建立PDX模型并验证药物敏感性
建立EGFR突变肺癌PDX模型,并评估其对奥希替尼的敏感性。
从患者肿瘤组织建立PDX,皮下植入NSG小鼠,用奥希替尼处理,监测肿瘤体积变化。
ASCL1 Drives Tolerance to Osimertinib in EGFR Mutant Lung Cancer in Permissive Cellular Contexts
包含PDX体内模型、细胞系功能实验、单细胞测序、ATAC-seq等多层级验证。
患者来源异种移植(PDX)模型 HCC827细胞系 PC9细胞系 H1975细胞系
奥希替尼治疗剂量:25mg/kg,每周5天 细胞系ASCL1过表达采用多西环素诱导系统 克隆形成实验中奥希替尼浓度:0-100nM 药物敏感性实验使用CellTiter Blue检测 ATAC-seq实验使用HCC827和PC9细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立EGFR突变肺癌PDX模型,并评估其对奥希替尼的敏感性。
从患者肿瘤组织建立PDX,皮下植入NSG小鼠,用奥希替尼处理,监测肿瘤体积变化。
评估残留肿瘤细胞的增殖和凋亡水平。
通过免疫组化检测Ki-67、磷酸化组蛋白H3和cleaved caspase-3,并通过Western blot分析细胞周期标志物。
确定耐药残留肿瘤是否发生基因突变或克隆选择。
对未治疗和残留肿瘤进行全外显子测序,分析突变VAF、克隆结构。
寻找残留肿瘤与未治疗肿瘤的转录组差异。
进行bulk RNA-seq,PCA分析,GSEA分析ASC L1和EMT特征。
鉴定残留肿瘤中的细胞亚群及其转录特征。
对PDX肿瘤进行单细胞RNA-seq,聚类分析并比较不同细胞群。
验证ASCL1是否介导药物耐受及机制。
在HCC827、PC9和H1975细胞中过表达ASCL1,进行克隆形成和药物敏感性实验。
探究ASCL1对染色质可及性的影响及其与耐药的关系。
对HCC827和PC9细胞进行ATAC-seq,比较不同条件下的染色质开放性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PDX建立 | 肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotech | 130-095-929 |
| 基质胶 | Corning | 356237 | |
| 药物处理 | 奥希替尼 | AstraZeneca | -- |
| 甲基纤维素 | Sigma | M0512 | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | gibco | 11875-093 |
| 胎牛血清 | gibco | 16140-071 | |
| HEPES | gibco | 15630-080 | |
| 青霉素-链霉素 | gibco | 15140-122 | |
| DMEM培养基 | gibco | 11965-092 | |
| Tet系统认证胎牛血清 | Takara Bio | 631101 | |
| 细胞保存 | 二甲基亚砜 | AmericanBio | AB00435-00500 |
| 细胞培养 | 支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-318 |
| 免疫组化 | Clear-Rite 3 | Thermo Scientific | 6901 |
| 抗原修复液 | Vector Laboratories | H-3300 | |
| 过氧化氢 | J.T.Baker | 2186-01 | |
| VECTASTAIN Elite ABC-HRP试剂盒 | Vector Laboratories | PK-6101 | |
| NovaRED底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4800 | |
| Permount封片剂 | Fisher Scientific | SP15-100 | |
| 抗Nkx2-1抗体 | abcam | ab76013 | |
| 抗EGFRdel19抗体 | CST | 2085 | |
| 抗Ki-67抗体 | CST | 9027 | |
| 抗裂解Caspase-3抗体 | CST | 9664 | |
| 抗磷酸化组蛋白H3抗体 | CST | 9701 | |
| 抗ASCL1抗体 | abcam | ab211327 | |
| 抗突触素抗体 | CST | 36406 | |
| 抗嗜铬粒蛋白A抗体 | abcam | ab15160 | |
| Western blot | 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | 78440 |
| DC蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | 5000116 | |
| 4X上样缓冲液 | Bio-Rad | 1610747 | |
| 二硫苏糖醇 | Sigma | D9779 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Bio-Rad | 4568093 | |
| 蛋白分子量标准 | Bio-Rad | 1610375 | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | 1620112 | |
| 脱脂奶粉 | AmericanBio | AB10109-01000 | |
| 二抗 | CST | 7074 | |
| SuperSignal West Pico化学发光底物 | Thermo Scientific | 34580 | |
| Femto化学发光底物 | Thermo Scientific | 34096 | |
| ChemiDoc MP凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 抗pEGFR抗体 | CST | 3777 | |
| 抗EGFR抗体 | CST | 4267 | |
| 抗Actin抗体 | Santa Cruz | sc47778 HRP | |
| 抗Rb抗体 | CST | 9309 | |
| 抗pRb抗体 | CST | 8516 | |
| 抗Cyclin B1抗体 | CST | 12231 | |
| 抗p21抗体 | CST | 2947 | |
| 抗p27抗体 | CST | 3686 | |
| 抗BCL2抗体 | CST | 4223 | |
| 抗DLL3抗体 | CST | 71804 | |
| 抗RET抗体 | CST | 14556 | |
| 抗EpCAM抗体 | abcam | ab32392 | |
| 抗Vimentin抗体 | CST | 5741 | |
| 抗ZEB1抗体 | CST | 70512 | |
| 抗ZEB2抗体 | CST | 97885 | |
| 全外显子测序 | AllPrep DNA/RNA微型试剂盒 | Qiagen | 80204 |
| xGen外显子组捕获探针 | IDT | -- | |
| HiSeq4000测序仪 | Illumina | -- | |
| RNA-seq | KAPA mRNA HyperPrep试剂盒 | Kapa Biosystems | KR1352 |
| HiSeq2500测序仪 | Illumina | -- | |
| 单细胞RNA-seq | 抗人EpCAM抗体 | BioLegend | 324209 |
| 活/死细胞染料 | invitrogen | L34971 | |
| Chromium控制器 | 10x Genomics | -- | |
| 3'文库制备试剂盒v3 | 10X genomics | -- | |
| ATAC-seq | NP-40 | Roche | 11332473001 |
| 吐温-20 | Roche | 11332465001 | |
| 毛地黄皂苷 | Promega | G9441 | |
| 转座酶 | illumina | 20034197 | |
| DNA清洁试剂盒 | Zymo | D4014 | |
| NEBNext预混液 | NEB | M0541S | |
| AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | A63880 | |
| KAPA文库定量试剂盒 | KAPA | KK4854 | |
| ASCL1过表达 | phASCL1-N106质粒 | addgene | #31781 |
| Q5高保真预混液 | NEB | M0492S | |
| Monarch PCR及DNA清洁试剂盒 | NEB | T1030S | |
| NheI限制酶 | NEB | R3131S | |
| AgeI限制酶 | NEB | R3552S | |
| pCW57-MCS载体 | addgene | #71782 | |
| T4 DNA连接酶 | NEB | M0202S | |
| stbl3感受态大肠杆菌 | invitrogen | C7373-03 | |
| LB肉汤 | gibco | 10855-021 | |
| QIAprep离心柱质粒小提试剂盒 | Qiagen | 27106 | |
| TransIT-Lenti转染试剂 | Mirus Bio | MIR6604 | |
| pMD2.G包装质粒 | addgene | #12259 | |
| psPAX2包装质粒 | addgene | #12260 | |
| 0.45um过滤器 | Millipore | SLHV033RS | |
| TransduceIT转导试剂 | Mirus Bio | MIR6620 | |
| 嘌呤霉素 | gibco | A11138-03 | |
| 多西环素 | Sigma | D9891 | |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | Sigma | C3886 |
| 药物敏感性实验 | CellTiter Blue试剂 | Promega | G8081 |
| SpectraMax M3酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 焦磷酸测序 | PyroMark Q24焦磷酸测序仪 | Qiagen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PDX模型 | PDX建立方法、免疫缺陷小鼠品系、肿瘤组织来源、植入方式 阅读提示:Methods: PDX Establishment |
| 药物治疗 | 奥希替尼剂量、给药频率、给药途径、治疗时间 阅读提示:Methods: Drug treatment in vivo |
| 细胞培养 | 细胞系、培养基成分、培养条件、多西环素浓度 阅读提示:Methods: Cell lines |
| 功能实验 | 细胞密度、药物浓度、处理时间、检测方法 阅读提示:Methods: Clonogenic assays, Drug sensitivity assay |
| 测序分析 | 测序平台、读长、覆盖度、比对基因组、分析流程 阅读提示:Methods: Whole exome sequencing, Bulk RNA-sequencing, Single-cell RNA-sequencing, ATAC-sequencing |