CDH6表达差异分析
比较RA和OA FLS中钙粘蛋白家族表达,确定CDH6是否差异表达。
使用RNAseq分析RA和OA FLS中钙粘蛋白家族表达,RT-qPCR验证CDH6 mRNA表达,Western blot检测蛋白水平。
Regulation of fibroblast-like synoviocyte function by cadherin 6 in rheumatoid arthritis
包含患者样本(RA/OA滑膜和FLS)、转录组/表观遗传数据分析、体外功能实验(siRNA敲低、细胞功能检测)和组织免疫荧光验证,多个证据层级支持。
RA患者成纤维样滑膜细胞(FLS) OA患者成纤维样滑膜细胞(FLS) RA滑膜组织
细胞类型:RA或OA患者来源的FLS,传代4-7代; siRNA敲低:使用CDH6特异性siRNA(Horizon Discovery),转染后敲低效率大于85%; TGFβ刺激浓度和时间:20 ng/ml,刺激24小时; 细胞生长实验:MTT法,细胞密度3×10^3/孔,刺激4-7天; 迁移实验:划痕法,细胞密度1.5×10^5/孔,刺激24小时。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较RA和OA FLS中钙粘蛋白家族表达,确定CDH6是否差异表达。
使用RNAseq分析RA和OA FLS中钙粘蛋白家族表达,RT-qPCR验证CDH6 mRNA表达,Western blot检测蛋白水平。
研究CDH6启动子区域的表观遗传修饰(染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化)是否介导表达差异。
利用ATACseq和ChIPseq数据分析染色质可及性和H3K27ac等组蛋白修饰,用HDAC抑制剂ITF2357处理FLS验证组蛋白乙酰化对CDH6表达的影响。
确定RA滑膜炎环境中哪些细胞因子或生长因子调控CDH6表达。
用TNF、IL-1β、PDGF、TGFβ、IL-17A、IFNγ、IL-6刺激RA和OA FLS,检测CDH6 mRNA表达;对TGFβ进行剂量反应和时间动力学分析。
沉默CDH6以研究其在FLS细胞生长、迁移、凋亡、自噬和细胞周期中的作用。
使用siRNA转染敲低CDH6,进行MTT实验、划痕实验、流式细胞术细胞周期分析、caspase 3/7凋亡检测、Western blot检测LC3和信号通路分子(ERK/AKT)。
确定CDH6蛋白在FLS中的亚细胞分布,以提示其潜在功能。
通过免疫荧光和共聚焦显微镜观察CDH6在培养FLS中的定位,以及在RA滑膜组织中的分布(与CD68共染)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | 未明确说明 | -- | |
| RNA提取 | RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| RT-qPCR | TaqMan逆转录试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| StepOne™实时PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 基因沉默 | siRNA Smart Pool On-Target | Horizon Discovery | -- |
| 非靶向对照siRNA池 | Horizon Discovery | -- | |
| 正常人皮肤成纤维细胞核转染试剂盒 | Lonza | -- | |
| Western blot | Micro BCA™蛋白质检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 抗CDH6抗体 | Cell Signaling Technology | 48111 | |
| 抗ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗磷酸化ERK抗体(Thr202/Tyr204) | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化AKT抗体(Ser 473) | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 3868 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| Clarity ECL化学发光底物 | Biorad | -- | |
| 免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | 未明确说明 | -- |
| 吐温20 | 未明确说明 | -- | |
| 兔抗CDH6 IgG抗体 | Dr. Dressler, University of Michigan | -- | |
| 多克隆兔IgG对照 | Abcam | ab37415 | |
| 抗兔IgG Alexa Fluor 594 | Invitrogen | A-11012 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Invitrogen | D1306 | |
| Cytation 5显微镜 | 未明确说明 | -- | |
| Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| Fc受体阻断剂 | Innovex | -- | |
| 小鼠抗CD68抗体 | Santa Cruz | sc-20060 | |
| 小鼠IgG对照 | Abcam | ab170190 | |
| 抗小鼠IgG Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A-11059 | |
| 奥林巴斯VS200玻片扫描仪 | Olympus | -- | |
| 细胞生长检测 | MTT | 未明确说明 | -- |
| 迁移实验 | ECLIPSE E800显微镜 | Nikon | -- |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | 未明确说明 | -- |
| ZE5细胞分析仪 | Biorad | -- | |
| 凋亡检测 | Apo-ONE® 均相Caspase-3/7检测试剂盒 | 未明确说明 | -- |
| 细胞刺激 | 肿瘤坏死因子 | -- | -- |
| 白细胞介素-1β | -- | -- | |
| 血小板衍生生长因子 | -- | -- | |
| 转化生长因子-β | -- | -- | |
| 白细胞介素-17A | -- | -- | |
| 干扰素-γ | -- | -- | |
| 白细胞介素-6 | -- | -- | |
| 表观遗传调控 | ITF2357 | -- | -- |
| 细胞培养 | 氯喹 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | FLS传代次数(4-7代)、培养基(DMEM加L-谷氨酰胺、青霉素/链霉素、庆大霉素、10%热灭活FCS)、培养条件(37°C, 5% CO2)、血清饥饿用1% FBS 阅读提示:Methods: Synovial tissue and human FLS culture |
| CDH6表达检测 | RT-qPCR引物探针(Thermo Fisher)、内参GAPDH、细胞数量(RA n=6, OA n=6) 阅读提示:Results: CDH6 expression in RA FLS, Fig. 1B |
| 表观遗传分析 | GEO数据编号(GSE112658)、ATACseq和ChIPseq比较RA vs OA FLS、HDAC抑制剂浓度(1μM ITF2357)和处理时间(12h, 24h) 阅读提示:Methods: RNAseq, ATACseq and ChIPseq data analysis; Results: CDH6 epigenetic profile and mechanism |
| 基因沉默 | siRNA种类(CDH6 Smart Pool和对照)及浓度(1μg)、转染试剂盒(Lonza Nucleofactor)、敲低效率(>85%) 阅读提示:Methods: Gene Silencing |
| 细胞功能实验 | 细胞生长实验:细胞密度3×10^3/孔,PDGF 10ng/ml刺激4-7天;迁移实验:细胞密度1.5×10^5/孔,血清饥饿24h,PDGF 10ng/ml,划痕后0h和24h拍照;凋亡实验:细胞密度4×10^3/孔,处理3天后检测caspase 3/7;细胞周期分析:PDGF 10ng/ml处理12-48h,PI染色 阅读提示:Methods: MTT cell growth assay, Migration assay, Cell cycle analysis, Apoptosis assay; Results: CDH6 regulation of OA and RA FLS cell growth, CDH6 regulation FLS migration |
| 免疫荧光和组织染色 | 抗体浓度(抗CDH6 1:250,抗CD68 1:50)、固定条件(4% PFA 15min)、封闭(BSA 1h)、切片厚度(5μm)、成像设备(Cytation 5, Leica SP8, Olympus VS200) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence; Results: CDH6 distribution in synovial tissue |