做出来的有差异表达的蛋白，又做了一批用WB的无差异？

p 0.03，这个 值很大的了，假阳性率很高，一般至少都是p＜0.05.蛋白质组学是一个非靶向的实验，并不是一个靶向实验，所以有假阳性的结果是很正常的，即使验证也是选取的P值较小的，且FC值变化较大的。

你要看这个蛋白的unique peptide的差异是多少。

如果蛋白有多个variant，蛋白质组学数据搜库时，会把所有的肽段归为含有unique peptide那个蛋白，因为打到unique peptide的那个蛋白一定存在，但是其他的peptide也可能是属于另一个蛋白的，这就干扰了蛋白的真实定量，所以蛋白质组学结果一般都需要WB的再次验证