患者样本分析
探讨IL-7表达与免疫治疗预后的相关性
对6例接受抗PD-L1新辅助免疫治疗的NSCLC患者肿瘤组织进行RNA-seq和IHC,以及TCGA数据分析,比较不同反应组IL-7表达差异及其与免疫浸润的关系。
Multifunctional extracellular vesicles inhibiting autophagy ameliorate immunotherapy in non-small cell lung cancer
包含体外细胞实验(A549、LLC)、原位肺癌模型、人源化PDX模型、scRNA-seq及TCGA分析等多层级证据,并有功能验证与机制验证。
HEK293T细胞 A549人肺癌细胞系 LLC小鼠肺癌细胞系 原位肺癌小鼠模型
IL-7 mRNA在AI-sEV中的装载量及释放效率 抗PD-L1抗体在sEV表面的偶联比例 AI-sEV对自噬的抑制作用及MHC-I恢复 原位模型中AI-sEV的肿瘤靶向性及剂量 PDX模型中AI-sEV的体内抗肿瘤效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探讨IL-7表达与免疫治疗预后的相关性
对6例接受抗PD-L1新辅助免疫治疗的NSCLC患者肿瘤组织进行RNA-seq和IHC,以及TCGA数据分析,比较不同反应组IL-7表达差异及其与免疫浸润的关系。
开发并验证高效装载IL-7 mRNA和抗PD-L1抗体的sEV平台
利用双刺激电穿孔系统(DES)增强sEV产量和mRNA载量;通过CD64锚定抗PD-L1抗体,并通过Rev ARM-RRE-IIB系统装载IL-7 mRNA;通过NTA、cryo-TEM、Western blot等表征。
验证AI-sEV对自噬的抑制及MHC-I恢复
在A549和LLC细胞中检测AI-sEV的摄取、IL-7表达、自噬标志物(LC3B、p62等)及MHC-I表达,并通过共培养实验评估CD8+ T细胞杀伤能力。
在体内验证AI-sEV的抗肿瘤效果和免疫调节
建立LLC-luc原位肺癌模型,随机分组(PBS、sEV、AT-sEV、AI-sEV、抗PD-L1),监测肿瘤生长、生存期及免疫细胞浸润。
在临床相关模型中评估AI-sEV的疗效
建立人源化PDX模型,注射人PBMC,比较AI-sEV与抗PD-L1的治疗效果,检测肿瘤体积、增殖、自噬标志物和T细胞响应。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | 11965092 |
| 胎牛血清 | Invitrogen | A5670701 | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | R01510 | |
| 嘌呤霉素 | MCE | HY-B1743 | |
| sEV制备 | 铂丝 | -- | -- |
| 注射泵 | KD Scientific | KDS 100 Legacy | |
| sEV分离 | 离心机 | Eppendorf | 5810R |
| 超速离心机 | Beckman Coulter | OptimaTM MAX-XP | |
| sEV表征 | 纳米粒子追踪分析仪 | Malvern Panalytical | NS300 |
| 冷冻透射电子显微镜 | Thermo Fisher | Talos L120C G2 | |
| RT-qPCR | EasyPure miRNA试剂盒 | TransGen Biotech | ER601 |
| TransScript® SuperMix逆转录试剂 | TransGen Biotech | AT341 | |
| PerfectStart® Green qPCR预混液 | TransGen Biotech | AQ601 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | NCM Biotech | P001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | 23235 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗CD9抗体 | Abcam | ab307085 | |
| 抗CD63抗体 | Abcam | ab315108 | |
| 抗CD81抗体 | Abcam | ab109201 | |
| 抗Calnexin抗体 | Proteintech | 10427-2-AP | |
| 抗TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| 抗LC3B抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| 抗ATG7抗体 | Abclonal | -- | |
| 抗Beclin-1抗体 | Abclonal | A21191 | |
| 抗p62/SQSTM1抗体 | Abclonal | A21702 | |
| 抗IL-7抗体 | Abclonal | A22570 | |
| 抗HLA-ABC抗体 | Proteintech | 15240-1-AP | |
| 抗CD64抗体 | Abclonal | A1197 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| ECL Prime化学发光底物 | -- | -- | |
| mRNA检测 | 分子信标探针 | -- | -- |
| 细胞摄取 | PKH67绿色荧光染料 | Sigma-Aldrich | MINI67 |
| 转铁蛋白-Alexa Fluor 555偶联物 | Invitrogen | -- | |
| 自发荧光 | 霍乱毒素B亚基-Alexa Fluor 555偶联物 | Invitrogen | -- |
| 细胞摄取 | 葡聚糖-Alexa Fluor 555 | Invitrogen | -- |
| Hoechst 33342核染料 | -- | -- | |
| 自噬分析 | 雷帕霉素 | -- | -- |
| TEM | 乙酸铀酰 | -- | -- |
| 柠檬酸铅 | -- | -- | |
| 透射电子显微镜 | HITACHI | HT7800 | |
| 体外抗肿瘤实验 | ELISA试剂盒 | -- | -- |
| MTS检测 | -- | -- | |
| 动物实验 | 异氟烷 | -- | -- |
| D-荧光素 | -- | -- | |
| 体内成像 | IVIS Spectrum成像系统 | Revvity | -- |
| 组织病理 | Paraplast Plus石蜡 | Sigma-Aldrich | P3683 |
| 旋转切片机 | Leica Biosystems | RM2235 | |
| 伊红 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 胶原酶IV | Thermo Fisher | 17104019 |
| ACK裂解液 | Thermo Fisher | A1049201 | |
| 抗CD16/CD32抗体 | BioLegend | 101302 | |
| 可固定活力染料eFluor™ 780 | Invitrogen | 65-0865-14 | |
| 抗CD45-eFluor™ 506 | eBioscience | 69-0451-82 | |
| 抗CD3-FITC | BioLegend | 100204 | |
| 抗CD8-PerCP-eFluor™ 710 | eBioscience | 46-0081-82 | |
| 抗Foxp3-PE | eBioscience | 12-5773-82 | |
| 流式细胞仪 | Beckman Coulter | CytoFLEX LX | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3063 |
| IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0048 | |
| IL-2 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0042 | |
| IL-7 ELISA试剂盒 | MultiScience | EK207/2-AW1 | |
| 生化分析 | ALT检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K235-M |
| AST检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K236-M | |
| BUN检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K183-M | |
| 肌酐检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K188-M | |
| 组织消化 | 胶原酶IV | Worthington Biochemical | V900893 |
| 透明质酸酶 | -- | -- | |
| 细胞计数 | Countess II FL自动细胞计数仪 | Thermo Fisher | -- |
| scRNA-seq | Chromium Next GEM Single Cell 3' 试剂盒v3.1 | 10x Genomics | -- |
| Chromium控制器 | 10x Genomics | -- | |
| NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| NEBNext oligo(dT)磁珠 | New England Biolabs | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| 数据分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AI-sEV制备 | DES电穿孔参数(脉冲幅度、频率、持续时间)、细胞密度、质粒DNA浓度、流速、sEV与抗体比例 阅读提示:参见2.3和2.4节,图3 |
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养基成分、质粒构建(CD64-Rev ARM、IL-7-RRE-IIB)、转染后培养时间 阅读提示:参见2.1节 |
| 体外自噬抑制 | AI-sEV处理浓度、处理时间、细胞系(A549/LLC)、雷帕霉素浓度、检测指标(LC3B、p62等) 阅读提示:参见2.11节,图4 |
| 原位肺癌模型 | 小鼠品系、细胞系(LLC-luc)、注射细胞数、给药途径、AI-sEV剂量、给药频率、肿瘤监测方法 阅读提示:参见2.14节,图5 |
| PDX模型 | 小鼠品系、肿瘤样本来源、传代方法、人PBMC注射量、AI-sEV剂量、给药周期 阅读提示:参见2.16节,图8 |