lncRNA 概述
概念
lncRNA通常较长,具有mRNA样结构,有些具有poly(A)尾巴,有些没有poly(A)尾巴,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式,与编码基因相比,lncRNA表达量更低。
功能
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达,参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。
特点
•lncRNAs通常较长,具有mRNA样结构,经过剪接,具有polyA尾巴与启动子结构,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式。
•有组织特异性与时空特异性,不同组织之间的lncRNA表达量不同,同一组织或器官在不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化。如有人针对小鼠的1300个lncRNA进行研究,发现在脑组织中的不同部位,lncRNA具有不同的表达模式。
•调控多样性,lncRNA可从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多种层面实现对基因表达的调控。lncRNAs启动子同样可以结合转录因子,如Oct3/4,Nanog, CREB, Sp1, c-myc, Sox2与p53,局部染色质组蛋白同样具有特征性的修饰方式与结构特征。
•在肿瘤与其他疾病中有特征性的表达方式。
•序列上保守性较低,只有约12%的lncRNA可在人类之外的其它生物中找到。
•哺乳动物蛋白编码基因占总RNA的1%,长链非编码RNA占总RNA的比例可达4%-9%,这些长链非编码RNA是基因功能研究的又一座宝库。目前发现的许多lncRNA都具有保守的二级结构,一定的剪切形式以及亚细胞定位。它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置,可以分为5种:正义链(sense)、反义链(antisense)、双向(bidirectional)、内含子间(intronic)、基因间(intergenic),其所在的位置与其功能有一定的相关性。
•lncRNA的亚细胞位置上也呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布,甚至某些lncRNA具有独特的亚细胞位置,有可能是全新的亚细胞构成。
LncRNA特点
•lncRNAs通常较长,具有mRNA样结构,经过剪接,具有polyA尾巴与启动子结构,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式。
•有组织特异性与时空特异性,不同组织之间的lncRNA表达量不同,同一组织或器官在不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化。•调控多样性,lncRNA可从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多种层面实现对基因表达的调控。lncRNAs启动子同样可以结合转录因子,如Oct3/4,Nanog, CREB, Sp1, c-myc, Sox2与p53,局部染色质组蛋白同样具有特征性的修饰方式与结构特征。
•序列上保守性较低,只有约12%的lncRNA可在人类之外的其它生物中找到。
•在肿瘤与其他疾病中有特征性的表达方式。
•哺乳动物蛋白编码基因占总RNA的1%,长链非编码RNA占总RNA的比例可达4%-9%,这些长链非编码RNA是基因功能研究的又一座宝库。目前发现的许多lncRNA都具有保守的二级结构,一定的剪切形式以及亚细胞定位。它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置,可以分为5种:正义链(sense)、反义链(antisense)、双向(bidirectional)、内含子间(intronic)、基因间(intergenic),其所在的位置与其功能有一定的相关性。