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科研学霸天团,48小时有问必答
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在GEO数据库下载的数据突然不公开了?
Dr_劉医生
已经被更改为私人private状态,不是共享状态;要不你下载后自己分析依旧可以使用,或者按第三点联系owner的邮件;
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问
抗生素耐药基因的检测问题
Dr_劉医生
从你在NCBI检索的SNP结果中,按频率分布来选择一段序列,注意种属差异
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问
Y-27632可以抑制RHOA的表达吗?
bamboopiggy
Y-27632是用于rho相关蛋白激酶信号传导途径研究的抑制剂。Y-27632选择性地抑制p160ROCK,但是在较高浓度下确实会抑制其他蛋白激酶
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问
如何快速得到芯片探针与gene的对应关系,并将探针转换成基因?
申东熙老伯
芯片探针与基因的对应关系可以直接去做的公司官网下载。
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问
同一个基因会在染色体上有不同的起止位置吗?是因为转录本不同造成的吗
Eason老歌迷
一般基因编号是唯一的,如果你用一个序列对应高度相似两个基因的原因可能是基因组母体模板复制出来的两份拷贝。
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问
DNAMAN进行多序列比对的时候结果怎么看呢?
bamboopiggy
应该看序列是不是都能对应上,对应不上的位置会有黑线
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问
寻找驱动基因是应该对所有找到的突变基因进行分析吗,还是应该进行筛选
府宅
应该对驱动基因进行筛选,可基于组织学的方法、基于桑格测序的方法、基于数据处理算法的方法进行筛选。
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问
SNP的分析除了使用maftools以外还有别的软件或R包推荐的吗
府宅
可以用BEAM、AntEpiSeeker
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问
如何分析一条生物合成基因簇受否被研究过?
Eason老歌迷
你可以去pubmed或者知网上看看,有没有相关的文章,如果有就说明被人研究了。
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问
基因芯片技术的优缺点?
芷涵水花
优点1、采用了平面微细加工技术,可实现大批量生产,通过提高集成度,降低单个芯片的成本。2、结合微机械技术,可把生物样品的预处理,基因物质的提取、扩增,以及杂交后的信息检测集成为芯片实验室,制备成微型、无污染、自动化、可用于微量试样检测的高度集成的智能化基因芯片。缺点基因芯片的缺点在于其不能对待检测基因在多细胞类型组织中的精确定位进行判断,在这点上,NORTHERN也一样,而原位杂交技术可以克服此缺
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问
请问BPGA软件可以直接输出pdf格式的图吗?我的没有给出泛/核心模型预测图
dxy_d6t6rsre
请问你弄出来了吗 我也没有pdf图 只有文件
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问
🎁#话题探讨#:作为研究生,该如何处理好和导师的关系?
浪子在天涯
跟导师的关系,平常就是需要多沟通吧。可能有时候在实验上给予更多帮助的是师兄师姐们,但是真正遇到关键性问题了,比如说发文、就业等方面还得求助导师,毕竟还是导师的人脉和关系广!
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问
GTEx数据库打不开
Eason老歌迷
国外的网站有时候会打不开,你可以翻墙,虽然我不太推荐,但是为了学习和下载资源,只能挂vpn了
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问
GSEA分析数据的NES值怎么看?正负分别代表什么?
Eason老歌迷
由于ES是根据分析的数据集中的gene是否在一个功能gene set中出现来计算的,但各个功能gene set中包含的gene数目不同,且不同功能gene set与data之间的相关性也不同 较data set在不同功能gene set中的富集程度要对ES进行标准化处理,也就是NES,NES=某一功能gene set的ES/数据集所有随机组合得到的ES平均值。值为正,表示某一功能gene集富集在排
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问
WGCNA分析时,软阈值是如何选择的?
Eason老歌迷
具有生物学意义的是R2>0.8 部分会提高阈值到0.9 同时保证连通性较高,没有高于0.9的 直接用0.8的吧 取4计算看看结果好坏。
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问
筛选差异基因时发现一基因在A组表达上调,在另一组下调表达,怎么解释这种关系?
天一湖医者
正常现象,做转录组项目,最重要的就是看每个基因的表达量,根据表达量差异找出差异基因,从而研究差异基因的功能。而在作图之前最重要的就是按照特定条件找出差异基因,按需筛选差异基因:1.共有差异基因;2.共有上调基因或共有下调基因;3.一组上调,另一组下调基因。
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问
Meta分析数据处理的时候,遇到数据异质性怎么处理?
whilt-shirt
出现异质性需要对每个文献进行分析,找到异质性的原因,使其同质化
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问
生信分析和meta分析有什么不同
yanlai000
生信分析是原始数据挖掘,基于高通量大数据挖掘分析,比如差异分析、富集分析、聚类分析、蛋白互做分析、预后分析等,是基础生物科研范畴,主要数据是原始芯片、测序等的高通量数据。meta分析属于文献二次挖掘,各领域都可以做,基本思路就是把别人的文章里的数据合并整理算一下总体效应量,其属于文献挖掘,举个例子:A研究了100人发现西瓜好吃,B研究了50人的结论却相反“不好吃”,C研究80人发现“不确定”,D说
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问
BPGA泛基因组分析
bamboopiggy
对,是你的软件安装有问题,估计是版本和你的电脑不match
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问
基因芯片检测是如何实现高通量的?
xuchanglu88
这个是通过一个芯片设计很多个基因的探针实现的。而现在提到高通量,一般是通过二代测序技术实验的,基因芯片技术也逐渐被二代测序替代。
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