• 我要登录|
  • 免费注册
    |
  • 我的丁香通
    • 企业机构:
    • 成为企业机构
    • 个人用户:
    • 个人中心
  • 移动端
    移动端
丁香通 logo丁香实验_LOGO
搜实验

    大家都在搜

      大家都在搜

        0 人通过求购买到了急需的产品
        免费发布求购
        发布求购

        在做分子对接,为什么xyz轴的数据都是0

        相关实验:分子标记— AFLP 原理和操作步骤

        user-title

        莘莘学子21

        receptor = 1ALU.pdbqt

        ligand = MOL005500Linolenic acid.pdbqt

        center_x = 0.0

        center_y = 0.0

        center_z = 0.0

        size_x = 15.0

        size_y = 15.0

        size_z = 15.0

        out = MOL005500Linolenic acid_out.pdbqt

        wx-share
        分享

        3 个回答

        user-title

        晓雨知春来

        有帮助

        很大可能是使用的软件出错,建议重启软件。

        user-title

        huarenqiang5

        有帮助

        考虑以下几点原因:

        1.软件出错,建议重装软件试试。

        2.考虑光栅尺失去连接或接口松了或控制器出错/坏了等。

        3.读数头偏位等。

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        几点建议:

        1. 使用AutoDock工具或其他软件先观察receptor蛋白和ligand的大概结合位点和方向,估计合适的中心坐标。

        2. 设置一个较小的搜索空间box,例如先用10×10×10或20×20×20安士,之后再扩大。

        3. 确保加载的pdb文件格式正确,没有残留奇怪字符。使用pdbqt格式。

        4. 仔细检查参数设置,例如消旋电荷(charges)、自由度(torsions)等。

        5. 首先进行理想化的小分子对接,验证程序安装和参数设置无误后,再进行实际的复杂对接。

        6. 多做些“ide test run"来寻找最佳参数,有利于得到较好结果。

        7. 确保AutoGrid的map文件准备好,box尺寸要与docking对应。


        ad image
        提问
        扫一扫
        丁香实验小程序二维码
        实验小助手
        丁香实验公众号二维码
        扫码领资料
        反馈
        TOP
        打开小程序