分析ACC1在MM患者中的表达及临床相关性
评估ACC1表达与MM亚型、MYC异常及预后的关系
利用IFM/DFCI队列RNA-seq数据、GSE66293、GSE47552、GSE116294微阵列数据,分析CD138+细胞中ACACA表达,并进行生存分析、相关性分析、IHC验证。
Targeting Acetyl-CoA Carboxylase Suppresses De Novo Lipogenesis and Tumor Cell Growth in Multiple Myeloma
包含体外细胞系实验(20种MM细胞系)、体内异种移植模型、患者样本分析以及脂质组学等多层次证据,并进行了功能验证(抑制剂、shRNA敲低)和机制验证(脂质合成、ER应激、氧化损伤)。
MM细胞系(AMO1、H929等20种) CD138+原代MM患者细胞 H929异种移植NOD/SCID小鼠模型 IFM/DFCI临床队列患者样本
ND-646和ND-630的浓度(如100 nM)及处理时间(6天) ACC1敲低使用IPTG诱导的shRNA(浓度1 mM) 动物实验:H929细胞皮下注射,ND-646剂量50 mg/kg,BID 棕榈酸挽救实验:使用50 μM BSA-棕榈酸 MYC过表达细胞株(U266-MYC)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ACC1表达与MM亚型、MYC异常及预后的关系
利用IFM/DFCI队列RNA-seq数据、GSE66293、GSE47552、GSE116294微阵列数据,分析CD138+细胞中ACACA表达,并进行生存分析、相关性分析、IHC验证。
验证ACC1抑制剂是否抑制MM细胞生长和存活
用ND-646和ND-630处理20种MM细胞系,检测细胞活力(CCK-8)、凋亡(Annexin V/7-AAD)、集落形成;并检测对患者CD138+细胞和PBMC的作用。
确认ACC1特异性作用,排除ACC2影响
使用IPTG诱导的shRNA敲低ACC1,检测细胞生长、脂质合成;在体内模型中验证敲低效果。
检测ACC1抑制是否减少脂质合成并改变脂质组成
用14C-葡萄糖标记检测DNL,并用靶向脂质组学分析TG、胆固醇酯等脂质种类变化。
阐明ACC1抑制导致ER应激和翻译抑制的机制
检测ER应激标志物(PERK、IRE1α、eIF2α磷酸化、BIP),通过SUnSET实验检测蛋白质合成,并用棕榈酸进行挽救实验。
进一步阐明ACC1抑制的细胞后果
检测蛋白质羰基化水平、膜流动性、γH2AX(DNA损伤标记)以及PC/PE比例。
评估ACC1抑制剂和基因敲低在动物模型中的疗效
使用H929异种移植模型,分别用ND-646和IPTG诱导的shACC1处理,测量肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Lonza | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 分子克隆 | Lenti-X 293T细胞 | Takara | 632180 |
| 原代细胞分离 | Ficoll-Hypaque分离液 | Lonza | -- |
| 抗CD138磁珠 | Miltenyi Biotech | 130-097-614 | |
| 细胞培养 | Falcon细胞培养插入小室 | Corning | -- |
| 药物处理 | ND-646 | MedChemExpress | -- |
| ND-630 | MedChemExpress | -- | |
| 细胞转染 | Neon转染系统 | Invitrogen | -- |
| 基因敲低 | pLKO.1载体 | Millipore Sigma | -- |
| pLKO_IPTG_3xLacO载体 | Millipore Sigma | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo Molecular Technologies | -- |
| 流式细胞术 | 7-AAD | BD Biosciences | -- |
| FACS CANTO II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Attune NxT流式细胞仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 集落形成实验 | MethoCult甲基纤维素培养基 | STEMCELL Technologies | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Cell Signaling Technology | -- |
| Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | -- | |
| NE-PER核和胞质提取试剂 | Thermo Fisher | 78833 | |
| 蛋白质印迹发光液 | Santa Cruz | sc-2048 | |
| 抗ACC1抗体 | Cell Signaling Technology | 4190 | |
| 抗ACC2抗体 | Cell Signaling Technology | 8578 | |
| 抗磷酸化ACC-Ser79抗体 | Cell Signaling Technology | 11818 | |
| 抗磷酸化eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 9721 | |
| 抗PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 5683 | |
| 抗BIP抗体 | Cell Signaling Technology | 3177 | |
| 抗γH2AX抗体 | Cell Signaling Technology | 9718 | |
| 抗IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| 抗Vinculin抗体 | Sigma-Aldrich | V9131 | |
| 抗兔IgG HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗小鼠IgG HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 从头脂肪生成检测 | 14C标记葡萄糖 | ARC | ARC-0122D |
| 蛋白质合成检测 | 嘌呤霉素氨基核苷 | Sigma Aldrich | -- |
| 抗嘌呤霉素抗体 | Sigma Aldrich | MABE343 | |
| 脂质组学分析 | Nexera X2超高效液相色谱系统 | Shimadzu | -- |
| 6500+ QTRAP质谱系统 | AB SCIEX | -- | |
| 蛋白质羰基化检测 | 抗DNP抗体 | Molecular Probes | A6430 |
| 膜流动性检测 | 膜流动性检测试剂盒 | Abcam | ab189819 |
| 芘癸酸 | -- | -- | |
| 动物实验 | NOD/SCID小鼠 | Charles River | -- |
| 异丙基β-D-1-硫代半乳糖吡喃糖苷 | Sigma | -- | |
| 组合治疗 | 辛伐他汀 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分(RPMI-1640、DMEM)、血清浓度(10% FBS)、抗生素浓度(1% Pen/Strep)、培养条件(37°C、5% CO2)。 阅读提示:Methods - Cells |
| 原代细胞分离 | CD138+细胞分离方法(Ficoll密度梯度、磁珠分选)、纯度验证(流式)、培养条件(与HS-5共培养)。 阅读提示:Methods - Primary patient cells |
| 药物处理 | ND-646和ND-630的浓度(如100 nM)、处理时间(6天)、溶剂(DMSO)及对照组(1% DMSO)。 阅读提示:Methods - Drugs, Results - Targeting ACC1 |
| 基因敲低 | shRNA序列(shACC1-3)、载体(pLKO.1或pLKO_IPTG_3xLacO)、诱导剂IPTG浓度(1 mM)及添加频率(隔天)。 阅读提示:Methods - Stable expression using lentiviral plasmids |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂、7-AAD染色、凋亡检测(Annexin V/7-AAD)、集落形成实验条件(细胞数、甲基纤维素浓度、培养时间)。 阅读提示:Methods - Cell viability, apoptosis, cell cycle, and colony-forming assays |
| 从头脂肪生成检测 | 细胞密度(5×10^5/孔)、处理时间(3天)、14C-葡萄糖用量(1 μCi/孔)、标记时间(24小时)、脂质提取方法(氯仿-甲醇)、计数归一化(总蛋白)。 阅读提示:Methods - De novo lipogenesis assay |
| 脂质组学分析 | 样品准备、LC-MS/MS平台(Nexera X2 UHPLC + 6500+ QTRAP)、数据处理(MultiQuant、Python Molmass)、归一化(DNA含量)。 阅读提示:Methods - Lipidomics |
| 蛋白质合成检测 | 嘌呤霉素浓度(1 μg/mL)、处理时间、检测方法(SUnSET)、抗体(抗嘌呤霉素)。 阅读提示:Methods - Protein synthesis |
| 内质网应激检测 | 抗体(p-PERK、IRE1α、p-eIF2α、BIP)、Western blot条件、定量方法。 阅读提示:Methods - Western blot analysis, Figure 4A |
| 膜流动性检测 | 试剂盒型号(ab189819)、处理条件(ND-646 100 nM + 50 μM BSA-棕榈酸)、检测读数(激发350nm,发射400和470nm)。 阅读提示:Methods - Membrane fluidity |
| 动物实验 | 小鼠品系(NOD/SCID)、年龄(6周)、性别(雌性)、细胞注射数量(5×10^6)、给药剂量(ND-646 50 mg/kg BID)、给药途径(I.P.)、IPTG浓度(10 mM)及给药方式(饮水)、随机化分组。 阅读提示:Methods - Animal study |