双酶切鉴定实验有目的条带，但是底部也出现非特异性条带。

可能是出现了非特异性酶切。你确认一下有没有下列情况发生：1.限制性内切酶在你使用的buffer体系中存在非特异性酶切的情况。2.酶切时间过长，我试过最长切过8小时，有一些内切酶会出现这种情况了。3.配的酶切体系当中，酶的体积超过了总体积的10%，过量的甘油会影响。4.酶切温度不对，不是所有的酶都是在37℃下工作，同样，检查一下你的水浴锅的显示温度和实际温度是否一致。

没看到图，只能靠猜，是不是你们切的时间长了，有非特异性的碎片产生，或者是你们的酶被污染了？