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科研学霸天团，48小时有问必答

问CTAB法提取RNA

土井挞克树

CTAB提RNA步骤：1.取1.5ml的离心管加入1ml预热的CTAB缓冲液(亚精胺)(65度),加20ul(β-巯基乙醇)。2.取材料研磨加入1.5ml的离心管中65度,10min(15min)加热,期间多次震动,摇匀。3.取上清至另一1.5ml加入等体积氯仿异戊醇(24:1)振荡摇匀,4度,12000rpm,10min离心,取上清至另一1.5ml的离心管中。4.重复一次。取上清至1.5ml的离

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问求问，这个真菌污染是哪种菌呢，感染源都可能是哪里

loveliufudan

这种症状与真菌感染相符，但不能确定是哪一种真菌。真菌感染通常会导致培养基浑浊、pH变化，细胞表现出明显的异常现象，例如细胞形态异常、生长迟缓、凋亡等等。因此，建议你进行真菌检测以明确是否为真菌感染，并采取相应的措施。常用的真菌检测方法包括PCR、荧光染色和培养等。另外，建议你对细胞房进行全面的清洁和消毒，确保细胞环境的卫生和安全。

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问请问一下这样的RNA还有救吗？

dxy_mqg1dtg8

不能用了吧，出现双峰说明RNA已经被污染了，而且A260/A280正常应该在2.0左右，你这个太小了，A260/A230应该在1.8-2.2之间，你这个也太小了。

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问RNA pull-down做WB结果不稳定

sswei

可能样品中的互作蛋白表达量很低或样品中存在杂蛋白。

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问细胞体内倍增时间跟体外倍增时间的换算

土井挞克树

可以用公式（DT=undefined[lg2/(lgNt-lgNo)]）计算。t为培养时间，No为首次记下的细胞数，Nt为t时间后的细胞数。一般No在接种细胞24小时后进行。体内与体外的细胞增殖曲线不同，得到的数据不同，需要分别计算后进行比较

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问trizol法提视网膜RNA，超声破碎仪破碎的，最终没有沉淀，浓度很低很低，求问到底是为什么？？？

loveliufudan

可能有几个原因导致您使用 Trizol 法提取视网膜 RNA 没有得到高浓度的沉淀：样品量太少：视网膜是一个很小的组织，可能需要更多的样品来得到足够的 RNA。您可以尝试使用更多的视网膜组织来提取 RNA。超声破碎不充分：超声破碎仪需要将样品完全破碎，以释放细胞内的 RNA。您可以尝试增加超声破碎的时间或使用更高功率的仪器。酚/氯仿提取不充分：在使用 Trizol 提取 RNA 时，关键的步骤是酚

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问如何寻找前体RNA的序列

loveliufudan

要查找一个基因的前体RNA序列，可以使用一些公共数据库或基因组浏览器来获取。以下是一些可供参考的数据库和工具：NCBI：通过NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）可以查找已知基因的前体RNA序列。在该网站上，可以通过输入基因名称或NCBI基因ID来查找所需的信息。UCSC Genome Browser：UCSC基因组浏览器（https://genome.ucsc

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问RNA提取试剂盒提取FLS细胞RNA浓度好低啊…

loveliufudan

RNA浓度仅50ng/ml是比较低的，可能是提取过程中出现了一些问题，例如细胞裂解不彻底、RNA沉淀不完整等等。如果使用RNA提取试剂盒时出现这种情况，可以尝试以下方法：细胞裂解：使用更彻底的方法裂解细胞，例如用高压细胞破碎器或液氮快速冻存再破碎等。提取过程中注意力度：注意所有步骤的细节，尤其是沉淀时离心时间和转速，可以增加离心时间或者提高离心转速，使得沉淀更完整。使用其他方法：如果使用RNA提取

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问rpm换算

sswei

在3cm的旋转半径下,每300xg的离心力的速度约为2990rpm。每分钟转数（RPM）和相对离心力（xg）之间的关系为：g=（1.118×10-5）RS2，其中g是相对离心力R是转子半径，单位为厘米，S是离心机每分钟的转速.

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问求石蜡切片提取RNA的方法

土井挞克树

石蜡切片提取rna步骤：1. 请自行准备：无水乙醇、生理盐水、二甲苯及无RNA酶1.5mL离心管。2. 取出析出液和洗涤液，按以下操作：a) 析出液：4.5mL加入25.5mL无水乙醇，混匀；9mL加入51mL无水乙醇，混匀。b) 洗涤液：9mL加入21mL无水乙醇，混匀；18mL加入42mL无水乙醇，混匀。c) 配制好的析出液及洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3. 样本处理：a)

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问AAV诱导microRNA高表达检测不到差异表达

loveliufudan

可能的原因如下：AAV转染的效率不高，导致microRNA的表达量不足以被检测到。可以尝试使用更高效的转染方法或者使用更高的病毒滴度来提高转染效率。microRNA前体的转录效率低，导致microRNA的表达量不足以被检测到。可以尝试使用更强的启动子来提高转录效率。检测microRNA的方法可能不够灵敏。可以尝试使用更灵敏的检测方法，如qRT-PCR或RNA测序等。microRNA可能被降解了，或

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问小干扰被紫外灯照射了10分钟

土井挞克树

可以用，赶紧远离紫外灯但不排除小部分变性

4 回答860 围观

问求助｜mimic和inhibitor瞬时转染miRNA，观察靶基因表达情况

土井挞克树

先排除inhibitor组是否存在降解，这个实验特别容易造成基因降解，出现干扰结果

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问求助怎么筛选差异表达miRNA

Dr_劉医生

miRNA 差异表达分析的筛选方法有很多，以下是一些常见的方法：在 GEO 数据库上搜索相关的 miRNA 和 mRNA 数据，然后下载整理进行差异分析。对差异的 miRNA 进行 GO、KEGG 富集分析，对差异基因进行 PPI 分析并筛选出重要的子网络，同时也对差异基因进行 GO、KEGG 富集分析。对差异 miRNA 的靶基因进行预测，构建 miRNA-靶基因-转录因子调控网络，通过网络确定

3 回答1096 围观

问在GPP网站设计shRNA，序列第一个不是G要自己添加么，另外后面如果选三个，推荐的不是同一个载体，我可以用同一个么

Dr_劉医生

一般不建议用同一载体，shRNAdesign指南里面有介绍用differentsequence

3 回答694 围观

问RNA提取沉淀多，但是浓度低，为什么？

balalaLy

乙醇挥发不干净，Rna溶解不完全

5 回答3163 围观

问石蜡切片提取RNA的方法，有没有人做过呢？求

sswei

操作步骤：1. 准备：无水乙醇、生理盐水、二甲苯及无RNA酶1.5mL离心管。2. 取出析出液和洗涤液，按以下操作：a) 析出液：4.5mL加25.5mL无水乙醇，混匀；9mL加51mL无水乙醇，混匀。b) 洗涤液：9mL加21mL无水乙醇，混匀；18mL加42mL无水乙醇，混匀。c) 配制好的析出液及洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3. 样本处理：a) 取5-8 μm 厚石蜡切片5

3 回答320 围观

问为什么在设计shRNA的时候，要在前面加G，看到好多都是确保RNA聚合酶转录，到底是怎么发生的呢

土井挞克树

因为G的稳定性最好，有利于转录，而其他碱基的稳定性差

3 回答1451 围观

问小组织从-80拿出来没放到液氮，多久rna会降解，1-2min会不会都降解完

balalaLy

1，2min不至于，有些组织需要研磨或者超声的起码都要半个小时以上的也没那么快降解

4 回答3931 围观

问人源对应的与大鼠环状RNA怎么找

loveliufudan

要找到人和大鼠之间的cirRNA的同源性，可以采用比对序列的方法。首先需要获取人和大鼠的cirRNA序列，可以通过NCBI等数据库查询得到。然后，可以使用基因组比对软件（如BLAST，Bowtie等）将人的cirRNA序列比对到大鼠基因组上，找到大鼠中与之相似的cirRNA序列。此外，还可以通过RNA序列比对软件（如STAR，HISAT2等）比对转录组数据，找到人和大鼠中差异表达的cirRNA序列

2 回答1474 围观

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