BTK突变鉴定
鉴定FL中BTK的体细胞突变
对139例FL和11例转化型FL的流式分选肿瘤B细胞DNA进行Sanger测序,覆盖BTK所有编码外显子,并通过配对CD3+T细胞DNA确认体细胞来源。
Follicular Lymphoma-associated BTK Mutations are Inactivating Resulting in Augmented AKT Activation
包含患者样本测序鉴定突变、细胞系功能验证(CRISPR敲除、重组表达)、蛋白质稳定性分析、信号通路检测及原代细胞验证,多重证据支持。
OCI-LY7 BTK敲除细胞系 SUDHL4 BTK敲除细胞系 OCI-LY1细胞系 DT40 BTK敲除细胞系 HBL1和TMD8细胞系 原代人FL B细胞 原代人非恶性淋巴结B细胞
BTK突变的类型和位置(错义、剪接位点等) 细胞系中BTK敲除和重建的表达水平 抗IG刺激的时间(10分钟)和浓度(10 μg/ml) BTK蛋白稳定性实验(环己酰亚胺处理) AKT磷酸化检测位点(S473和T308)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定FL中BTK的体细胞突变
对139例FL和11例转化型FL的流式分选肿瘤B细胞DNA进行Sanger测序,覆盖BTK所有编码外显子,并通过配对CD3+T细胞DNA确认体细胞来源。
在无内源性BTK的细胞中研究突变体功能
使用CRISPR-Cas9在OCI-LY7和SUDHL4细胞中敲除BTK,通过单细胞克隆筛选,并以慢病毒转导重建HA标记的野生型或突变型BTK。
检测BTK突变对蛋白稳定性的影响
在OCI-LY7 BTK−/−细胞重建野生型或突变型BTK后,用环己酰亚胺(CHX)处理不同时间(0-8小时),通过免疫印迹检测BTK蛋白水平并量化。
评估BTK突变对BCR下游信号的影响
在多种细胞系(OCI-LY7, SUDHL4, DT40, OCI-LY1)中,经抗IG刺激后,通过免疫印迹检测BTK磷酸化、PLCγ2磷酸化、AKT磷酸化及ERK磷酸化。
验证降低BTK蛋白水平对AKT磷酸化的影响
使用两种BTK PROTAC降解剂(#002和#003)处理OCI-LY7, SUDHL4, OCI-LY1细胞24小时,然后进行抗IG刺激,检测BTK和AKT磷酸化水平。
在生理相关细胞中验证BTK敲低或突变对AKT磷酸化的影响
从非恶性淋巴结和FL活检中纯化B细胞,用shRNA敲低BTK或直接分析突变型FL B细胞,经抗IG刺激后检测AKT磷酸化。
确认增强的AKT磷酸化是否依赖PI3Kδ
在表达野生型或突变型BTK的OCI-LY7和SUDHL4细胞中,用PI3Kδ抑制剂CAL101预处理后,抗IG刺激检测AKT磷酸化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因测序 | Mutation Surveyor软件 | Softgenetics | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 基因编辑 | pLentiCRISPRv2质粒 | Addgene | 52961 |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | Sigma | P9620 | |
| 慢病毒包装 | 聚乙烯亚胺 | Polyscience | 23966 |
| 免疫沉淀 | NP-40表面活性剂溶液 | Thermo Fisher Scientific | 85124 |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | P0044 | |
| 原钒酸钠 | Sigma-Aldrich | 450243 | |
| 蛋白A琼脂糖珠 | Cell Signaling Technology | 9863 | |
| 小鼠IgG(未标记) | Southern Biotech | 0107-01 | |
| 抗HA琼脂糖珠 | Sigma Aldrich | A2095 | |
| Bis-Tris NuPage微型凝胶 | Invitrogen | -- | |
| 质谱分析 | Waters M-Class高效液相色谱系统 | Waters | -- |
| ThermoFisher Fusion Lumos质谱仪 | ThermoFisher | -- | |
| Luna C18色谱柱树脂 | Phenomenex | -- | |
| 抑制剂处理 | 伊布替尼 | -- | -- |
| 阿卡替尼 | -- | -- | |
| CAL101 | -- | -- | |
| SU6656 | -- | -- | |
| 达沙替尼 | -- | -- | |
| 萨拉卡替尼 | -- | -- | |
| 抗体 | 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A544 |
| 抗HA抗体(C29F4) | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 抗磷酸化PLCγ2-Y1217抗体 | Cell Signaling Technology | 3871 | |
| 抗PLCγ2抗体 | Cell Signaling Technology | 3872 | |
| 抗磷酸化BTK-Y223抗体 | Cell Signaling Technology | 5082 | |
| 抗BTK抗体 | Cell Signaling Technology | 8547 | |
| 抗BLK抗体 | Cell Signaling Technology | 3262 | |
| 抗磷酸化AKT-S473抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗磷酸化AKT-T308抗体 | Cell Signaling Technology | 4056 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗磷酸化PLCγ2-Y759抗体 | R&D System | MAB7377 | |
| 细胞刺激 | 抗IgM抗体 | Southern Biotech | 2020-01 |
| 抗IgG抗体 | Southern Biotech | 2040-01 | |
| 细胞分选 | CD3磁珠 | Miltenyi | 130050101 |
| CD14磁珠 | Miltenyi | 130050201 | |
| LS分离柱 | Miltenyi | 130042401 | |
| 细胞培养 | B细胞培养基 | Celprogen | M33001-02S |
| 基因敲低 | BTK shRNA1 | Millipore Sigma | TRCN0000009935 |
| BTK shRNA2 | Millipore Sigma | TRCN0000009936 | |
| 细胞活力测定 | CellTiter-Glo试剂 | Promega | -- |
| GloMax-Multi检测系统 | Promega | -- | |
| 蛋白质定量 | ImageJ | NIH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| BTK突变鉴定 | BTK测序覆盖度、样本类型(分级、治疗史)、突变确认方法 阅读提示:Methods: Patient characteristics and lymphoma specimen source material; Exon resequencing of BTK in FL and RT-PCR based sequencing |
| 细胞系构建 | CRISPR-Cas9靶向序列、转导条件、筛选浓度和时间、克隆筛选方法 阅读提示:Methods: Generation of OCI-LY7 BTK−/− and SUDHL4 BTK−/− cells using CRISPR-Cas9 gene targeting; Generation of stable reconstituted cell lines |
| BCR刺激条件 | 抗IG种类和浓度、刺激时间、细胞饥饿时间 阅读提示:Methods: Anti-IG treatment of cell lines, drug treatment and immunoblotting; Figure legends 4-6 |
| 蛋白稳定性测定 | CHX浓度、处理时间点、细胞密度、检测定量方法 阅读提示:Methods: Cycloheximide pulse chase protein stability assay; Figure 2 legend |
| PROTAC处理 | PROTAC化合物(#002/#003)浓度、处理时间、细胞系 阅读提示:Methods: BTK degrader (PROTAC) treatment of lymphoma cell lines; Supplementary Figure 9 |