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最左边最上边那个是2000的marker,我的基因是3400的,应该在2000偏上一点的位置,横向过去没有对应,退火温度是55°。98°十秒,55°十秒,72°二十秒,三十个循环。五十微升体系,mix25微升,水18微升,引物各2微升,模板3微升。尝试过更改模板的量,只有3微升能有微弱条带
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(1)PCR需要预变性,(变性,退火,延伸)x35,终延伸,保存。一共六个步骤。分别是98℃-30sec,(98℃-10sec,退火温度℃-15sec,72℃-延伸时间sec)x35,72℃-2min,12℃-∞(有的会用4℃-∞,看你们实验室PCR仪的习惯)。
(2)我用的是Q5酶,延伸时间一般1kb/30sec,你的基因全长3400bp,用的酶有说明书吗?没有的话可以在网上输入酶的名称,查到对应的说明书。一般来说延伸时间设置20sec感觉有点短(?)
(3)还有就是单看条带的话,感觉像是降解了。电压多少啊?太高的话也会导致条带降解。一般100-120v,低一点的电压80v,跑出来的条带可能会好看一些,就是时间会久。
(4)以及模板质量,你用的是之前提的质粒或者胶回收产物作为模板吗?有可能时间长了,模板降解了。可以试着重新提一下质粒作为模板。
(5)如果有条件,还是换用量程比较合适的marker,这样跑出来的图也能用于汇报。
建议你先确定一下延伸时间比较好。