DNA琼脂糖凝胶电泳关于上样的问题
wangshaoyuan
各位大侠：
我是第一次做琼脂糖凝胶电泳，实验室也没有师兄师姐做过，所以菜鸟一个，问两个问题，其他的问题我都查到了，这有这两个最简单的，但我实在是想不出，求指教！
1 在配制琼脂糖凝胶的时候，有大胶和小胶之分，比如网上说大胶配制时大概70ml，小胶50ml,买的凝胶托盘三种规格，分别是6undefined60，6undefined120，12undefined120。这里大胶是指12undefined120，小胶是指6undefined120吗？还有我怎么知道什么时候用大胶，什么时候用小胶呢？我的目标条带是80到150bp之间的~
2 DNA的浓度不能太大也不可太小，我是做的QPCR，用琼脂糖凝胶电泳进行产物验证，当时是加了1ugRNA进行反转录，我需要将PCR后得到的DNA进行稀释么，还是直接加入loading buffer就可以了呢，还有弱弱问下 大家上样量都是多少微升？
3 我从网上查到了5undefinedTAE的配制方法，有两种说法，一是将EDTA2NA先配制为0.5mol/L的储备液，最后加入100毫升，二是说直接加入37.2g的EDTA2NA，这两种方法经过换算不一致啊，第一种是加了18.6g，第二种是37.2g，是我哪里弄错了么？
4 个回答
mpark
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For DNA with size less than 150 bp, try to run native PAGE, DNA over 200 bp, try to run 2% agarose gel (60V for 30 minutes). If you want to run 4% agarose, try to use low melting temperature agarose instead of regular one.
wangshaoyuan
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我试了2%的胶，100v, 1h, marker分的不好，我看说明书上面，他是用的4%的胶，分开的比较好，所以我也使用了4%的琼脂糖凝胶，100v,1.5h，marker 分的比较好了~请教一下，什么时候用聚丙烯胺凝胶电泳，什么时候用琼脂糖凝胶电泳，分别的适用条件是什么呢？
wangshaoyuan
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好的，多谢楼上的朋友，问题已经解决。
1 虽然一般都是用6undefined60，但是我的PCR产物在80—150bp之间，买的thermo的marker，在100v,1h的时候marker已经跑到了60mm的胶底部，但是此时还没有很好的分开，所以我选用了6undefined120胶进行。
3 现在还是不明白到底两种方法为什么不同，但是还是按照0.5mol/L计算的，配制100毫升，称取EDTA2NA 0.undefined0.undefined373.24=18.662 g
mpark
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For your question 1), use 60 x 60 gel tray for most application, for Southern blot, genomic DNA digestion, mapping, or Northern blot, use 120 x 120 gel tray.
For your question 2) you don't need to make dilution of PCR reactions, take one third or a quarter of PCR reactions, mix with loading buffer to load the sample to each 20-25 ul well on the gel.
For your question 3), you need to figure out what is wrong with your calculation. To make 50 X TAE, you need to add 100 ml of 0.5 M EDTA stock.
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