临床与数据库分析
评估aFGFR3膀胱癌的肿瘤免疫微环境特征
利用IMvigor210和TCGA-BLCA数据集分析CD8+ T细胞浸润、免疫表型(inflamed/excluded/desert),并在SYSMH队列中进行IHC验证。
FGFR3 Alterations in Bladder Cancer Stimulate Serine Synthesis to Induce Immune-Inert Macrophages That Suppress T-cell Recruitment and Activation
研究包含体外细胞实验(BMDM、THP-1)、小鼠体内模型(同系、裸鼠、人源化)、临床样本验证及scRNA-seq等多层级证据,并进行功能验证和机制探索。
MB49小鼠膀胱癌细胞系(WT/mFgfr3) T24人膀胱癌细胞系(WT/mFGFR3) BMDM(骨髓来源巨噬细胞) C57BL/6小鼠皮下移植瘤模型 huPBMC-NOG-dKO人源化小鼠
细胞模型:MB49 WT/mFgfr3、T24 WT/mFGFR3 巨噬细胞类型:BMDM(C57BL/6来源)或THP-1 处理物:肿瘤细胞条件培养基、丝氨酸(2 mmol/L)、duvelisib(20 μmol/L)、L-苯甘氨酸(50 μmol/L) 动物模型:C57BL/6小鼠MB49皮下移植瘤(5×10^5细胞)、人源化小鼠T24(5×10^6细胞) 给药方案:duvelisib(2 mg/kg口服)、erdafitinib(25 mg/kg口服)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估aFGFR3膀胱癌的肿瘤免疫微环境特征
利用IMvigor210和TCGA-BLCA数据集分析CD8+ T细胞浸润、免疫表型(inflamed/excluded/desert),并在SYSMH队列中进行IHC验证。
验证mFgfr3对肿瘤生长和免疫浸润的影响
在MB49和T24细胞中通过慢病毒转染表达突变型FGFR3(S249C/S243C),皮下接种于免疫缺陷(裸鼠)和免疫健全(C57BL/6)小鼠,监测肿瘤生长并分析免疫细胞浸润。
解析mFgfr3肿瘤中免疫抑制的细胞基础
对WT和mFgfr3 MB49肿瘤进行scRNA-seq,鉴定细胞类型,并聚焦巨噬细胞亚群,分析其趋化因子和MHC表达;使用CellChat分析细胞间通讯。
验证mFgfr3癌细胞通过分泌因子改变巨噬细胞表型
用WT/mFgfr3癌细胞培养基刺激BMDM或THP-1,检测CD206、MHC-II、CXCL9表达,并评估抗原呈递和趋化功能。
揭示突变型FGFR3诱导巨噬细胞免疫惰性的代谢机制
通过GSEA和DEG分析发现PSAT1上调;检测癌细胞和巨噬细胞中丝氨酸浓度;补充丝氨酸或使用L-苯甘氨酸阻断丝氨酸转运,观察巨噬细胞表型变化;Western blot检测MAPK通路。
验证PI3K/Akt通路在巨噬细胞表型转换中的作用,并评估PI3K抑制剂的体内疗效
检测巨噬细胞pAKT水平;体外用duvelisib处理验证逆转效果;在MB49同系小鼠和人源化小鼠中评估duvelisib单药及与erdafitinib联合的抗肿瘤效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | Sino Biological | 51112-MNAH | |
| 细胞处理 | 丝氨酸 | Biosharp | BS932 |
| S-腺苷甲硫氨酸 | Sigma-Aldrich | A7007 | |
| 杜韦利西布 | APExBIO | A1720 | |
| L-苯甘氨酸 | Sigma-Aldrich | 2935-35-5 | |
| 脂多糖 | Biosharp | BS904 | |
| 白细胞介素-4 | Peprotech | 214-14-20 | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | 3421-48EA |
| 抗原呈递实验 | 卵清蛋白 | Solarbio | 9006-59-1 |
| 流式细胞术 | PE抗小鼠H-2Kb SIINFEKL抗体 | Thermo Fisher Scientific | 12-5743-81 |
| Western blot | RIPA裂解液 | CWBio | CW2333S |
| 蛋白酶抑制剂 | CWBio | CW2200S | |
| 磷酸酶抑制剂 | CWBio | CW2383S | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | CWBio | CW0014S | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | IPVH00010 | |
| 抗pERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗pERK5抗体 | Cell Signaling Technology | 3371 | |
| 抗PSAT1抗体 | Proteintech | 10501-1-AP | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Servicebio | GB23303 | |
| 化学发光底物 | Merck Millipore | WBKLS0500 | |
| 流式细胞术 | 小鼠Fc受体阻断液 | BioLegend | 101320 |
| BV510抗F4/80抗体 | BioLegend | 123135 | |
| PE-Cy7抗CD11b抗体 | BioLegend | 101215 | |
| BV605抗IA/IE抗体 | BioLegend | 107639 | |
| FIX & PERM细胞透化试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | GAS003 | |
| PE抗CXCL9抗体 | BioLegend | 515603 | |
| PE抗pAKT1抗体 | Thermo Fisher Scientific | 12-9715-41 | |
| AF647抗CD206抗体 | BioLegend | 141711 | |
| 人Fc受体阻断液 | BioLegend | 422302 | |
| PE抗HLA-DR抗体 | BioLegend | 307605 | |
| BV421抗人CD206抗体 | BD Biosciences | 566281 | |
| PE抗人CXCL9抗体 | BD Biosciences | 566013 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗CD206抗体 | Cell Signaling Technology | 24595 |
| 抗CD8抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-14548 | |
| 抗CXCL9抗体 | R&D Systems | AF-492-NA | |
| 多重免疫荧光 | PANO 5重免疫组化试剂盒 | PANOVUE | 10080100100 |
| 抗F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | 70076 | |
| 抗CD8抗体(小鼠) | Cell Signaling Technology | 98941 | |
| 抗颗粒酶B抗体 | Cell Signaling Technology | 46890 | |
| PE抗IA/IE抗体(小鼠) | BioLegend | 107607 | |
| 抗CD68抗体 | Zhongshan Golden Bridge | ZM-0464 | |
| 抗HLA-DR抗体 | Zhongshan Golden Bridge | ZM-0136 | |
| 抗人CXCL9抗体 | Abcam | ab202961 | |
| 二抗 | Vector | MP-7451, | |
| Vectra Polaris自动定量病理成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 动物实验 | 对照脂质体 | FormuMax | F70101-N |
| 厄达替尼 | MCE | JNJ-42756493 | |
| 杜韦利西布 | APExBIO | A1720 | |
| Brilliant Violet 650抗CD8α抗体 | BioLegend | 100741 | |
| PE抗CD3抗体 | BioLegend | 100206 | |
| PE/Cyanine7抗CD4抗体 | BioLegend | 100421 | |
| Alexa Fluor 647抗颗粒酶B抗体 | BioLegend | 515406 | |
| Brilliant Violet 510抗F4/80抗体 | BioLegend | 123135 | |
| PE/Cyanine7抗CD11b抗体 | BioLegend | 101215 | |
| Brilliant Violet 421抗CD45抗体 | BioLegend | 103134 | |
| 胶原酶I | Servicebio | GC305013 | |
| 胶原酶II | Servicebio | GC305014 | |
| 胶原酶IV | Servicebio | GC305015 | |
| 脱氧核糖核酸酶 | Servicebio | 1121MG010 | |
| 细胞培养 | 支原体检测试剂盒 | InvivoGen | rep-mys-20 |
| 嘌呤霉素 | MP | 0219453925 | |
| qRT-PCR | RNA快速纯化试剂盒 | EZBioscience | -- |
| HieffTM qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen Biotechnology | -- | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 丝氨酸定量 | DL-丝氨酸检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK352 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系构建 | 细胞系(T24、MB49)、突变(S249C/S243C)、转染方法(慢病毒)、筛选(嘌呤霉素) 阅读提示:Materials and Methods: Cells, Lentivirus generation and gene transfer |
| 巨噬细胞分化与刺激 | BMDM来源、分化时间(6天)、M-CSF浓度(40 ng/mL)、刺激时间(48小时)、处理物及浓度(丝氨酸2 mmol/L、duvelisib 20 μmol/L等) 阅读提示:Materials and Methods: Preparation and culture of bone marrow-derived macrophages, Macrophages stimulation assay |
| 免疫表型检测 | 用于评估巨噬细胞表型的标志物(CD206、MHC-II、CXCL9) 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry of in vitro experiments |
| 动物模型 | 小鼠品系、细胞接种量、给药剂量(duvelisib 2 mg/kg,erdafitinib 25 mg/kg)、给药方式(口服)、时间(第10天起每日) 阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments |
| 体内免疫分析 | 肿瘤消化方案(胶原酶I/II/IV、DNase)、抗体组合、流式染色方案 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry for animal experiments |