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Intracellular Cytokine Staining Protocol

A modification of the basic immunofluorescence staining and flow cytometric analysis protocol can be used for the simultaneous analysis of surface molecules and intracellular cytokines at single-cell ...

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RNA purification --- Trizol

1. Snap freeze ~107 cells or ~100 mg of tissue in liquid nitrogen or dry ice/ethanol. 2. Transfer the frozen sample to a mortar and pestle and grind to a fine powder. Or use a hand-held tissue grinder ...

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In vitro transcription with yeast nuclear extract

In vitro transcription with yeast nuclear extract Steve Hahn Last Modified Fri Apr 25 2003 Wear gloves throughout use RNAse free solutions (either autoclaved or sterile filtered) and clean bench and ...

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siRNA Design

siRNA Design RNAi target selection rules : Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG). Search for sequence motif AA ...

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细菌RNA的提取--ISOLATION OF RNA FROM BACTEROIDS

alimama_pid="mm_10043573_137377_1822161"; alimama_titlecolor="FF9900"; alimama_descolor ="552c55"; alimama_bgcolor="f7f7f7"; alimama_bor ...

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RNAi原理FLASH演示

000" height="300" width="500" classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" How does RNAi work? Genetic and biochemical data indicate a possible two-step mechanism for RNA i ...

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RNA purification using TRizol--TRIZOL法提取RNA

Reagents and Equipments TRIzol Reagent (Life Technologies cat# 15596-026) or TRI reagent (Sigma cat # T-9424) DEPC (RNase free) water or 0.5% SDS solution in DEPC treated water Chloroform (Fishe ...

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RNA相关名词

1.RNAi: 近年来的研究表明一些小的双链RNA可以高效、特异的阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,称为RNA干扰(RNA interference,RNAi,也译作RNA干预或者干涉)。它也是体内抵御外在感染的一种重要保护机制。 2.siRNA: siRNA(small interfering RNAs)是一种短片断双链RNA分子,能够以同 ...

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micro RNA(miRNA)

RNA一度被认为仅仅是DNA和蛋白质之间的“过渡”,但越来越多的证据清楚的表明,RNA在生命的进程中扮演的角色远比RNA我们早前设想的更为重要。RNA干扰(RNA interference)的发现使得人们对RNA调控基因表达的功能有了全新的认识,更因为可以简化替代基因敲除而成为研究基因功能的有力工具,因此格外引人注意,在2002年度Science评选的10大科 ...

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siRNA的转染方法

将制备好的siRNA,siRNA表达载体或表达框架转导至真核细胞 中的方法主要有以下几种: 1.磷酸钙共沉淀 将氯化钙,RNA(或DNA )和磷酸缓冲液混合,沉淀形成包含DNA 且极小的不溶的磷酸钙颗粒。磷酸钙-DNA 复合物粘附到细胞 膜并通过胞饮进入目的细胞 的细胞 质。沉淀物的大小和质量对于磷酸钙转染的成功至关重要。在实验中使用的每种试剂都必须小心校准,保证质量,因为甚至偏离最优条件十分之 ...

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siRNA和RNAi概述

1 前言 RNA 是生物体内最重要的物质基础之一,它与 DNA 和蛋白质一起构成生命的框架。但长久以来, RNA 分子一直被认为是小角色。它从 DNA 那儿获得自己的顺序,然后将遗传信息转化成蛋白质。然而,一系列发现表明――这些小分子 RNA 事实上操纵着许多细胞功能。它可通过互补序列的结合反作用于 DNA ,从而关闭或调节基因的表达。甚至某些小分子 RNA 可以通过指导基因的开关来调 ...

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siRNA Oligo设计原则

1. 希望软件可以在 web 上使用。 即用户可以访问我们的网站, 输入基因代码, 即可自行在网上设计 siRNA Oligo 。 2. 可参照的软件形式: 见如下网站: www.dharmacon.com www.ambion.com www.qiagen.com 3. 希望能就每一个所指定的基因找到至少四对以上可合成的双 ...

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仅扩增全长cDNA末端的高级RACE方法

为了获得全长的cDNA 5’及3’末端序列,许多研究人员使用了称之为cDNA末端快速扩增,或RACE的方法。传统的RACE方法得到的PCR产物含有全长及断裂的cDNA产物。GeneRacer™试剂盒确保您只得到含有全长cDNA末端的完整序列,是您得到更高效的结果并节省您的时间 GeneRacer™的优点 确定一个基因的全长序列对于研究异源转录起 ...

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RNAi实验原理与方法选择

近年来的研究表明,将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞,可以使mRNA发生特异性的降解,导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing PTGS)被称为RNA干扰(RNAi)。 一、RNAi的分子机制 通过生化和遗传学研究表明,RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation a ...

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siRNA的制备方法介绍

体外制备 1.化学合成 许多国外公司都可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。主要的缺点包括价格高,定制周期长,特别是有特殊需求的。由于价格比其他方法高,为一个基因合成3―4对siRNAs 的成本就更高了,比较常见的做法是用其他方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。 最适用于:已经找到最有效的siRNA的情况下,需要大量siRNA进行研究 不适用于:筛选siRNA等长时间的研究,主要原因 ...

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RNAi off-target 效应

1.相似性序列发生Cross-react引起脱靶效应。 2.监测手段:对脱靶效应的监测一般通过基因芯片来监测。Gene expression profiling对脱靶效应。 3.脱靶效应的特性: 转录物表达模式有序列特异性和靶特异性两种。 4.大部分脱靶效应具有siRNA序列特异性。 低浓度也可能产生脱靶效应,不仅仅是高浓度能产生脱靶效应的假象。 脱靶效应在蛋白和mRNA水平同时考虑进行分析,要缜 ...

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siRNAs的制备方法

越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA(small interfering RNAs,siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子,能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA,这个过程就是RNA干扰途径(RNA interference pathway)。RNAi的应用包括功能基因组学,药物靶筛选,细胞信号传导通路分析等等。 目前为止较为常用的5 ...

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RNAi在哺乳动物中的应用

RNA干扰(RNAi)是由双链RNA(doublestrandsRNA,dsRNA)引起的,广泛存在于动物植物中的序列特异性转录后基因沉默过程,是生物体在进化过程中,抵御病毒感染及由于重复序列和突变引起基因组不稳定性的保护机制。Elbashir等发现,一种称为短干扰或小干扰RNA(smallinterferingRNA,siRNA)的RNA干扰中间体,能在果蝇中导致mRNA的降解。这种iRNA为2 ...

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siRNA对照分析

A.普通阴性对照 1.siRNA实验应该有阴性对照; 2.通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照; 3.Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成,但是和mRNA没有明显的同源性; 4.阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。 B.荧光标记阴性对照 1. RNAi negative control与哺乳动物基因无同源 ...

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哺乳动物细胞的RNAi技术策略

目前RNAi技术已经进入了生物科学研究的许多领域,成为了一种主要的生物学研究工具,发展得相当迅速,并受到了此次诺贝尔奖评审委员会的青睐,获得2006年诺贝尔奖医学/生理奖。然而这一才历经十个年头的技术依然对于许多研究人员来说还是很陌生的,以下是有关 i技术在哺乳动物细胞中应用的具体设计策略,主要来自于《遗传》杂志2005年“ 干涉(i)技术应用于哺乳动物细胞的研究策略”,希 ...

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