什么方法可以获得基因的上游调控因子？

可以利用数据库查找基因的上游调控因子，比如regulation prediction分析工具可以给出答案。

你这是要往上游推， 首先通过UCSC或NCBI找到目的基因（你那转录因子的基因）的启动子区，然后用一些预测工具（如TFSearch）初步预测一下该基因的启动子区可能会结合那些转录因子（即你那转录因子基因的上游转录因子）。选择你认为你感兴趣的上游转录因子，先去PUBMED上看看目前的研究进展。如果要实验验证，就先knockdown这个上游转录因子，然后检测你那个基因（就你那个转录因子的基因）的表达，如果它的表达也发生了变化，说明二者具有调控关系，但不一定是上下游基因的关系，有可能是间接调控。如果要证明直接的上下游基因，那么用ChIP看二者有没有直接的结合；还要通过荧光素酶实验，验证转录调控作用。

先通过shRNA干扰找到转录因子基因的表达调控因子，再通过CHIP来寻找表达调控因子的基因。

要获得一个基因受上游调控的转录因子可以通过DNA pull down和生信预测方法。