抗体筛选与结构预测
筛选出功能性的OX40激动剂抗体并确定其结合表位。
通过噬菌体展示构建抗体库,筛选出HFB301001;利用AI结构预测(EnsembleFold)和HDX-MS验证其结合表位位于OX40的CRD1区域,且不干扰OX40L结合。
HFB301001, an OX40-based immunotherapy, drives Treg clearance and CTL activation through optimized OX40 receptor clustering
包含体外细胞实验(报告细胞、共培养、受体聚集)、体内动物模型(MC38和E.G7肿瘤模型)、患者样本(肿瘤切片和淋巴结)、非人灵长类安全性研究、scRNA-seq等多层级验证。
MC38小鼠结肠癌模型 E.G7小鼠淋巴瘤模型 hOX40人源化小鼠 Fcgr3基因敲除小鼠
HFB301001与高亲和力突变体HFB301001hi的亲和力差异(KD=2.86×10-7 M vs 7.73×10-9 M) 抗体处理条件:MC38或E.G7肿瘤模型,荷瘤后肿瘤体积达50-100 mm3时腹腔注射10 mg/kg,每3天一次,共3次 Treg细胞清除实验:Fcgr3 KO小鼠,过继转移Treg细胞(1×10^5),HFB301001或HFB301001hi治疗(5 mg/kg) 肿瘤再挑战实验:HFB301001治愈的小鼠在初次清除后2个月再次接种MC38细胞(1×10^6)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选出功能性的OX40激动剂抗体并确定其结合表位。
通过噬菌体展示构建抗体库,筛选出HFB301001;利用AI结构预测(EnsembleFold)和HDX-MS验证其结合表位位于OX40的CRD1区域,且不干扰OX40L结合。
评估不同亲和力抗体对受体聚集、T细胞激活和Treg清除的影响。
利用OX40 NF-κB-Luc Jurkat报告细胞检测激活能力;用共聚焦显微镜观察OX40-GFP簇集;用FcγRIIIa NFAT-luc Jurkat报告细胞和NK细胞共培养评估ADCC作用。
比较不同亲和力抗体在体内抗肿瘤疗效及免疫应答。
在MC38和E.G7荷瘤模型中比较HFB301001和HFB301001hi的疗效,监测肿瘤体积、生存期和体重;通过流式细胞术分析肿瘤和淋巴结中的免疫细胞亚群。
验证ADCC介导的Treg清除对肿瘤抑制的作用。
利用Fcgr3 KO小鼠和Treg过继转移实验,比较HFB301001和HFB301001hi对肿瘤生长的影响,并评估不同Fc变体的疗效。
评估HFB301001治疗是否建立长期免疫记忆。
对HFB301001治愈的MC38荷瘤小鼠进行肿瘤再挑战,观察肿瘤生长和生存情况;通过T细胞耗竭实验验证CD8+ T细胞的关键作用。
分析HFB301001治疗后肿瘤浸润T细胞的转录组变化。
对HFB301001或PBS处理的MC38肿瘤进行scRNA-seq,聚类分析T细胞亚群,比较差异基因表达和通路富集。
评估HFB301001在非人灵长类中的安全性和在患者样本中的免疫激活。
在食蟹猴中进行单次静脉输注毒性研究,监测临床观察、体重、血液学、药代动力学和免疫表型;利用NSCLC患者来源的肿瘤和淋巴结样本检测OX40表达和HFB301001诱导的T细胞激活。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| RPMI-1640培养基 | Pricella | PM150110 | |
| 胎牛血清 | Pricella | 16421050 | |
| HEPES | Pricella | PB180325 | |
| 青霉素/链霉素 | Pricella | PB180120 | |
| NK细胞无血清培养基套装 | Yocon | NC0102.F | |
| 抗体筛选 | 生物素标记的人OX40蛋白 | ACRO Biosystems | TN4-H82E4 |
| 链霉亲和素磁珠Dynabeads M280 | Invitrogen | 11205D | |
| TIANprep质粒小提试剂盒 | TIANGEN | DP103-03 | |
| 结构预测 | EnsembleFold | -- | -- |
| HDX-MS | Q Exactive Plus四极杆-轨道阱质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| SPR | CM5传感芯片 | Cytiva | 10345041 |
| Biacore T200系统 | Cytiva | -- | |
| 小鼠抗人IgG Fc单克隆抗体 | Abcam | ab99757 | |
| 重组人OX40蛋白 | ACRO Biosystems | OX0-H5224 | |
| 氯化镁 | Cytiva | BR100839 | |
| 抗体激活实验 | 山羊抗人IgG-Fc二抗 | Sino Biological | SSA015 |
| D-荧光素钠盐 | Yeasen | 40901ES03 | |
| OKT3(抗CD3) | ACRO Biosystems | CDE-M120a | |
| 共培养实验 | 小鼠CD4+ CD25+调节性T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-091-041 |
| CFSE | BioLegend | 423801 | |
| 7-AAD | BD Pharmingen | 559763 | |
| 荧光素酶检测系统 | Promega Corporation | G720A | |
| 动物实验 | Treg细胞分选试剂盒 | STEMCELL Technologies | 18783 |
| 抗CD4抗体 | Selleck | A2101 | |
| 抗CD8α抗体 | Bio X Cell | BE0004-1 | |
| 流式细胞术 | IV型胶原酶 | Solarbio | C8160 |
| 透明质酸酶 | Solarbio | H8030 | |
| DNase I | Solarbio | D8071 | |
| 红细胞裂解液 | Solarbio | R1010 | |
| 可固定活性染料 | BioLegend | 423106 | |
| 抗小鼠CD16/CD32抗体 | BioLegend | 101320 | |
| BD LSRFortessa X-20流式细胞仪 | BD | -- | |
| scRNA-seq | Chromium Next GEM单细胞5'试剂盒v2 | 10x Genomics | CG000330 |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| ELISpot | 抗IFN-γ捕获抗体 | Dakewe | 2210002 |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦培养皿 | NEST | 801001 |
| Hoechst核染色 | Solarbio | C0031 | |
| LEICA STELLARIS共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 多重免疫荧光 | 抗CD4抗体 | Cell Signaling Technology | 25229T |
| 抗CD8抗体 | Cell Signaling Technology | 98941T | |
| 抗Foxp3抗体 | Cell Signaling Technology | 12653T | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| 抗淬灭封片剂(KGF028) | -- | KGF028 | |
| 流式细胞术结合实验 | Alexa Fluor 488山羊抗人IgG(H+L) | Invitrogen | A-11013 |
| 患者肿瘤切片培养 | 低熔点琼脂糖 | Solarbio | A8350 |
| 振动切片机(Leica VT1200S) | Leica | -- | |
| 含10%FBS的RPMI-1640培养基 | Gibco | A5669701 | |
| 动物实验 | hOX40人源化小鼠 | Shanghai Model Organisms Center | NM-HU-00041 |
| Fcgr3基因敲除小鼠 | Shanghai Model Organisms Center | NM-KO-190189 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 抗体亲和力测定 | SPR实验条件,包括抗体捕捉浓度、OX40蛋白浓度、流速、接触和解离时间;抗体KD值(HFB301001: 2.86×10^-7 M;HFB301001hi: 7.73×10^-9 M) 阅读提示:Methods: Surface plasmon resonance assays |
| 体外激活实验 | OX40 NF-κB-Luc Jurkat细胞处理条件,包括抗体浓度、是否加交联二抗(2.5 μg/mL)、孵育时间(5.5-6小时) 阅读提示:Methods: Antibody activation assay; Figure 2D |
| 受体聚集实验 | HEK293T-OX40-GFP细胞处理条件,包括抗体浓度(2 nM和10 nM)、二抗存在、孵育时间(12小时) 阅读提示:Methods: Confocal microscopy; Figure 2F |
| ADCC实验 | 共培养比例(E:T = 1:10或3:1)、孵育时间(24或48小时)、Treg细胞来源(hOX40小鼠脾脏)、效应细胞(FcγRIIIa NFAT-luc Jurkat或人NK细胞) 阅读提示:Methods: Co-culture assay; Figure 2G, 2H |
| 体内疗效实验 | 肿瘤细胞系(MC38或E.G7,1×10^6)、接种途径(皮下)、肿瘤体积达50-100 mm³后开始治疗、治疗剂量(10 mg/kg)、给药途径(腹腔)、给药频率(每3天一次,共3次) 阅读提示:Methods: Mouse experiments; Figure 3A |
| Treg清除机制实验 | Fcgr3 KO小鼠、Treg过继转移(1×10^5细胞,静脉)、治疗剂量(5 mg/kg)、给药时间(第6、9、12、15天) 阅读提示:Methods: Mouse experiments; Figure 6D |
| scRNA-seq | 肿瘤组织处理条件、单细胞文库制备试剂盒型号、测序平台;数据预处理参数(Seurat V5.0.1,PC=18,Wilcoxon检验) 阅读提示:Methods: scRNA-seq and analysis; Figure 5D |
| 安全性实验(食蟹猴) | 单次静脉输注剂量(1, 10, 100 mg/kg)、输注时长(1小时)、观察期(15天)、毒理学指标(临床观察、体重、血液学、免疫表型等) 阅读提示:Methods: Toxicity study in non-human primates |
| 患者样本实验 | NSCLC患者肿瘤和淋巴结来源、切片厚度(200 μm)、刺激条件(HFB301001 10 μg/mL,二抗和OKT3)、培养时间(未明确说明) 阅读提示:Methods: Patient-derived tumor tissue slices; Figure 7 |