MAP3K14(NIK)为显著上调基因。
Targeting NF-kappaB-inducing kinase shapes B-cell homeostasis in myasthenia gravis
包含患者样本RNA-seq和流式/qPCR/ELISA验证、体外PBMC和分选B细胞功能实验、EAMG大鼠体内治疗实验及机制检测(NFκB2通路和转录因子),证据层级多维。
新发MG患者外周血CD19+B细胞和CD4+T细胞 MG患者PBMCs培养体系 分选的B细胞培养体系 EAMG大鼠模型
NIK抑制剂B022的浓度:1000 nmol(体外实验) B022给药剂量:30 mg/kg,腹腔注射,连续10天(EAMG大鼠) EAMG大鼠模型诱导:AChR97-116肽75 μg皮下免疫,第30天加强免疫 流式细胞术检测的细胞亚群:B细胞亚群(初始、记忆、双阴性、浆母细胞、浆细胞)和T细胞亚群(Th1、Th17、Treg) 统计方法:独立样本t检验、Mann-Whitney U检验、配对样本t检验和Spearman相关分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定活动期与缓解期MG患者B细胞中差异表达的基因和通路
对4例MG患者活动期和缓解期的分选CD19+B细胞进行RNA-seq,通过GSEA分析发现NF-κB和TNF信号通路相关基因上调,并与Genecard数据库取交集,鉴定出MAP3K14(NIK)为显著上调基因。
验证NIK在MG患者外周血淋巴细胞亚群和血清中的表达水平及其与临床特征的关系
通过流式细胞术检测新发MG患者和健康对照的淋巴细胞亚群中NIK蛋白表达,通过qPCR检测CD19+B细胞和CD4+T细胞中NIK mRNA水平,通过ELISA检测血清NIK水平,并分析其与疾病严重程度和B细胞亚群的相关性。
评估NIK抑制剂B022对MG患者PBMCs中B细胞和CD4+T细胞活化、增殖和分化的影响
分离新发MG患者PBMCs,在CD40L/IgM刺激或CD3/CD28刺激下,加入或不加入B022(1000 nmol),培养后通过流式检测细胞活化标志物、增殖、凋亡和分化亚群。
评估B022对B细胞抗原呈递功能、细胞因子产生、抗体分泌和浆细胞分化的影响
分选B细胞在CD40L/IgM/IL-21刺激下,加入或不加入B022(1000 nmol)培养5天,检测B细胞活化标志物、细胞因子、浆母细胞和浆细胞比例、培养上清中IgG/IgM水平,以及浆细胞转录因子表达和NFκB2信号通路变化。
在体内评估B022对EAMG大鼠疾病严重程度、抗体水平、免疫细胞亚群和神经肌肉接头结构的影响
用AChR97-116肽免疫Lewis大鼠建立EAMG模型,以临床评分1-1.5的大鼠随机分为B022组(30 mg/kg腹腔注射10天)和模型组(注射等量溶剂),评估临床评分、体重、血清抗体水平、组织形态学、NMJ免疫荧光和免疫细胞亚群。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| CD19+B cell sorting | CD19磁珠 | Miltenyi | 130-050-301 |
| RNA extraction | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| RNA sequencing | Illumina Novaseq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| Flow cytometry | FACS Aria III流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| Flow cytometry (intracellular staining) | eBioscience胞内固定和破膜缓冲液套装 | Invitrogen | 88-8824-00 |
| Flow cytometry (antibody staining) | 抗MAP3K14/NIK-PE抗体 | Bioss | bs-0074R-PE |
| RT-qPCR | EZ-press细胞cDNA合成试剂盒 | EZBioscience | B0003 |
| SYBR Green PCR试剂盒 | EZBioscience | A0012 | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| ELISA (serum NIK) | ELISA试剂盒 | Jiangsu Meimian Industrial Co.,Ltd | MM-62653H1 |
| Cell viability assay | CCK-8试剂 | Absin Bio science Inc | abs50003 |
| Cell stimulation (B cell) | 重组人CD40L | PeproTech | 310-02-100UG |
| F(ab')2片段山羊抗人IgM | Jackson Immunoresearch | 109-006-129 | |
| Cell stimulation (T cell) | CD3单克隆抗体 | eBioscience | 16-0037-81 |
| CD28单克隆抗体 | eBioscience | 14-0289-82 | |
| Flow cytometry (proliferation) | CFSE | Biolegend | 423801 |
| Flow cytometry (apoptosis) | Annexin V-FITC | Biolegend | 640906 |
| 7AAD | Biolegend | 420404 | |
| Flow cytometry (cytokine stimulation) | 细胞刺激鸡尾酒 | Invitrogen | 00-4970-03 |
| Flow cytometry (Treg staining) | BD Cytofix/Cytoperm试剂 | BD Biosciences | 562574 |
| Flow cytometry (B cell function) | 重组人IL-21 | R&DSystems | 8879-IL |
| ELISA (IgG/IgM) | IgG ELISA试剂盒 | VICMED | V01190H |
| IgM ELISA试剂盒 | VICMED | V01200H | |
| Flow cytometry (NFkB2) | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2630 |
| BD Cytofix固定缓冲液 | BD Biosciences | 557870 | |
| BD Phosflow破膜缓冲液III | BD Biosciences | 558050 | |
| 兔抗NFkB2抗体 | Bioss | bs-9418R | |
| 抗兔IgG (H+L)-Alexa Fluor 647抗体 | Cell Signaling Technology | 4414S | |
| Animal experiment (EAMG induction) | 大鼠AChR97-116肽 | China Peptides Co. Ltd | -- |
| 完全弗氏佐剂 | Difco | -- | |
| 不完全弗氏佐剂 | Sigma-Aldrich | F5506 | |
| ELISA (rat antibodies) | 抗AChR97-116 IgG ELISA | Biolegend | 405428 |
| 抗AChR97-116 IgG1 ELISA | Biolegend | 407403 | |
| 抗AChR97-116 IgG2a ELISA | Biolegend | 407503 | |
| 抗AChR97-116 IgG2b ELISA | Biolegend | 408203 | |
| Histology (HE staining) | HE染色试剂盒 | Servicebio | G1076-500ML |
| Immunofluorescence (NMJ) | 小鼠抗大鼠C5b-9抗体 | Santa Cruz | sc-66190 |
| Alexa Fluor594标记抗小鼠IgG | Abcam | ab150116 | |
| CF488标记α-银环蛇毒素 | Biotium | 00005 | |
| Flow cytometry (animal) | 抗PNA荧光素 | Vector Laboratories | FL-1071 |
| Flow cytometry (animals) | 抗CD25-PE抗体 | Biolegend | 202105 |
| 抗CD45RA-FITC抗体 | Biolegend | 202305 | |
| 抗CD27-APC抗体 | Biolegend | 124212 | |
| 抗CD38-PE抗体 | Biolegend | 250505 | |
| 抗CD3-BV421抗体 | BD Biosciences | 563948 | |
| 抗B220-PE-Cy7抗体 | Invitrogen | 25-0460-82 | |
| 抗IL-17A-APC抗体 | Invitrogen | 17-7177-81 | |
| 抗FOXP3-Percp-cy5.5抗体 | Invitrogen | 45-5773-82 | |
| Cell sorting | Ficoll密度梯度离心 | STEMCELL Technologies | 18061 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本 | 新发MG患者和健康对照的纳入标准、排除标准、临床评分(ADL、QMG) 阅读提示:Materials and methods: Subjects |
| RNA-seq | 样本量(n=4)、分选方法(CD19微珠)、纯度、测序平台、差异表达阈值(fold change>1.5, P<0.05) 阅读提示:Materials and methods: CD19+ B cell sorting and RNA sequencing |
| 流式/ELISA/qPCR | 抗体克隆号、染色方案、NIK检测方法、样本量(n值)、统计方法 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry, ELISA, RT-qPCR; Figure legends 2和3 |
| 体外PBMC实验 | B022浓度(1000nM)、刺激物(CD40L/IgM或OKT3/CD28)、培养时间 阅读提示:Materials and methods: Functional PBMCs assay |
| 体外B细胞实验 | B022浓度(1000nM)、刺激物(CD40L/IgM/IL-21)、培养时间、检测指标 阅读提示:Materials and methods: Functional B cell assay |
| EAMG大鼠模型 | 动物品系、周龄、免疫剂量和佐剂、加强免疫时间、B022剂量(30mg/kg,腹腔注射,10天)、临床评分标准 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Figure 7 legend |