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肿瘤转化研究杂志TCR“DNA断裂与修复”翻译工作全面启动目前，TCR杂志“DNA断裂与修复”特刊翻译人员招募工作已顺利完成，自在丁香园发帖招募翻译人员后，深受广大战友们的欢迎，大家踊跃报名，共有近20位报名人员。经组织专家讨论，确认由南京大学医学院附属鼓楼医院顾劲扬担任本特刊的主译。一叮等10位站友担任译者（见表1），其他报名人员拟按排TCR杂志其他特刊的翻译工作，感谢大家的积极参与！现将具体任务安排公布于下。表 ...

最近我正准备构建真核表达载体，涉及到在引物上添加酶切位点的问题，在园子里搜罗了好久，我把部分比较好的帖子整理了一下，欢迎大家补充或参与讨论（请求加分）。一，关于带酶切位点引物的设计和选择,希望以下的建议能对你有所帮助:1.要构建一个包含外源基因片段的质粒载体,所以在选择酶切上必须根据两方面共同选择:质粒多克隆位点区域包含的酶切位点以及您需要的外源性DNA片段上的酶切位点.在设计引物的时候,你所加上去的酶切位点必 ...

最近开始自己包装慢病毒shRNA，用的是之前组里师姐的protocol，基本上是基于TRONOLAB的protocol。之前师姐包装的病毒，效率很高，基本上能KD八成到九成。最近我自己包装了两次，浓缩后根据之前师姐包装的病毒用量感染肝癌细胞，细胞生长速度明显延缓，形态改变也跟之前的相似。但是做western却只能看到很marginal的蛋白水平降低，在有的细胞株甚至完全看不到KD。我用GFP质粒转染HEK29 ...

大肠杆菌的基因型野生的大肠杆菌具有大约4,700 kbp的DNA分子，上面有约2,800个基因。当这些基因中有突然变异发生时，基因产物随之变化，并且有可能给大肠杆菌带来可以观察到的变化。这种能够观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型 (Phenotype)，而把基因的构成叫做大肠杆菌的基因型 (Genotype)。通常情况下，基因工程中使用的大肠杆菌的基因型只有在基因发生变异、表现型发生变化时才被表示。但是需要特别指出时, 则在野生 ...

版主，能否给我加分？第二章 从基因到基因组我们可以从多个层次来考虑基因和基因组图谱的绘制工作：一张连续的遗传图谱可以根据遗传重组频率来确定突变之间的距离（或是突变发生的位置）。它是通过对显形突变观察来确定的。因为根据遗传图上多点叠加所计算出来的遗传频率会有所偏差，而不能正确的表达基因特性。一张连续图谱也可以通过测定基因组DNA之间的重组来构造。这些断点会因为限制性内切酶的作用而产生不同的序列变化。因为这些变异 ...

采用Arraystar lncRNA芯片发现病毒型肝癌的新靶点【字体：大 中 小】　　www.ebiotrade.com　　时间：2011年8月4日　　　　来源：康成生物------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------摘要： 第二军医大学孙树汉教授课题组长期致力于肝癌研究，许多实验成果已经发表在国际顶级期刊上。此次研究利用Arraystar lncRNA芯片（长链非 ...

1. 染色质免疫沉淀Input对照：在进行免疫沉淀前，需要取一部分断裂后的染色质做Input对照。Input是断裂后的基因组DNA，需要与沉淀后的样品DNA一起经过逆转交联，DNA纯化，以及最后的PCR或其他方法检测。Input对照不仅可以验证染色质断裂的效果，还可以根据Input中的靶序列的含量以及染色质沉淀中的靶序列的含量，按照取样比例换算出ChIP的效率，所以Input对照是ChIP实验必不可少的步骤。Be ...

看到有很多人问质粒抽提的有关问题，恰巧手头上有一篇相关的文章　　　　　　　　　　　　　　　　 从质粒抽提谈起　　碱裂解法从大肠杆菌制备质粒，是从事分子生物学研究的实验室每天都要用的常规技术。可以我收研究生十几年了，几乎毫无例外的是我那些给人感觉什么都知道的优秀学生却对碱法质粒抽提的原理知之甚少。追其原因，我想大概是因为《分子克隆》里面只讲实验操作步骤，而没有对原理进行详细的论述。这是导致我的学生误入歧途的主要原因。后来我发现其实是整个中国的相关领域 ...

基因组信息学陈润生(中科院生物物理研究所，北京100101)当前人类基因组研究已进入了“功能基因组”阶段，即将发挥出巨大的社会效益与经济效益。科学家相信生物信息学将在这一研究中起着越来越关键的作用。生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，在获得了蛋白质编码区的信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。因此基因组信息学、蛋白质的结构模拟以及药物设计就构成了生物信息 ...

在园中看到有些战友对质粒提取的问题有些误解。现把我找到的关于质粒提取的原理列在下面，希望对大家有所帮助。碱裂解法从大肠杆菌制备质粒，是从事分子生物学研究的实验室每天都要用的常规技术。可是我收研究生十几年了，几乎毫无例外的是我那些给人感觉什么都知道的优秀学生却对碱法质粒抽提的原理知之甚少。追其原因，我想大概是因为《分子克隆》里面只讲实验操作步骤，而没有对原理进行详细的论述。这是导致我的学生误入歧途的主要原因。后 ...

RNAi实验原理与方法近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被称为RNA干扰（RNAi）。一、RNAi的分子机制通过生化和遗传学研究表明，RNA干扰包括起始阶段和效应阶段(inititation and effec ...

本版精彩幻灯集锦中所有链接均来自DXY和网上,朋友各取所需吧!同贺DXY四岁生日!由于本人还不知怎样使用超连接,所以有点浪费版面!1 基因敲除幻灯(219.5k)http://www.dxy.cn/bbs/user/download/401898/last%20result.ppt2 一些RNAi的幻灯片a http://www.genesil.com/docs/index.asp?toPage=1&mySort=8b 因只是单个都超过了粘贴上 ...

1．目的学会从琼脂糖凝胶中回收DNA片段的基本技术。2．原理限制性内切酶切割后的DNA片断经过电泳后，按分子量大小被分开，排列在琼脂糖凝胶中，可以将特定的某条DNA带所在的凝胶切下来，加热或用特殊的试剂熔解凝胶，使DNA溶回到溶液中，再经过乙醇沉淀或过柱即可获得目的DNA酶切片段。3．器材旋涡混合器，微量移液取样器，移液器吸头，1.5ml 微量离心管，双面微量离心管架，台式离心机，琼脂糖凝胶电泳系统，微波炉，水漂，恒温水浴 ...

RNAi在药物最佳靶点筛选和鉴定中的应用摘要最佳药物靶点的筛选和鉴定是新药研发的核心，是药物开发的第一步，也是药物筛选及药物定向合成的关键因素之一。在过去十年里，科学界已经在此领域做出了巨大的提高，如：基因组学和蛋白质组学以及人类基因序列的测定，而且在制药工业的投资不断加大。然而新药研发受到多因素调节、单因素之间相互作用等复杂药物调节机制的制约，临床上药物疗效还涉及到药物代谢以及药物的毒副作用。因此急需能够 ...

做RNAi的战友可以先学习学习了。1、PTGS转录后基因沉默（post transcriptional gene silencing）一种首先在植物中确定，然后发现在动物中也存在的现象。尽管PTGS最初被描述作一种病毒防御和转位子沉默的内源方法，现在它已经成为一种新的令人激动的研究工具――RNA干扰。2、协同抑制（Cosuppression）基因沉默的一种特殊情况，来源于转基因的RNA与同源内源基因同时被抑制。3、静息作用（ ...

打开峰图文件，依据图形初步判定测序质量，SAP酶纯化后的头峰杂度比较大，至少前50bp序列一般不可信，后续峰形如果还不错，主峰高、噪峰低、未见干扰峰，测序结果应该可信。一个正常的成功反应，能保证测序峰形清晰的长度为500 Bases (实际600 —800 Bases)。在进行DNA测序时，紧接引物的10 — 30 Bases有时不一定能完全读清楚。 由于DNA结构上的原因，有时会出现反应中途无法进行之情况。如：G/C rich; G/C Cluster；Po ...

1．电转化感受态细胞的制备1. 用枪头挑取单克隆菌落，投入盛有10ml LB液体培养基的50ml离心管中。（同时做培养基和枪头的空白对照）2. 37℃，220rpm，培养14-16个小时。3. 第二天，以1：100的比例将这10ml菌液倒入1000ml LB液体培养基中，37度，220rpm，振摇2-3小时，每半小时测一次OD，当OD值达到0.3-0.4时，停止培养。4. 将菌液在冰上预冷30分钟，随后将菌液分装到500ml 预冷的离心杯中，4℃，250 ...

我刚从生工测序回来，样品基因片段是用PCR扩增出来，约2.1Kb。扩增片段两端的酶切位点为Nhe1和Xho1，扩增这个片段的引物是这样：Ck-fullNX-F: 5' GTG CTA GCC ATG AAC AAT CCA TGG TC 3'Ck-fullNX-R: 5' GCG CCT CGA GCT ACA GAG ACT TAA AG 3'接在pcDNA3.1(+)的 Nhe1和Xho1之间。连接克隆后经酶切和PCR验证都完全正确。利用pcDNA3.1(+)的T7 promoter primer 和BGH引物从两端测序 ...

“分子克隆”第三版有下面两段话： DNA 和 RNA 纯制品的 OD260:OD280 值分别是 1.8 和 2.0，若样品中蛋白或酚的污染较严重，则 OD260:OD280 低于上述两个数值 (p1695 倒数第 5 行)。水饱和酚在 270nm 处有特征性吸收，其 OD260:OD280 比值为 2 (p1697 的框内倒数第 2 行)。当时看到时就觉得这两段话是矛盾的；翻看英文版，发现没有翻译上的错误。难道真的会出现这样的现象：在 OD260:OD280 比值为 1.8 的纯 DNA 中加入比值为 2 的水饱和酚，则比值会小于 1.8？试图找 ...

RNA 干扰是一种自然发生的基因沉默机制，应用于基因功能研究和临床疾病治疗，就成为一种功能非常强大的工具。不过，开展RNAi实验并不难，不需要特殊的仪器，RNAi实验所需的4大要素一点不复杂：1对应目标基因的dsRNA(siRNA,长dsRNA，shRNA载体,看实验需要）；2适合的转染或者其他将dsRNA递送进入细胞的方法；3适当的对照；4检测目标基因表达情况的方法1. 对应目标基因的dsRNA在非哺乳动物细胞中，直接 ...