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PCR技术(十):PCR产物克隆方法

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放射性同位素标记的DNA序列测定分析

测定DNA 的核苷酸序列是分析基因结构与功能关系的前提。从小片段重叠法到加减法、双脱氧链终止法、化学降解法、自动测序,DNA 测序技术发展很快。目前在实验室手工测序常用Sanger双脱氧链终止法。Sanger法就是使用DNA 聚合酶和双脱氧链终止物测定DNA 核苷酸序列的方法。它要求使用一种单链的DNA 模板或经变性的双链DNA 模板和一种恰当的DNA 合成引物。其基本原理是DNA 聚合酶利用单链的DNA 模板,合成出准确互补链,在合成时,某种dNTP换成了ddNTP,这时,DNA 聚合酶利用2’,3’-双脱氧核苷三磷酸作底物,使之掺入到寡核苷酸链的3’末端,导致3’末端无3'-OH,从而终止DNA 链的生长,双脱氧核苷酸的种类不同,掺入的位置不同就造成了在不同的专一位置终止的长度不同的互补链。通过掺入放射性核苷酸和聚丙烯酰胺凝胶电泳,即可读出模板DNA 的互补链序列。 一、 试剂准备 1.硅化液:四氯化碳250ml,二氯二甲基硅烷25ml。 2.6%变性PAGE胶的配制:丙烯酰胺 28.5g,N,N’-亚甲基双丙烯酰胺1.5g,10×TBE 50ml,尿素210g,加ddH2O至50

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大肠杆菌感受态细胞的制备和转化

在自然条件下,很多质粒都可通过细菌接合作用转移到新的宿主内,但在人工构建的质粒载体中,一般缺乏此种转移所必需的mob基因,因此不能自行完成从一个细胞到另一个细胞的接合转移。如需将质粒载体转移进受体细菌,需诱导受体细菌产生一种短暂的感受态以摄取外源DNA。

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质粒提取简介及问题分析

一、导论 质粒提取的原理:转自复旦大学一位老师的帖子,后面是方法介绍 碱裂解法从大肠杆菌制备质粒,是从事分子生物学研究的实验室每天都要用的常规技术。可是我收研究生十几年了,几乎毫无例外的是我那些给人感觉什么都知道的优秀学生却对碱法质粒抽提的原理知之甚少。追其原因,我想大概是因为《分子克隆》里面只讲实验操作步骤,而没有对原理进行详细的论述。这是导致我的学生误入歧途的主要原因。后来我发现其实是整个中 ...

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DNA酶切及凝胶电泳

第一节 概 述 一. DNA的限制性内切酶酶切分析 限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附近的特异位点上,并切割双链DNA。它可分为三类:Ⅰ类和Ⅲ类酶在同一蛋白质分子中兼有切割和修饰(甲基化)作用且依赖于ATP的存在。Ⅰ类酶结合于识别位点并随机的切割识别位点不远处的DNA,而Ⅲ类酶在识别位点上切割DNA分子,然后从底物上解离。Ⅱ类由两种酶组成: 一种为限制性 ...

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RFLP和RAPD技术

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琼脂糖凝胶电泳片断回收的常用方法

琼脂糖凝胶电泳片断回收的常用方法20世纪70年代是一个奠定现代分子生物学的时代,1973年冷泉港实验室的Joseph Sambrook和Phillip Sharp发明了利用琼脂糖凝胶分离DNA 和EB染料观测DNA 相结合的技术。现在,琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳是分离、鉴定和纯化核酸和蛋白质片断的标准方法。这里首先介绍的是琼脂糖凝胶电泳片断回收的常用方法:1.柱回收试剂盒:可谓目前最简单快速的回收方法,只需要将电泳凝胶中 ...

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PCR产物的克隆

PCR产物克隆大致分为两类,即平头连接和粘头连接。 平头连接是将制备好的平头载体和补平或削平的PCR 产物直接进行连接。载体可用EcoR V或Sma I切成平头;PCR 产物纯化后,可以在22℃用DNA聚合酶I作用30min(利用该酶所具有的3’→5’外切酶活性和5’→3’的聚合酶活性)。如果要求不高,PCR 产物也可不加处理。如 ...

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人用单克隆抗体质量控制技术指导原则

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克隆心得—帮助新手快速做出克隆

本方法的核心部分是医科院基础所的生化脂蛋白组的吴刚老师所创,我在其基础上进行了一些改动,主要是DNA回收上采取了更简单的方法。(本方法最适用于双酶切制作片断并进行克隆 的情况。对于分步酶切制作片断,也可以使用本方法,但需要加倍起始酶切DNA的量。) 一、片断平移的克隆 (也适用于多片断连接) 简介:将用作载体的质粒A(制作大片断)酶切3μL ,要切出小片断的质粒B酶切7μL;琼脂糖 ...

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高效感受态细胞制作

关于大肠杆菌的感受态制备及转化的方法很多,最复杂的莫过于电转化,而最简单的则是将 LB 平板上的菌落直接挑入装有缓冲液的 EP 管冰箱即开始转化。对于做克隆工作的人而言,高而稳定的感受态可减轻不少麻烦。

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克隆中载体的处理和去磷酸化

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克隆/建库/表达专用超级高效感受态细胞

国外的同学说一般他们克隆都是直接购买感受态细胞 转化,实验效率很高的。我总是以为如果是一般的克隆实验,自己做感受态好像够用了--如果是建库,购买现成的感受态细胞 就是非常必要的首选,因为转化效率确实比实际手工制备的高2-3个数量级以上,特别是建库,能实实在在地提高实验的效率。实际上,除了建库以外,Stratagene为更好的表达蛋白、以及转化效率较低的巨无霸质粒,而特别优化了一些感受态细胞 ,做表达的人其实可以参考一下,有点用处的。在这里借用Merck公司提供的资料供大家参考。

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优化基因表达的关键因素

在基因表达研究中,研究者比较注意选择合适的表达载体和宿主系统,而往往忽视基因本身是否与载体和宿主系统为最佳匹配这样一个实质性问题。基因的最佳化表达可以通过对基因的重新设计和合成来实现,如消除稀有密码子而利用最佳化密码子,二级结构最小化,调整GC含量等。以下就密码子最佳化、翻译终止效率和真核细胞中异源蛋白表达的问题加以说明。 密码子最佳化(codon optimization) 遗传密码有64种, ...

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Pyrosequencing 原理概述

Pyrosequencing是对短到中等长度的DNA序列样品进行高通量的、精确和重复性好的分析的技术。 第一步 ――测序引物和PCR扩增的、单链的DNA模板杂交,与酶―DNA聚合酶(DNA polymerase)、ATP硫酸化酶(ATP sulfurylase)、荧光素酶(luciferase)、三磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)―和底物―adenosine 5´ phosphosu ...

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酶切反应(Setting Up a Restriction Endonuclease Reaction)

一、 建立一个标准的酶切反应目前大多数研究者遵循一条规则,即10个单位的内切酶可以切割1μg不同来源和纯度的DNA。通常,一个50μl的反应体系中,1μl的酶在1X NEBuffer终浓度及相应温度条件下反应1小时即可降解1μg已纯化好的DNA。如果加入更多的酶,则可相应缩短反应时间;如果减少酶的用量,对许多酶来说,相应延长反应时间(不超过16小时)也可完全反应。二、 选择正确的酶不言而喻,选择的酶在底物DNA上必须至少有 ...

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Genomic DNA Labeling Protocol

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全基因组的比较基因组杂交技术介绍(Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGH)

Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome and your sample genome. NimbleGen offers two high-d ...

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未知侧翼序列扩增-DNA Walking步移法

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Yeast boiling DNA miniprep

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