一个质谱结果想请教大家如何分析

这结果应该是PD sequest search result。我们从来不用score。都是PSM vaule. 你的结果是IP 那应该和negative control 比。但是你要注意low psm 不代表这个就是 false positive. 因为这个ＰＳＭ 和蛋白长度也相关所以低PSM 不见的就不好。IP 的结果一般你的bait 会有最高的PSM 有时候也会是heatshock 或者 ribosome ，keratin 什么的最高这恰恰就是细胞里最abundance 的蛋白 所以更证明高数值bu yi ding 就是高hits. 还是更多的从你的蛋白功能来考量。尤其是你就一两个样 基本就是 cherry picking。