虚拟筛选与分子对接
发现潜在的FLT3抑制剂
对ZINC in vivo库中60,411个小分子进行分子对接,筛选出前1%的化合物,并通过标准精度和XP精度对接评估foretinib与FLT3的结合。
Foretinib Is Effective in Acute Myeloid Leukemia by Inhibiting FLT3 and Overcoming Secondary Mutations That Drive Resistance to Quizartinib and Gilteritinib
结合虚拟筛选、体外细胞实验、体内CDX和PDX模型验证,涵盖功能验证和机制验证。
FLT3-ITD突变的人AML细胞系(MV4-11、MOLM13) 表达FLT3-ITD或FLT3-ITD-TKD突变的Ba/F3细胞 NSG小鼠异种移植模型(MOLM13、MV4-11) PDX模型(患者来源的FLT3-ITD AML细胞)
foretinib直接结合FLT3(通过CETSA验证) foretinib对FLT3-ITD细胞系和原代细胞的IC50值 foretinib在CDX和PDX模型中的体内疗效 foretinib对继发耐药突变(如F691L)的抑制作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
发现潜在的FLT3抑制剂
对ZINC in vivo库中60,411个小分子进行分子对接,筛选出前1%的化合物,并通过标准精度和XP精度对接评估foretinib与FLT3的结合。
评估foretinib对FLT3-ITD细胞的抗增殖和促凋亡作用
使用CellTiter-Glo检测foretinib对多种AML细胞系(MV4-11、MOLM13等)和Ba/F3突变细胞系的细胞活力影响;通过流式细胞术分析细胞周期和凋亡;Western blot检测FLT3及下游信号蛋白磷酸化水平。
评估foretinib在异种移植模型中的抗白血病效果
将MOLM13、MV4-11细胞或Ba/F3 FLT3-ITD-TKD细胞注射入NSG或BALB/c小鼠,口服foretinib、quizartinib、gilteritinib或对照,监测白血病负荷和生存期。
验证foretinib对患者来源AML细胞的疗效
将含FLT3-ITD突变或FLT3-ITD/DNMT3A/NPM1突变的患者原代细胞移植入NOG小鼠,建立PDX模型,口服药物治疗后评估白血病负荷及生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | -- |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | BBI Life Sciences | -- | |
| 重组人IL3 | R&D Systems | -- | |
| 重组人SCF | R&D Systems | -- | |
| 重组人IL6 | R&D Systems | -- | |
| Western blotting | 抗pFLT3抗体 | Cell Signaling Technology | 3464 |
| 抗FLT3抗体 | Cell Signaling Technology | 3462 | |
| 抗pSTAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 9351 | |
| 抗STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 9363 | |
| 抗ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗pERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗pAKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| HRP偶联的tubulin抗体 | Proteintech | HRP-66031 | |
| PARP1抗体 | Proteintech | 13371-1-AP | |
| Caspase8抗体 | Proteintech | 13423-1-AP | |
| 药物处理 | Foretinib | Targetmol | -- |
| Quizartinib | Targetmol | -- | |
| Gilteritinib | Abmole | -- | |
| 细胞分离 | Lymphoprep试剂 | Stemcell Technologies | -- |
| 集落形成实验 | MethoCult甲基纤维素培养基H4435 | Stemcell Technologies | -- |
| 细胞活力检测 | VICTOR Nivo酶标仪 | Revvity | -- |
| 蛋白质印迹 | ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | 细胞密度为5000细胞/孔,处理时间为48小时,药物浓度梯度需覆盖0-300 nmol/L(foretinib) 阅读提示:Materials and Methods: Cell viability assay |
| 体内实验 | 细胞注射量:MOLM13/MV4-11为5×10^6,Ba/F3为2×10^6;给药剂量:foretinib 15 mg/kg、quizartinib 10 mg/kg、gilteritinib 30 mg/kg;给药方式:口服;给药周期:连续2周或直至对照小鼠死亡 阅读提示:Materials and Methods: In vivo efficacy studies; Figure 3 legend |
| PDX模型 | NOG小鼠预处理:busulfan 20 mg/kg;移植细胞数:PDX #1为2×10^6,PDX #2为5×10^5(二次移植);给药方案:foretinib 15 mg/kg/day,quizartinib 10 mg/kg/day,gilteritinib 30 mg/kg/day,持续3周 阅读提示:Materials and Methods: In vivo efficacy studies; Figure 6 legend |
| 蛋白质印迹 | 处理时间:2小时;检测pFLT3、pSTAT5、pERK、pAKT 阅读提示:Materials and Methods: Western blotting analysis; Figure 2 legend |