疾病模型建立与表型分析
建立老年雌性Mdr2−/−小鼠胆汁淤积性纤维化和肝癌模型,并评估性别差异。
使用16月龄Mdr2−/−小鼠(雄性和雌性,n≥6/性别),观察肿瘤发生、纤维化、炎症和基因表达。
Mesothelin/Mucin 16 Signaling in Activated Portal Fibroblasts Drives the Development of Cholestatic Fibrosis and Hepatocellular Carcinoma in Aged Female Multidrug Resistance Protein 2 Knockout Mice
研究包含基因敲除小鼠模型、原代细胞分离培养、RNA-seq转录组分析、体外人肝细胞功能验证及部分肝切除再生模型等多个独立证据层级,并进行功能与机制验证。
老年雌性Mdr2−/−小鼠(16月龄) Mdr2−/−Msln−/−小鼠 Mdr2−/−Muc16−/−小鼠 原代小鼠门静脉成纤维细胞(aPFs) 原代人肝细胞
小鼠品系:C57BL/6J,16月龄,雌性,n≥11–22/组 基因敲除:Msln−/−、Muc16−/−、Thy1−/−与Mdr2−/−杂交 药物处理:重组人MMP3(100 ng/mL)或MMP3抑制剂(0–50 μM)处理人肝细胞 体外刺激:HGF(20 ng/mL)处理人肝细胞48小时 手术模型:70%部分肝切除(PH)或假手术,术后3天分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立老年雌性Mdr2−/−小鼠胆汁淤积性纤维化和肝癌模型,并评估性别差异。
使用16月龄Mdr2−/−小鼠(雄性和雌性,n≥6/性别),观察肿瘤发生、纤维化、炎症和基因表达。
验证Msln、Muc16或Thy1缺失对胆汁淤积性纤维化和肝癌发展的影响。
将Mdr2−/−小鼠与Msln−/−、Muc16−/−、Thy1−/−小鼠杂交,比较老年雌性不同基因型小鼠的肿瘤负荷、纤维化程度和分子标志物。
评估aPFs和aHSCs在肿瘤相关肌成纤维细胞(CAFs)中的比例和贡献。
使用Col-GFP报告小鼠标记所有胶原表达细胞,通过免疫荧光染色区分CD34+ aPFs和Desmin+ aHSCs。
检测Msln或Muc16缺失对肝细胞增殖和再生的影响。
通过Ki67染色、qRT-PCR和Western blot评估肝细胞增殖标志物;在WT和Msln−/−小鼠中进行70%部分肝切除(PH)模型,术后3天分析。
鉴定Msln−/− aPFs中差异表达基因和相关信号通路。
从BDL损伤的Col-GFP+ WT和Msln−/−小鼠中分离aPFs,进行RNA-seq,并进行差异表达分析、GO和GSEA富集分析。
验证aPF分泌的MMP3是否通过切割c-Met抑制HGF介导的肝细胞增殖。
用重组人DPT、LGALS1、TNC、MMP2、MMP3(100 ng/mL)±HGF(20 ng/mL)处理原代人肝细胞,检测增殖标志物和信号通路;并用MMP3抑制剂(0-50 μM)验证特异性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗GPC3抗体 | Abcam | ab95363 |
| 抗Sox9抗体 | Millipore Sigma | AB5535 | |
| 抗磷酸化Stat3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| 抗αSMA抗体 | Abcam | ab5694 | |
| 抗泛细胞角蛋白抗体 | Dako | Z0622 | |
| 抗F4/80抗体 | eBioscience | 14-4801-88 | |
| 抗CD34抗体 | eBioscience | 14-0341-81 | |
| 抗CK19抗体 | Abcam | ab5694 | |
| 抗CD4抗体 | Invitrogen | 14-9766-80 | |
| 抗MPO抗体 | Abcam | ab139748 | |
| 抗CD31抗体 | R&D | AF3628 | |
| 衰老检测 | 衰老相关β-半乳糖苷酶染色 | Abcam | 1b65351 |
| 免疫组化 | 抗p21抗体 | Abcam | ab188224 |
| 抗Ki67抗体 | GeneTex | GTX16667 | |
| 免疫荧光 | 抗间皮素抗体 | Abbiotec | 250519 |
| 抗Muc16抗体 | Abiocode | R2334-3 | |
| 驴抗兔IgG(H+L)Alexa Fluor 594 | Thermo Fisher Scientific | A-21207 | |
| 驴抗大鼠IgG(H+L)Alexa Fluor 594 | Thermo Fisher Scientific | A-21209 | |
| 显微镜成像 | IX-71显微镜 | Olympus | -- |
| BZ-X710显微镜 | Keyence | -- | |
| BZ-X800显微镜 | Keyence | -- | |
| 胆固醇测量 | 总胆固醇检测试剂盒 | Cell Biolabs, Inc. | STA-384 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| Purelink RNA小提试剂盒 | Life Technologies | -- | |
| qRT-PCR | QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Life Technologies | -- |
| Western blot | 抗间皮素抗体 | IBL | 28127 |
| 抗Muc16抗体 | Abiocode | R2334-3 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Millipore Sigma | A5441 | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗磷酸化p38 MAPK抗体 | Cell Signaling Technology | 9215 | |
| 抗p38 MAPK抗体 | Cell Signaling Technology | 9212 | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK(Erk1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| 抗p44/42 MAPK(Erk1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗c-MET抗体 | Cell Signaling Technology | 3127 | |
| GAPDH抗体 | Invitrogen | PA1-987 | |
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 体外肝细胞刺激 | 重组人DPT | R&D | 4629-DP-050 |
| 重组人LGALS1 | R&D | 1152-GA-050-CF | |
| 重组人TNC | R&D | 3358-TC-050 | |
| 重组人MMP2 | R&D | 902-MP-010 | |
| 重组人MMP3 | R&D | 513-MP-010 | |
| 重组人HGF | R&D | 294-HGN-025/CF | |
| MMP3抑制 | MMP3抑制剂 | Millipore SIGMA | 444218 |
| RNA-seq分析 | RSEM | -- | -- |
| DESeq2 | -- | -- | |
| clusterProfiler | -- | -- | |
| msigdbr | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism | GraphPad | 9.4.1 |
| 图像分析 | ImageJ Fiji | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系:C57BL/6J;年龄:16月龄;性别:雌性;基因型:Mdr2−/−、Mdr2−/−Msln−/−、Mdr2−/−Muc16−/−、Mdr2−/−Thy1−/−;样本量:n≥11–22/组 阅读提示:Materials and Methods: Mice |
| 组织学分析 | 抗体及稀释度:anti-GPC3 (1:200)、anti-Sox9 (1:200)、anti-phospho-Stat3 (1:100)、anti-αSMA (1:200)、anti-pan-CK (1:200)、anti-F4/80 (1:200)、anti-CD34 (1:200)、anti-CK19 (1:200)、anti-CD4 (1:200)、anti-MPO (1:200)、anti-CD31 (1:200)、anti-p21 (1:200)、anti-Ki67 (1:200);免疫荧光抗体:anti-Msln (1:150)、anti-Muc16 (1:200) 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry |
| 基因表达分析 | RNA提取方法:TRIzol和Purelink RNA Mini Kit;qRT-PCR仪器:QuantStudio 5;内参基因:HPRT;数据分析方法:ΔΔCT法 阅读提示:Materials and Methods: qRT-PCR |
| 蛋白表达分析 | 抗体及稀释度:anti-Msln (1:100)、anti-Muc16 (1:500)、anti-αSMA (1:1000)、anti-β-actin (1:10000)、anti-phospho-Akt (1:1000)、anti-Akt (1:1000)、anti-phospho-p38 MAPK (1:1000)、anti-p38 MAPK (1:1000)、anti-phospho-p44/42 MAPK (1:1000)、anti-p44/42 MAPK (1:1000)、anti-c-MET (1:2000)、GAPDH (1:5000) 阅读提示:Materials and Methods: Western Blotting Analysis |
| 部分肝切除术 | 小鼠品系:WT和Msln−/−;性别:雌性;年龄:10周龄;手术:70%部分肝切除术;分析时间:术后3天 阅读提示:Materials and Methods: Partial Hepatectomy |
| aPFs和肝细胞分离培养 | aPF来源:BDL损伤5天的WT和Msln−/−小鼠;分选标志物:Col-GFP和Thy-1;培养基:DMEM高糖、10% FBS;培养时间:48小时;刺激:HGF (40 ng/mL) 阅读提示:Materials and Methods: Isolation and Culturing of Mouse aPFs and Hepatocytes |
| RNA-seq分析 | 差异表达基因标准:调整P值<0.05,|log2FC|>0.58;GOBP过表达分析用clusterProfiler(v4.10.0);GSEA用clusterProfiler和msigdbr(v24.1.0) 阅读提示:Materials and Methods: RNA-seq Analysis of WT and Msln−/− aPFs |
| 人肝细胞体外实验 | 肝细胞来源:2个去标识健康供体;细胞数量:1.5×10^5;处理:重组DPT、LGALS1、TNC、MMP2、MMP3(各100 ng/mL)±HGF(20 ng/mL);培养时间:48小时;MMP3抑制剂浓度:0–50 μM;检测时间:6小时(Western blot)或48小时(qRT-PCR) 阅读提示:Materials and Methods: In Vitro Studies in Human Hepatocytes |