华大科技 Dr. Tom 家族

2023年，华大科技推出了TomAI及代谢组+宏基因组关联分析两大重要功能，完成了上百次的系统迭代优化，交付了上千个项目；使用Dr. Tom进行数据挖掘的文章已有240+篇，比去年翻了一倍，影响因子累计1,700+。同时，我们也收到了来自全球20,000余名用户的反馈，所有的鼓励和建议都成为我们不断迭代、不断创新的动力。

 

这些闪耀的时光照亮了我们跨进2024的道路。新年已经到来，我们也会朝着成为更加强大、更符合科研用户需求的数据分析及挖掘平台这个目标去努力。

 

 

针对目前已能够使用Dr. Tom进行数据分析及挖掘的产品，科技君总结了高频使用的重要功能，方便您快速了解Dr. Tom，让数据挖掘变得更方便、更高效。

 

 

01 · TomAI ·    您科研路上的得力助手

 

Dr. Tom系统中的TomAI链接了大量的数据库，涵盖生物科学领域相关知识，并不断进行知识库的更新迭代。您可以使用TomAI获取生物学相关知识，包括生物学概念、实验设计、技术方法等，随时随地解除心中疑惑。

 

此外，多轮对话模式支持关联上下文，能够记忆并理解您的问题，从而进行连续性问答交流。TomAI的推出使Dr. Tom不仅能够对已有数据进行分析，更能从上游帮助用户开拓科研思路，获得更多新思路、新视角。

 

 

02· Bulk RNA ·  丰富的数据库注释信息

Dr. Tom整合了多种常用数据库的信息，如正版版权KEGG、GO、Pfam、UniProt、ARCHS4、TCGA等，方便客户直接在Dr. Tom中获取相应数据库的注释信息，并可在系统上通过表格筛选快速地定位到具有某种功能或某种特性的基因。

 

分析小工具助力个性化分析及数据挖掘
 

除了常规交付的内容外，大家一定经常碰到需要重新绘图的情况。

 

举个经典的例子，当组别中有一个离群样本，我们希望剔除这个样本再进行差异分析，对得到的差异基因进行KEGG富集分析，找到富集的通路。有了Dr. Tom，这些个性化需求以及后续的数据挖掘都可以通过分析小工具快速实现。

操作示图（滑动查看）

 



 

RNA间关联关系一键调出  方便进行基因表达调控分析

 

lncRNA、miRNA等非编码RNA对基因表达的调控作用是不可忽视的。Dr. Tom能够提供与关注的mRNA有靶向关系的miRNA、在位置上相近的mRNA/lncRNA/miRNA、有PPI（蛋白-蛋白相互作用）关系的基因等，并可通过网络图等工具进行可视化展示，方便您进行多组学数据分析循环挖掘。

 

 

 

支持外部数据上传分析
 

即使您没有在华大科技进行测序，Dr. Tom也支持用户上传自有基因/转录本表达量数据，填写分析方案后同样可以获得差异基因、基因注释等分析结果图表，并使用系统进行进一步的数据挖掘。
 

 

03· 单细胞RNA ·  细胞-基因信息一键转换

 

单细胞层面的RNA-Seq、细胞维度和基因维度的信息都是我们需要关注的。在Dr. Tom上，通过关联转换工具可以一键调出细胞中表达的所有基因，反之，也可以调出表达了特定基因的细胞，并对关注的基因/细胞进行后续的分析。

 

支持细胞二次聚类及注释

 

细胞的聚类及注释是个复杂的过程，往往需要寻找合适的软件及参数，并结合实际的研究背景和经验，才能得到更符合实际情况的结果。Dr. Tom配备了相应工具，支持对选定的细胞进行个性化聚类、注释，相应的软件和参数也可进行调整。

 

基因表达一键可视化，辅助细胞注释
 

由于自动化细胞类型注释高度依赖于数据库，有时会产生不符合实际情况的结果，需要客户结合具体的物种、组织类型和先验知识，最终确定细胞类型。此时，若能方便、直观地看到marker基因在哪些细胞类群中有特异性表达，可以提高分析效率。

 

您仅需在Dr. Tom细胞聚类图上输入marker基因，设置展示参数，即可快速查看基因在所有细胞中的表达情况。

 

 

04 · 全基因组甲基化 ·  

DMR区域全方位注释及深入比较分析

差异甲基化区域（DMR）的研究和注释信息是甲基化分析的重点，Dr. Tom系统在这一点上提供了非常多的信息，包括DMR的鉴定、分布统计、基因组详细位点标识、胞嘧啶类型、所在元件类型及其位置前后基因、转录本的详细注释。对于DMR区域内的基因及转录本也可以在系统表格中进行扩展和关联转换，并提供包括KEGG/GO在内超过20个数据库的详细注释。

 


 

可实现甲基化-转录组多组学关联分析

Dr. Tom系统中构建了完善的物种基因、转录本和基因组位置的详细数据库。通过自定义上传DMR及RNA的表达情况，可以实现甲基化-转录组多组学关联分析。

 

05 · 宏基因组 ·

 

云平台分析，缩短项目周期

通常项目样本较多，数据量大时，分析十分耗时。我们将宏基因组的流程搭载在云上，百余个样本仅需3天即可将所有的分析结果交付到客户手上。

 

支持填写3套分析方案

对于一个项目，用户可填写3套分析方案，一套分析方案中最多可支持8个比较组方案，并获得完整的分析报告及图表结果。

 

自定义绘图，满足期刊要求

支持图片字体、字号、颜色等参数修改，更提供满足期刊要求的配色方案供客户选择。绘制的图片提供JPG、PNG、PDF、SVG等多种格式图片的下载。
 

 

宏基因组+代谢组关联分析
 

若您同时在华大科技进行了宏基因组及代谢组分析，并购买了关联分析服务，可自行在Dr. Tom系统中进行两个组学数据的关联分析。通过简单的样本匹配及分析方案填写，即可快速得到物种、功能层面的关联分析结果。

 

06 · 蛋白质组 ·

 

提供全面分析内容，轻松发文

差异蛋白检测是蛋白质组分析中最为核心的信息。按照经典的分析逻辑，Dr. Tom提供差异蛋白统计、差异蛋白注释及差异蛋白互作网络图，帮助用户快速定位关键差异蛋白信息；辅以参数调整及多种小工具，进一步进行多组学数据挖掘。

 

实现蛋白质组-转录组多组学关联分析

 

通过自定义上传蛋白定量及RNA表达情况，并通过Dr. Tom数据库中蛋白与基因的对应关系，方便地实现蛋白组-转录组多组学关联分析。

 

07 · 代谢组 ·

完善的分析内容

Dr. Tom+代谢组提供了完善的分析内容，包含了代谢物鉴定、差异代谢物的筛选及各种形式的差异代谢物可视化。
 

 

交互式设计，支持自定义绘图

 

通过图表交互的设计，用户可一键选择所关注的代谢物，通过系统上的分析工具自行绘制聚类热图、PCA、箱线图及富集气泡图。

 

Dr. Tom系统的强大远不止以上总结的几点，感兴趣的老师可以在https://biosys.bgi.com注册账号，使用系统中的Demo数据玩转Dr. Tom，探索更丰富的功能！

 

2024年，我们仍将不断努力，期待与各位老师一起，在科研路上携手并进。如您对Dr. Tom系统有任何建议，欢迎与我们联系！