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        寻找多个序列的直系同源序列,如何精准查确?

        相关实验:cDNA 法推断蛋白质的一级结构实验

        user-title

        哇哈哈哈321

        我有100个长度不一样的碱基序列和其对应的氨基酸序列。我怎么分析每一个序列的直系同源序列,怎么找到,怎么确定,是用NCBI进行BLAST比对?还是别的数据库和工具?这些天很着急,不是生物信息专业的,希望有人能帮我解答。。。

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        4 个回答

        user-title

        Eason老歌迷

        有帮助

        同源序列的查找,顾名思义就是我们要找的是和这个序列相似的序列,比如拟南芥,我们找到这个植物的一个序列,那就是把一个数据库当作比对的参照物,把这个一个拟南芥的序列与这个数据库进行比较,查看那些物种的序列和这个序列相似,这个是线上的方法,我们直接利用ncbi中的官网的方法比较blast。

        user-title

        府宅

        有帮助

        首先登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,NCBI首页。点击首页下端BLAST,进入blast界面。BLAST界面提供blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等选项。已知蛋白序列,查找某菌种对应的同源基因信息,点击tblastn。点击进入后,复制蛋白序列到序列框,或者“选择文件”。选择Organism。完成上述信息后,点击blast。若有多个蛋白序列需要blast,建议勾选blast按钮旁边的“新窗口显示Show results in a new window”

        user-title

        dxy_gwrp7ndq

        有帮助

        OrthoFinder序列的直系同源序列

        user-title

        天一湖医者

        有帮助

        打开NCBI

        百度搜索键入“NCBI”,点击“搜索”,第一个就是官方主页,点击打开。

        关键字查找

        以H9亚型流感病毒HA基因下载为例,说明详细过程。

        既然要下载基因序列,需要在栏目内找到“Nucleotide”,搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”,点击“search”。

        添加限定词

        点击搜索后,我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列,如果其中的一个符合你的要求,就可以下载。如何不符合你的要求,可以继续在搜索条内添加限定,比如添加“2010”,即2010年分离到的病毒。

        序列选定

        找到目标基因序列后,我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例,点击序列前面的“小方格”,将其选定。

        下载序列

        选定后,点击页面右上角的“Send to”,选择“file”,再将format选择为“FASTA”格式,点击“Create file”,将序列下载到自定的文件夹内。

        用DNAStar打开

        下载的序列为FASTA格式,需要使用相关的软件打开,

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