• 我要登录|
  • 免费注册
    |
  • 我的丁香通
    • 企业机构:
    • 成为企业机构
    • 个人用户:
    • 个人中心
  • 移动端
    移动端
丁香通 logo丁香实验_LOGO
搜实验

    大家都在搜

      大家都在搜

        0 人通过求购买到了急需的产品
        免费发布求购
        发布求购

        转录组分析

        相关实验:转录调节蛋白与 DNA 的结合分析实验

        user-title

        小庄要勇敢

        转录组测序得到的数据,如果想要获取上调前20%的基因,应该怎么设置条件呢?可以用Log2FoldChange这个指标吗?例如:共有100个上调基因,对这些基因根据Log2FoldChange从大到小进行排序,然后取前10个吗?

        wx-share
        分享

        4 个回答

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        如果你想要获取上调前20%的基因,你可以根据Log2FoldChange从大到小进行排序,然后取前20%的基因。例如:共有100个上调基因,对这些基因根据Log2FoldChange从大到小进行排序,然后取前20个基因。

        但是,仅仅根据Log2FoldChange来筛选差异表达基因可能不够准确,还需要考虑FDR(错误发现率)这个指标。FDR是通过对p值进行校正得到的,反映了差异表达分析中假阳性的概率。一般认为FDR小于0.01或者0.05的基因是显著差异表达基因。

        所以,如果你想要获取上调前20%且显著差异表达的基因,你可以先根据FDR筛选出显著差异表达基因(例如FDR<0.05),然后再根据Log2FoldChange从大到小进行排序,并取前20%的基因。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        可以用Log2FoldChange这个指标进行排序

        user-title

        huarenqiang5

        有帮助

        可以用Log2FoldChange这个指标。

        user-title

        juyue2010

        有帮助

        首先需要p<0.05,再设置 变化倍数大于2倍,排序

        ad image
        提问
        扫一扫
        丁香实验小程序二维码
        实验小助手
        丁香实验公众号二维码
        扫码领资料
        反馈
        TOP
        打开小程序